; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg14779 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg14779
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationCarg_Chr01:10382472..10388503
RNA-Seq ExpressionCarg14779
SyntenyCarg14779
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_022940297.1 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like isoform X1 [Cucurbita moschata]2.7e-19599.51Show/hide
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 15.6e-1842.8Show/hide
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        +R RRS  S S SSSRSRS S S S S S S S S S S S  SRS SSSSS S S+SS S SP P R+   +  RR+R+     KR     ++ SP   
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Query:  SLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASKRD
           +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      A P R   +  +R 
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Query:  GPKPENVGADAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
         P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B1.1e-1842.19Show/hide
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        ++ RRS  S S SSSRSRS S S S S S S S S S S + SRS SSSSS S S+SS S SP P R+   +  RR+R+     KR     ++ SP    
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Query:  LVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASKRDG
          +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      A P R   +  +R  
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Query:  PKPENVGADAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
        P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q5XG24 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-A7.3e-1842.15Show/hide
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        ++ RRS  S S SSS SRS S S S S S S S S S S + SRS SSSSS S S+SS S SP P R+   +  RR+R+     KR     ++ SP    
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Query:  LVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTL---PQR--QKMASPPRTAAAA
          +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L   P R   +  SPPR     
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Query:  SKRDGPKPENVGADAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          R  P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR452.8e-11070.1Show/hide
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        MAKPSRGRRS PS SGSSSRS S S S S S SRS SRSR    S SRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KS    ARR R+ PPP  + +  P K + 
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Query:  VRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASK
        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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Query:  RDGPKPENVGADAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRP
        RD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR 
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        SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++  SRSP+RPLR
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Query:  G-RSSSRSSSSSSPPRKP
        G RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  G-RSSSRSSSSSSPPRKP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 452.0e-11170.1Show/hide
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        MAKPSRGRRS PS SGSSSRS S S S S S SRS SRSR    S SRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KS    ARR R+ PPP  + +  P K + 
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Query:  VRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASK
        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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Query:  RDGPKPENVGADAEKD-DMKRQREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRP
        RD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR 
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Query:  SPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRV--SRSPRRPLR
        SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++  SRSP+RPLR
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Query:  G-RSSSRSSSSSSPPRKP
        G RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  G-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.2 arginine/serine-rich 451.9e-10969.47Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSRSGSSSRSRSYSGSDSRSSSRSRSRSRSVSVSHSRSISSSSSPSRSASSRSRSPPPQRKSSTETARRTRASPPPAKRSSPPPRKPSP
        MAKPSRGRRS PS SGSSSRS S S S S S SRS SRSR    S SRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KS    ARR R+ PPP  + +  P K + 
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Query:  VRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASK
        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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Query:  RDGPKPENVGADAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSP
        RD PK +N  ADAEKD   R+    PR +  SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR SP
Subjt:  RDGPKPENVGADAEKDDMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSP

Query:  RRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-
        RRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++  SRSP+RPLRG 
Subjt:  RRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-

Query:  RSSSRSSSSSSPPRKP
        RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 453.2e-10968.22Show/hide
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        MAKPSRGRRS PS SGSSSRS S S S S S SRS SRSR    S SRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KS    ARR R+ PPP  + +  P K + 
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Query:  VRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASK
        V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK++SPP+  +AA K
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        RD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR D+PPRRRPASP RG    SP  RR+RSPPR 
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        SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRPGRSRS S SPR+          G  G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++ 
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Query:  -SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
         SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  -SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCTCCGTCGAGATCGGGATCCTCTTCACGTTCCCGCTCATACTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCACGCTC
CAGGTCACGGTCTGTATCTGTGTCCCATTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCCCTCCCGCAGTGCTAGTTCTCGGAGCCGAAGTCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTT
CTACTGAAACAGCTCGGAGGACTCGCGCTTCACCTCCACCGGCTAAACGAAGTTCTCCACCACCCAGGAAACCATCACCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGAT
GCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTTGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCCTAAAGG
ATATGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGAAATGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTC
AAAGACAGAAAATGGCATCACCTCCAAGGACTGCAGCAGCTGCTTCTAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTGCTGATGCTGAGAAGGACGATATGAAAAGA
CAGAGAGAACCTTCACCTCGTCGAAAGCCTCCCTCACCTAGAAGACGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCCAGAAGACAACCTGATTCTCCACGCCGCCGTCC
GGAGTCTCCTCCCCGTCGCCGTGTTGACTCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCAATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATCACCTTTGGGAAGGCGACATAGATCTCCCC
CAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGCCCTGTTCGGAGACGTTCACCACCTCCTCCTAGGCGCCGTACACCTCCTCGACGGGCTCGAAGTCCTCCCAGAAGGTCT
CCAGTAGTTCGTAGACGGAGCCGTTCACCCATTAGAAGACCAGGTCGATCACGTTCCCGGTCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCAGGAGCTGCTGGTAGACGTGGGAG
ATCATCATCTTACTCTGCATCGCCAAGTCCACGGAAGGTAGCCAGGAGAGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCACTGAGAGGTAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTA
GTTCTCCACCTCGCAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTGTTTTCTCTCTCTCATGTTTTCGTCATTTACGTGTCGACCATTTTTTTGTGTTGCTTCTCCTTTCACTATCTCTAATCTCGAACGATACCAGACGGGTTTAAGCTAG
GGTTCCAATTCTTGCAGCTCTTGCTGGCCATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCTCCGTCGAGATCGGGATCCTCTTCACGTTCCCGCTCATACTCCGGCTCT
GATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCACGCTCCAGGTCACGGTCTGTATCTGTGTCCCATTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCCCTCCCGCAGTGCTAGTTCTCGGAG
CCGAAGTCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTTCTACTGAAACAGCTCGGAGGACTCGCGCTTCACCTCCACCGGCTAAACGAAGTTCTCCACCACCCAGGAAACCATCACCTG
TACGCGAGTCACTTGTTCTTCACATTGATGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTTGAGCTGGCA
ATGGATCGCACAGTCAACCTTCCTAAAGGATATGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGAAA
TGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTCAAAGACAGAAAATGGCATCACCTCCAAGGACTGCAGCAGCTGCTTCTAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTG
CTGATGCTGAGAAGGACGATATGAAAAGACAGAGAGAACCTTCACCTCGTCGAAAGCCTCCCTCACCTAGAAGACGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCCAGA
AGACAACCTGATTCTCCACGCCGCCGTCCGGAGTCTCCTCCCCGTCGCCGTGTTGACTCTCCTCCTAGAAGGAGGCCTGCATCACCAATGAGAGGTGGCCGTTCCCCATC
ACCTTTGGGAAGGCGACATAGATCTCCCCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGCCCTGTTCGGAGACGTTCACCACCTCCTCCTAGGCGCCGTACACCTCCTC
GACGGGCTCGAAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGGAGCCGTTCACCCATTAGAAGACCAGGTCGATCACGTTCCCGGTCATTTTCACCACGGAGAGGT
CGGCCAGGAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCTTACTCTGCATCGCCAAGTCCACGGAAGGTAGCCAGGAGAGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCACTGAGAGG
TAGAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCTCGCAAGCCATAAGAACTCGTCTATGTATCGTTCGGTCTCTCTCTAATTCTCTCTTGTTCATCTAGTGAAA
ACCCTTCTTGTAGCAAAAATATTTGGATTAAATGCCATTTAGGTTTAGTTTCCTGTTGTTATGAATCGTTTACATATGCTTTGTTCCAGCAGCTGCAGTCTGTAGTAATA
TTACACTTATACAATAGAAAGCCCAGACGTCGAGTTTCCCGTTTTCAAGGTTTTAGAAATATGCCCTTATATTATATGGCGTTTTTGTGTGGAAGATTCGAACCTTTGAT
TTGATGTCTTGATTGTGACTATATGTTTTGTATCAGTTGAGCCATGTTCGACTTGTTTAAGACGTGAACGGTAGACAATATAAATACTAAAAGTTATGTTTGTGTTTGTG
TGTTGGTAGCAAATTTAGAAATTAGATTTTAGTTCAACCAATGGTTCAAAATGCCTTCTAATATATTTATGTTAAATATGAATAATTATTAACTCATTTATCAACAATTT
TTCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSRSGSSSRSRSYSGSDSRSSSRSRSRSRSVSVSHSRSISSSSSPSRSASSRSRSPPPQRKSSTETARRTRASPPPAKRSSPPPRKPSPVRESLVLHID
ALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMASPPRTAAAASKRDGPKPENVGADAEKDDMKR
QREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPESPPRRRVDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPRRARSPPRRS
PVVRRRSRSPIRRPGRSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP