; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg19534 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg19534
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionKH domain-containing protein
Genome locationCarg_Chr03:3625082..3630859
RNA-Seq ExpressionCarg19534
SyntenyCarg19534
Gene Ontology termsGO:0048024 - regulation of mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR004087 - K Homology domain
IPR004088 - K Homology domain, type 1
IPR032377 - STAR protein, homodimerisation region
IPR036612 - K Homology domain, type 1 superfamily
IPR045071 - KH domain-containing BBP-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7033700.1 KH domain-containing protein [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.3e-159100Show/hide
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XP_022950934.1 KH domain-containing protein At2g38610-like isoform X2 [Cucurbita moschata]1.2e-15297.57Show/hide
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XP_022978251.1 KH domain-containing protein At2g38610-like isoform X1 [Cucurbita maxima]3.6e-15497.57Show/hide
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XP_022978253.1 KH domain-containing protein At2g38610-like isoform X2 [Cucurbita maxima]3.4e-15297.22Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1EB88 KH domain-containing protein At3g08620-like isoform X18.5e-14994.1Show/hide
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A0A6J1GG96 KH domain-containing protein At2g38610-like isoform X16.1e-15597.92Show/hide
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A0A6J1GH93 KH domain-containing protein At2g38610-like isoform X25.7e-15397.57Show/hide
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A0A6J1IM72 KH domain-containing protein At2g38610-like isoform X11.8e-15497.57Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0WLR1 KH domain-containing protein At4g264803.3e-7353.57Show/hide
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Q75GR5 KH domain-containing protein SPIN13.4e-11071.28Show/hide
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        S  G S WNGL QE RL    G +MDWQ AP SPSS  VK+ILRL++PVD+YPNFNFVGR+LGPRGNSLKRVE +TGCRV+IRGKGS+KDP KE+KLRG+
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Q8GYR4 KH domain-containing protein At3g086201.2e-12378.28Show/hide
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        VS  GL GWNGLP E R+    GM M+WQ APASPSS  VKRILRL++PVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRVYIRGKGS+KDP+KEEKL+G
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        +PGYEHLNE LHILIEADLP +IVDI+LRQAQEIIEEL+KPVDESQDYIKRQQLRELA+LNS+ RE+SPGP GSVSPFNS+ MKR KTGR
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Q9FKT4 KH domain-containing protein At5g561402.1e-7256.15Show/hide
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Query:  QSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRGRPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRL
         ++P S S L  KR +R++IPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE +T CRV IRG+GS+KDP KEE +RG+PGYEHLNEPLHIL+EA+LP  IVD RL
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         QA+EI+++LL P++E+ D  K+QQLRELA+LN + RE+     GSVSP+NS GMKRAKT
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Q9ZVI3 KH domain-containing protein At2g386101.6e-12381.23Show/hide
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        MSG+Y  +  FSPAR ASP IR+TP+ D SQYL+ELLAEHQK  PFMQVLPICSRLLNQ      E+ RVSGMMSNQGF D DRLRHRSPSPMASSNL+S
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Query:  NVSTTGLSGWNGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLR
        NVS TGL GWNGL QE RLS   GMTMDWQ AP SPSS TVKRILRLEIPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRV+IRGKGS+KDP+KE+KLR
Subjt:  NVSTTGLSGWNGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLR

Query:  GRPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNS-SFREDSPGP--GGSVSPFNSSGMKRAKTG
        GRPGYEHLNE LHILIEADLPA+IV+IRLRQAQEIIEELLKPVDESQD+IKRQQLRELA+LNS + RE+SPGP  GGSVSPFNSSG KR KTG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G38610.1 RNA-binding KH domain-containing protein1.1e-12481.23Show/hide
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        MSG+Y  +  FSPAR ASP IR+TP+ D SQYL+ELLAEHQK  PFMQVLPICSRLLNQ      E+ RVSGMMSNQGF D DRLRHRSPSPMASSNL+S
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Query:  NVSTTGLSGWNGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLR
        NVS TGL GWNGL QE RLS   GMTMDWQ AP SPSS TVKRILRLEIPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRV+IRGKGS+KDP+KE+KLR
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        GRPGYEHLNE LHILIEADLPA+IV+IRLRQAQEIIEELLKPVDESQD+IKRQQLRELA+LNS + RE+SPGP  GGSVSPFNSSG KR KTG
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AT2G38610.2 RNA-binding KH domain-containing protein1.1e-12481.23Show/hide
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        MSG+Y  +  FSPAR ASP IR+TP+ D SQYL+ELLAEHQK  PFMQVLPICSRLLNQ      E+ RVSGMMSNQGF D DRLRHRSPSPMASSNL+S
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Query:  NVSTTGLSGWNGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLR
        NVS TGL GWNGL QE RLS   GMTMDWQ AP SPSS TVKRILRLEIPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRV+IRGKGS+KDP+KE+KLR
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        GRPGYEHLNE LHILIEADLPA+IV+IRLRQAQEIIEELLKPVDESQD+IKRQQLRELA+LNS + RE+SPGP  GGSVSPFNSSG KR KTG
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AT3G08620.1 RNA-binding KH domain-containing protein8.4e-12578.28Show/hide
Query:  MSGMYG-TNFSPARTASPHIRT-TPDGDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICSRLLNQASSLNAEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLISN
        MSG+Y   NFSP+R ASP IRT + D DSQY+S+LLAEHQK GPFMQVLPICSRLLNQ      EI R++GMM NQGF D DRLRHRSPSPMAS NL+SN
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Query:  VSTTGLSGWNGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRG
        VS  GL GWNGLP E R+    GM M+WQ APASPSS  VKRILRL++PVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE TTGCRVYIRGKGS+KDP+KEEKL+G
Subjt:  VSTTGLSGWNGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRG

Query:  RPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKTGR
        +PGYEHLNE LHILIEADLP +IVDI+LRQAQEIIEEL+KPVDESQDYIKRQQLRELA+LNS+ RE+SPGP GSVSPFNS+ MKR KTGR
Subjt:  RPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKTGR

AT4G26480.1 RNA-binding KH domain-containing protein2.3e-7453.57Show/hide
Query:  NFSPARTASPHIRTTPDGDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICSRLLNQASSLNAEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLISNVSTTGLSGW
        NFS    + P      +   +YLSELLAE  K  PF+ VLP   RL+NQ      EILRV+ ++ N     L + R   PSP+AS  +  N S   ++GW
Subjt:  NFSPARTASPHIRTTPDGDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICSRLLNQASSLNAEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLISNVSTTGLSGW

Query:  -NGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRGRPGYEHLN
         +  P E+ +S  +    +W ++P S S L VKR +R++IPVD YPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVE +T CRV IRG+GS+KDP KE+ +RG+PGYEHLN
Subjt:  -NGLPQEQRLSRATGMTMDWQSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRGRPGYEHLN

Query:  EPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKT
        EPLHIL+EA+LP  IVD RL QA+EI+++LL PV+E+ D+ K+QQLRELA+LN S RE+     GS+SP+NS GMKRAKT
Subjt:  EPLHILIEADLPANIVDIRLRQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKT

AT5G56140.1 RNA-binding KH domain-containing protein1.5e-7356.15Show/hide
Query:  QYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICSRLLNQASSLNAEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLISNVSTTGLSGW-NGLPQEQRLSRATGMTMDW
        +YLSELLAE  K  PF+ VLP   RLLNQ      EILRV+ ++ N        L H  PSP+AS  +  N +   ++GW +  P E+ +  + G   +W
Subjt:  QYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICSRLLNQASSLNAEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLISNVSTTGLSGW-NGLPQEQRLSRATGMTMDW

Query:  QSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRGRPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRL
         ++P S S L  KR +R++IPVD YPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVE +T CRV IRG+GS+KDP KEE +RG+PGYEHLNEPLHIL+EA+LP  IVD RL
Subjt:  QSAPASPSSLTVKRILRLEIPVDTYPNFNFVGRLLGPRGNSLKRVEVTTGCRVYIRGKGSVKDPDKEEKLRGRPGYEHLNEPLHILIEADLPANIVDIRL

Query:  RQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKT
         QA+EI+++LL P++E+ D  K+QQLRELA+LN + RE+     GSVSP+NS GMKRAKT
Subjt:  RQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKT


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCCGGTATGTACGGTACCAACTTCTCCCCTGCAAGAACTGCTTCGCCTCACATCAGGACTACTCCTGATGGAGACAGTCAGTACTTGTCGGAGCTACTAGCGGAGCA
TCAGAAGTTCGGCCCCTTCATGCAAGTTCTTCCGATCTGTAGCCGACTTTTGAATCAAGCAAGCTCTTTAAATGCAGAAATATTGCGGGTTTCTGGAATGATGTCCAACC
AGGGTTTCTGCGACCTCGATAGGCTTCGGCATAGAAGTCCTAGTCCAATGGCTTCTTCAAACCTTATATCTAATGTTAGTACCACAGGTTTGAGTGGCTGGAATGGTCTT
CCTCAGGAGCAGAGATTAAGTAGAGCCACCGGAATGACAATGGACTGGCAAAGTGCACCTGCGAGTCCTAGTTCCCTCACCGTGAAGAGAATTCTACGTTTGGAAATACC
TGTGGATACTTACCCCAATTTCAATTTTGTAGGGCGACTTTTGGGTCCTCGGGGAAATTCCTTGAAACGTGTGGAAGTTACTACAGGTTGTCGTGTATACATTCGAGGGA
AAGGGTCGGTAAAGGATCCAGACAAGGAAGAGAAGTTACGGGGACGACCCGGCTACGAGCACTTGAACGAACCACTGCACATCTTGATTGAGGCAGATTTACCAGCCAAT
ATTGTTGATATAAGGCTCAGACAGGCACAAGAAATTATTGAAGAACTGCTCAAACCTGTGGACGAGAGCCAAGATTACATAAAAAGGCAGCAGCTACGCGAACTCGCTAT
GCTAAATTCAAGTTTCAGAGAAGACAGTCCAGGACCTGGTGGTAGCGTCTCTCCATTCAACTCAAGCGGAATGAAACGTGCCAAAACAGGTCGTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TCCTCATTTCAGCTTCTATACCTCTGCCTCCGCCTCCATCGTCGGAACTGTTCTTATCCACCGTCTTCGCCGGCGACATCGCCGTCTCCATCTTCCGACATCCCTCTTCC
ATTTCCCAATCCTCCGATTCTCAGAACATCCATTGCTGCTCACAGTTCAATAGCCAAAGGCCATGTCCGGTATGTACGGTACCAACTTCTCCCCTGCAAGAACTGCTTCG
CCTCACATCAGGACTACTCCTGATGGAGACAGTCAGTACTTGTCGGAGCTACTAGCGGAGCATCAGAAGTTCGGCCCCTTCATGCAAGTTCTTCCGATCTGTAGCCGACT
TTTGAATCAAGCAAGCTCTTTAAATGCAGAAATATTGCGGGTTTCTGGAATGATGTCCAACCAGGGTTTCTGCGACCTCGATAGGCTTCGGCATAGAAGTCCTAGTCCAA
TGGCTTCTTCAAACCTTATATCTAATGTTAGTACCACAGGTTTGAGTGGCTGGAATGGTCTTCCTCAGGAGCAGAGATTAAGTAGAGCCACCGGAATGACAATGGACTGG
CAAAGTGCACCTGCGAGTCCTAGTTCCCTCACCGTGAAGAGAATTCTACGTTTGGAAATACCTGTGGATACTTACCCCAATTTCAATTTTGTAGGGCGACTTTTGGGTCC
TCGGGGAAATTCCTTGAAACGTGTGGAAGTTACTACAGGTTGTCGTGTATACATTCGAGGGAAAGGGTCGGTAAAGGATCCAGACAAGGAAGAGAAGTTACGGGGACGAC
CCGGCTACGAGCACTTGAACGAACCACTGCACATCTTGATTGAGGCAGATTTACCAGCCAATATTGTTGATATAAGGCTCAGACAGGCACAAGAAATTATTGAAGAACTG
CTCAAACCTGTGGACGAGAGCCAAGATTACATAAAAAGGCAGCAGCTACGCGAACTCGCTATGCTAAATTCAAGTTTCAGAGAAGACAGTCCAGGACCTGGTGGTAGCGT
CTCTCCATTCAACTCAAGCGGAATGAAACGTGCCAAAACAGGTCGTTAAGTGCTCATATCCCTTTCTTACCTTAAATAATTTCTACCCCAGTCCAGAATTCAGTCACTTG
TATAACTCGATGTGAATCTGACCGACCGTGTGACGTAGCTAGGAGTAAGGGGAGGCTAACTTCAGTTCCAGGTGAGCCTTCTCTCTGTGTTCCTTTAATATTCTTGACAG
AAAGACTGGAAAAAGTTCAAAAAAAAAAAGAGAGTGAAAAGGAAAAAAACAATAGGGGATGGATTATATGTTGAGTGTAGGTTTGAATAGGTCAGTTTTTCCAACAAAGT
TAATATATTCATTGGATTTATTCTTGTGTTAGGGACTGCTGAAGAGTGTGTAGTTTTACATTATTAATGCAAAAACATTAGGAAGTGATGAATGTAATATTGTTTGATAT
TTCTTAGGTGTTGTAATGTAAGCAATGTCAGTGTCAATTATATTTTTGGAATGATATATGAAAGAACAGTGCAAAAACTCAATCAATGTGCTGCTCAGTCTGTGTTTGCT
ATCAAGTTTCAGAATATGATTCTCCTCTCTTTTTTTCCATTTGCTGAAAAAGTTGTGAACATATGCCTCGACTTTTCCGACACGTACCGTTTAGTTGTTCTCGATGTACT
TTTTGCTATGTTTTTGGACCATTAAGAGTGTAGGTGGGTCGGTTTGGATTGACTTTTGAATAATGTTGTGATTGAATTGAGACTTCCATTCAAGGGAAGTGAACAATCAA
CTGAGTGGATGAAGTTTGATCGATAAACTCACAAAGGT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSGMYGTNFSPARTASPHIRTTPDGDSQYLSELLAEHQKFGPFMQVLPICSRLLNQASSLNAEILRVSGMMSNQGFCDLDRLRHRSPSPMASSNLISNVSTTGLSGWNGL
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IVDIRLRQAQEIIEELLKPVDESQDYIKRQQLRELAMLNSSFREDSPGPGGSVSPFNSSGMKRAKTGR