; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg19565 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg19565
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationCarg_Chr03:3406173..3407916
RNA-Seq ExpressionCarg19565
SyntenyCarg19565
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7033669.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.4e-90100Show/hide
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XP_022978292.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita maxima]4.8e-8695.88Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.6e-8696.91Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1DU94 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.0e-8190.91Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.8e-8392.93Show/hide
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A0A6J1GF54 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.4e-8898.95Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.8e-8392.93Show/hide
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A0A6J1IKQ7 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.3e-8695.88Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR15.5e-3760.45Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 11.7e-3862.87Show/hide
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.7e-3658.42Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 16.7e-5977.94Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 24.2e-5373.23Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.8e-6077.94Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein3.0e-5473.23Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCTTTAATGCCCCTATCTATCTTCAGAATAAGACCCAGATAGGTAAAGTTGATGAGATTTTCGGCCCCATCAATGAATCCTATTTCTCGATCAAAATGATGGAAGGAATC
GTCGCCACCTCATATTCTTCTGGGGATAAATTTTATATTGATCCAGCTAAACTTTTACCTCTCGCTAGATTCCTCCCACAGCCCAAGTACTTTGCTGCTAGAGGTGGAGG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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