; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg18830 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg18830
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionWD repeat-containing protein 43
Genome locationCarg_Chr08:3699248..3700681
RNA-Seq ExpressionCarg18830
SyntenyCarg18830
Gene Ontology termsGO:0006364 - rRNA processing (biological process)
GO:0005730 - nucleolus (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001680 - WD40 repeat
IPR011047 - Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily
IPR015943 - WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6593430.1 WD repeat-containing protein 43, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.9e-9899.46Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKME HKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

KAG7025768.1 hypothetical protein SDJN02_12266 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.4e-104100Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKLVSYPNSLTF
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKLVSYPNSLTF
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKLVSYPNSLTF

XP_022964606.1 WD repeat-containing protein 43 isoform X1 [Cucurbita moschata]1.9e-9899.46Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTD+GVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

XP_022964607.1 WD repeat-containing protein 43 isoform X2 [Cucurbita moschata]1.9e-9899.46Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTD+GVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

XP_023513462.1 WD repeat-containing protein 43 [Cucurbita pepo subsp. pepo]8.8e-9696.74Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKME HKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDG+TDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVL VNASSGE KWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNG+AFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFS DEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CDX9 WD repeat-containing protein 431.2e-7780.43Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MK E  KSPPITAFTP+GDYLAI SSNGT+KIW+T DGSLLAEWKD DGK D GYSC+ACC +GKKRK+S CL+AIGTN GDVL VNAS+GE KWVS GC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        H GGVIGLSFA++GRRLHTVGSNG+A +M+ ETG+II EFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILS D+G EL+VHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

A0A6J1D938 WD repeat-containing protein 439.9e-7780.65Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKK--RKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSA
        MK E  KSPPITAFTP+GDYLAILS N TVKIW+  DGSLLAEWKD +GKTD GYSC+ACCFV KK  +K SSC+IAIGT+ GDVL VNASSGETKWVSA
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKK--RKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSA

Query:  GCHLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        GCH+GGVIGLSFA+KGRRL TVGSNG+A +M+ ETG+II EFKASKKSISSSAFS DEKYLAVAGKKL+ILSTDNG ELMVH DKL
Subjt:  GCHLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

A0A6J1HI85 WD repeat-containing protein 43 isoform X29.2e-9999.46Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTD+GVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

A0A6J1HJF3 WD repeat-containing protein 43 isoform X19.2e-9999.46Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTD+GVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

A0A6J1KMD0 WD repeat-containing protein 439.5e-9696.2Show/hide
Query:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC
        MKME HKSPPITAFT NGDYLAILSSNGTVKIW TSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVL VNASSGETKWVSAGC
Subjt:  MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGC

Query:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
        HLGG+IGLSFADKGRRLHT+GSNG+AFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL
Subjt:  HLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKL

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G11240.1 transducin family protein / WD-40 repeat family protein2.4e-2233.72Show/hide
Query:  ITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKD-------------PDGKTDAGYSCIACCFV--GKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKW
        +T+F+P  DYLA+ + +G +KIW+T  G +  E+ D               G     Y+C+    +   KKRK  + ++ +GT GGDVL ++ +SG+ KW
Subjt:  ITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKD-------------PDGKTDAGYSCIACCFV--GKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKW

Query:  VSAGCHLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLK
          + CH GGV  +S + K   +++ G++G+  +++  +G++I +FKAS K++SS   S D K L  A  +LK
Subjt:  VSAGCHLGGVIGLSFADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAAGATGGAGCAGCATAAATCGCCGCCAATCACAGCGTTCACTCCCAACGGCGACTATCTAGCTATCTTGTCCTCCAATGGAACTGTCAAGATTTGGAATACTAGCGA
TGGGAGTTTGCTAGCGGAGTGGAAGGATCCTGATGGGAAAACTGATGCTGGTTATTCTTGTATTGCCTGCTGTTTTGTGGGGAAAAAACGTAAAAACAGTTCTTGTCTTA
TTGCTATCGGTACCAACGGAGGGGATGTGTTGACAGTAAATGCTTCGAGCGGTGAAACGAAGTGGGTCTCTGCCGGTTGCCATCTTGGTGGAGTTATTGGCCTTTCTTTT
GCGGACAAAGGCCGTAGACTGCATACCGTTGGAAGTAACGGAATTGCATTCAAGATGAACGCCGAAACAGGAAGCATTATCAATGAGTTCAAAGCTTCGAAAAAATCAAT
CTCTTCTTCAGCCTTTTCACTTGATGAGAAGTACTTAGCTGTAGCTGGCAAAAAGTTGAAGATTTTAAGCACAGATAATGGGGTTGAGCTTATGGTGCACCCTGATAAAT
TGGTGAGCTACCCAAATTCTCTTACTTTCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAACCCTCAGAAGCTGCCGCCGCGAAGTGCCGCTACCATTCTGCCGGTTTTGCAGTTCGCAGTTCGCATTTGGCTACCATTTACGACTGAGAGAATGAAGATGGAGCAG
CATAAATCGCCGCCAATCACAGCGTTCACTCCCAACGGCGACTATCTAGCTATCTTGTCCTCCAATGGAACTGTCAAGATTTGGAATACTAGCGATGGGAGTTTGCTAGC
GGAGTGGAAGGATCCTGATGGGAAAACTGATGCTGGTTATTCTTGTATTGCCTGCTGTTTTGTGGGGAAAAAACGTAAAAACAGTTCTTGTCTTATTGCTATCGGTACCA
ACGGAGGGGATGTGTTGACAGTAAATGCTTCGAGCGGTGAAACGAAGTGGGTCTCTGCCGGTTGCCATCTTGGTGGAGTTATTGGCCTTTCTTTTGCGGACAAAGGCCGT
AGACTGCATACCGTTGGAAGTAACGGAATTGCATTCAAGATGAACGCCGAAACAGGAAGCATTATCAATGAGTTCAAAGCTTCGAAAAAATCAATCTCTTCTTCAGCCTT
TTCACTTGATGAGAAGTACTTAGCTGTAGCTGGCAAAAAGTTGAAGATTTTAAGCACAGATAATGGGGTTGAGCTTATGGTGCACCCTGATAAATTGGTGAGCTACCCAA
ATTCTCTTACTTTCTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MKMEQHKSPPITAFTPNGDYLAILSSNGTVKIWNTSDGSLLAEWKDPDGKTDAGYSCIACCFVGKKRKNSSCLIAIGTNGGDVLTVNASSGETKWVSAGCHLGGVIGLSF
ADKGRRLHTVGSNGIAFKMNAETGSIINEFKASKKSISSSAFSLDEKYLAVAGKKLKILSTDNGVELMVHPDKLVSYPNSLTF