; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg15537 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg15537
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionPentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
Genome locationCarg_Chr11:10696535..10697402
RNA-Seq ExpressionCarg15537
SyntenyCarg15537
Gene Ontology termsGO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR002885 - Pentatricopeptide repeat
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6581116.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.1e-2953.06Show/hide
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KAG7017850.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.1e-2953.06Show/hide
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KAG7022640.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]7.3e-79100Show/hide
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XP_022983245.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510 [Cucurbita maxima]3.1e-2952.38Show/hide
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XP_023528913.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01510 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-2953.06Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BNK2 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g015105.7e-2951.7Show/hide
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A0A5A7V351 Putative pentatricopeptide repeat-containing protein5.7e-2951.7Show/hide
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A0A6J1DTN0 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g015102.6e-2951.7Show/hide
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A0A6J1F3Z7 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g015103.4e-2952.38Show/hide
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A0A6J1J5B6 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g015101.5e-2952.38Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O23266 Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g14050, mitochondrial6.1e-1234.62Show/hide
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Q5G1T1 Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic5.2e-1128.57Show/hide
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Q9FK93 Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g396806.8e-1129.25Show/hide
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Q9S7F4 Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g015109.4e-2139.46Show/hide
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Q9SI53 Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g03880, mitochondrial6.6e-1428.57Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G03880.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein4.7e-1528.57Show/hide
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AT3G02010.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein6.7e-2239.46Show/hide
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AT3G49170.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein3.7e-1228.57Show/hide
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AT3G61170.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein9.7e-1326.6Show/hide
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Query:  -----------CVV----HCGFVEEALGHFNSMTQIYEVTPKREHYASMVGVLCQNRGFDEAEKLMAQMPFESDEIMWFNSCRSRKNH
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AT4G14050.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein4.4e-1334.62Show/hide
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        M  R  VSWT LI G  Q  Q+++A  LY DM   G +P+             + +  GL+     +   H GFVE+    F SMT+ Y + P  +HY  
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        ++ +L ++   DEAE L+  MPF  DE  W
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGTGGAACGTAGGGCAGTGTCATGGACAATTCTGATTTGTGGGTGTTTGCAATCTAACCAATCTAAAGAAGCATGTAGGCTTTATGCTGATATGAGAAGGGGAGGGAA
CGAACCAGATTATGAGATTAGTGACTTTGTTATCAGTGCCTTAATGACAGATTATTCAAATGAGGGGTTGATGGAAGAAGCAATCAAATTCTGTGTCGTTCACTGTGGTT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGTGGAACGTAGGGCAGTGTCATGGACAATTCTGATTTGTGGGTGTTTGCAATCTAACCAATCTAAAGAAGCATGTAGGCTTTATGCTGATATGAGAAGGGGAGGGAA
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