CuGenDBv2

Gene ID	Carg18491
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	elongator complex protein 4
Genome location	Carg_Chr07:2602243..2605669
RNA-Seq Expression	Carg18491
Synteny	Carg18491
Gene Ontology terms	GO:0002098 - tRNA wobble uridine modification (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0008023 - transcription elongation factor complex (cellular component) GO:0033588 - Elongator holoenzyme complex (cellular component)
InterPro domains	IPR008728 - Elongator complex protein 4 IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6594913.1 UDP-glycosyltransferase 91A1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

1.5e-145

76.88

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        VPRNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNM    EWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDEDKELANLLTGYQ
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        DMVGLLNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
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KAG7026878.1 Elongator complex protein 4, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

1.5e-166

100

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        DF
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XP_022963337.1 elongator complex protein 4 isoform X1 [Cucurbita moschata]

1.6e-139

73.18

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                      RNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNM    EWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDE
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        DKELANLLTGYQDMVGLLNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
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XP_022963340.1 elongator complex protein 4 isoform X2 [Cucurbita moschata]

8.8e-143

76.57

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        MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLD   C                                     +++ S         
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XP_023003256.1 elongator complex protein 4 [Cucurbita maxima]

4.8e-141

75.48

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        M ATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLD   C                                     +++ S         
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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KLQ1 Uncharacterized protein

1.4e-130

69.86

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        A TKPRTSSFSRN SSAHSS+TPG KHGPNGTTFISSGIPDLD   C                                     +++ S           
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        ISS GRIAIQSLCAPQCDHSNM    EWEMLSFLRSLKSM+RSSNAVAVVTF PSLLLPSFSKRWQHMADTLLSV+AIPDEDKELA LLTGYQDMVGLLN
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        +HKVAQ+NTQVP+ILEATTFSIKLQKRR+LVLECLNQAPVD S+GSSYGSTGSCSGSSKT SL+F
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A0A1S3B1C3 elongator complex protein 4 isoform X1

3.9e-128

69.04

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        A TKPRT SFSRN SSAHSS+TPG KHGPNGTTFISSGIPDLD   C                                     +++ S           
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        ISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNM    EWEMLSFLR LKSM+RSSNAVAVVTF PSLL PSFSKRWQHMADTLLSV+AIPDEDKELA LLTGYQDMVGLLN
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Query:  IHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
        +HKVAQINTQVP+ILEATTFSIKLQKRR+LVLECLNQAP+D S+GSSYGSTGSCSGSSKT SL+F
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A0A6J1HHQ8 elongator complex protein 4 isoform X2

4.3e-143

76.57

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A0A6J1HJT5 elongator complex protein 4 isoform X1

7.5e-140

73.18

Show/hide

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        MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLD   C                                     +++ S         
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                                 ++ WQYKKYFGESQESVNAIDGK EFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVP   
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Query:  --------------RNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDE
                      RNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNM    EWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDE
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        DKELANLLTGYQDMVGLLNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
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A0A6J1KLY1 elongator complex protein 4

2.3e-141

75.48

Show/hide

Query:  MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTFC-------------------------------------IIFISS--------
        M ATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLD   C                                     +++ S         
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Query:  -------------------------KLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRND
                                 ++ WQYKKYFGESQE+VNAIDGK EFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVS+LDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRND
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        GNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNM    EWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDEDKELANLLTGYQDMVGL
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        LNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSK GSLDF
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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q9C778 Elongator complex protein 4

6.0e-86

52.04

Show/hide

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        MAA     +SSFSRN+S   S Q PGLK GPNGT FISSGI DLD           ++ +                                        
Subjt:  MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTF-------CIIFI----------------------------------------

Query:  -----------------------SSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRND
                               S ++ WQY+KY  E+Q+  NAID   ++ NDFD+RKP +R F SG+ ++CVS+LDSS LS   D CATFLS+ PRN 
Subjt:  -----------------------SSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRND

Query:  GNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDEDKELANLLTGYQDMVGL
         NI+S GRIAIQS C+P C++S     +E +MLSF+R LKSML  SNAVA+VTF PSLL PS SKR QHMADTLLS+KAIPD DKEL  LLTGY+D+ G 
Subjt:  GNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDEDKELANLLTGYQDMVGL

Query:  LNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
        LNIHKVA+INTQVP ILEA TFS+ L+KRRFL LECLNQAPVDGS+G+SYG++GSC  SSK+G+LDF
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G11220.1 Paxneb protein-related

4.3e-87

52.04

Show/hide

Query:  MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTF-------CIIFI----------------------------------------
        MAA     +SSFSRN+S   S Q PGLK GPNGT FISSGI DLD           ++ +                                        
Subjt:  MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTF-------CIIFI----------------------------------------

Query:  -----------------------SSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRND
                               S ++ WQY+KY  E+Q+  NAID   ++ NDFD+RKP +R F SG+ ++CVS+LDSS LS   D CATFLS+ PRN 
Subjt:  -----------------------SSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRND

Query:  GNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDEDKELANLLTGYQDMVGL
         NI+S GRIAIQS C+P C++S     +E +MLSF+R LKSML  SNAVA+VTF PSLL PS SKR QHMADTLLS+KAIPD DKEL  LLTGY+D+ G 
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Query:  LNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
        LNIHKVA+INTQVP ILEA TFS+ L+KRRFL LECLNQAPVDGS+G+SYG++GSC  SSK+G+LDF
Subjt:  LNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF

AT3G11220.2 Paxneb protein-related

2.9e-83

49.35

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Query:  MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTF-------CIIFI----------------------------------------
        MAA     +SSFSRN+S   S Q PGLK GPNGT FISSGI DLD           ++ +                                        
Subjt:  MAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTF-------CIIFI----------------------------------------

Query:  -----------------------SSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVP---
                               S ++ WQY+KY  E+Q+  NAID   ++ NDFD+RKP +R F SG+ ++CVS+LDSS LS   D CATFLS+ P   
Subjt:  -----------------------SSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVSILDSSSLSTTLDRCATFLSQVP---

Query:  ---------------RNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPD
                       +N  NI+S GRIAIQS C+P C++S     +E +MLSF+R LKSML  SNAVA+VTF PSLL PS SKR QHMADTLLS+KAIPD
Subjt:  ---------------RNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPD

Query:  EDKELANLLTGYQDMVGLLNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF
         DKEL  LLTGY+D+ G LNIHKVA+INTQVP ILEA TFS+ L+KRRFL LECLNQAPVDGS+G+SYG++GSC  SSK+G+LDF
Subjt:  EDKELANLLTGYQDMVGLLNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF

Sequences

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AGTATTAACCCAACTATGGCAGCTACGACAAAGCCTAGGACAAGCAGCTTCTCCCGCAACCTTTCTTCTGCACATTCATCTCAGACGCCAGGACTTAAACATGGTCCCAA
TGGCACCACATTCATTTCATCCGGAATACCAGACCTTGACAGTACTTTCTGCATCATATTCATCAGTTCAAAATTGTTCTGGCAATATAAGAAGTATTTTGGCGAAAGTC
AAGAGAGCGTCAATGCCATTGATGGTAAATGCGAGTTTTGCAATGACTTTGATTTGCGAAAGCCCTTTGACAGACATTTTTTCAGCGGGAAGCATGTGGAATGTGTTAGT
ATACTAGATTCTTCTAGTCTTTCTACTACTCTTGATCGTTGCGCCACATTCCTATCACAAGTTCCAAGAAATGACGGCAATATATCCTCTGCTGGCCGTATTGCCATTCA
ATCGTTATGTGCTCCACAATGTGATCATTCCAACATGCTGGAGCTGCAGGAATGGGAAATGCTTTCCTTTTTAAGGTCTCTGAAAAGCATGCTAAGGTCCTCAAATGCAG
TAGCTGTAGTGACGTTTTCCCCTTCCCTACTCTTGCCATCCTTCTCTAAAAGATGGCAGCACATGGCAGATACCTTGCTTTCTGTCAAGGCAATCCCAGATGAGGATAAG
GAATTAGCAAATCTCCTCACTGGTTACCAAGACATGGTTGGCCTTCTCAATATTCATAAAGTGGCTCAAATCAATACGCAGGTTCCAAGAATTCTTGAGGCGACTACATT
CTCTATAAAGTTGCAAAAGAGAAGGTTTTTAGTTTTAGAATGTCTTAATCAAGCGCCTGTTGATGGTTCAACCGGGAGCTCATATGGCTCTACTGGGAGTTGTTCTGGGT
CCTCCAAGACAGGTTCTCTCGACTTTTAG

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SINPTMAATTKPRTSSFSRNLSSAHSSQTPGLKHGPNGTTFISSGIPDLDSTFCIIFISSKLFWQYKKYFGESQESVNAIDGKCEFCNDFDLRKPFDRHFFSGKHVECVS
ILDSSSLSTTLDRCATFLSQVPRNDGNISSAGRIAIQSLCAPQCDHSNMLELQEWEMLSFLRSLKSMLRSSNAVAVVTFSPSLLLPSFSKRWQHMADTLLSVKAIPDEDK
ELANLLTGYQDMVGLLNIHKVAQINTQVPRILEATTFSIKLQKRRFLVLECLNQAPVDGSTGSSYGSTGSCSGSSKTGSLDF

Carg18491 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome