; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg20038 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg20038
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionDEAD-box ATP-dependent RNA helicase
Genome locationCarg_Chr09:3677175..3681741
RNA-Seq ExpressionCarg20038
SyntenyCarg20038
Gene Ontology termsGO:0000373 - Group II intron splicing (biological process)
GO:0006364 - rRNA processing (biological process)
GO:0005730 - nucleolus (cellular component)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0003724 - RNA helicase activity (molecular function)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001650 - Helicase, C-terminal
IPR011545 - DEAD/DEAH box helicase domain
IPR014001 - Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain
IPR014014 - RNA helicase, DEAD-box type, Q motif
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6591822.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]0.0e+0093.24Show/hide
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KAG7024688.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]0.0e+00100Show/hide
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A0A6J1FAQ2 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial-like isoform X10.0e+0093.09Show/hide
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A0A6J1FFN4 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial-like isoform X20.0e+0091.47Show/hide
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A0A6J1IK98 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial-like isoform X20.0e+0090.03Show/hide
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A0A6J1IPG8 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial-like isoform X10.0e+0091.5Show/hide
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        TLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDL                                           VIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKG
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        SAILIHTQNQS+AVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGR SFGPKG
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0D8N0 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 531.2e-16956.63Show/hide
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        R R FH    PL FR++  S          EA ++  GD+GLE+ +LGI+P IV  L  +GIT+LFPIQRAVL+PAMQG+DMIGRARTGTGKTLAFGIPI
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        +D+I++ N K G GRNPLA++LAPTRELARQVEKEF+E+AP LD +CVYGG PIS QMR L YGVD+ VGTPGR+IDLL RG LNLSE++FVVLDEADQM
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Query:  LQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDA
        L VGF EDVE I+E LP+ RQSM+FSATMPSWIRK++  YL +P+ +DLVGD DQKL +GISL+SI ++  GK SI+GPLI EHA GGKCIVFTQTKR+A
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        DRLAYAM R++ C+ALHGDISQ+QRERTLSGFR GRFN+LVATDVAARGLDIPNVDL                                           
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Query:  VIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSG--RTGGQ
        VIH+ELPN +E+FVHRSGRT RAGKKGSAILI+T +Q+RAVR+IE+++GC+F ELP+I V D A  DMF+              +D R+  +G  RTGG 
Subjt:  VIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSG--RTGGQ

Query:  RGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDF----DSLTRSG-------GFGDFDSGRSSGRKS
                     SSFGR  G   FG +GR+ G   G F  FG+   N  G  R +GSR   GFGDF    ++  RS        GFGDF  G  S   +
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Query:  RNSGLFGDDMEANQSSRR
        R S  F DD  + + SRR
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Q0DM51 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3, chloroplastic2.5e-13256.26Show/hide
Query:  EECVEASSSRSGDEG-LEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKG--KGRNPLALVLA
        EE VEA     GDE  L I +LG+  ++VS LEK+GIT LFPIQRAVL PA+ GRD+I RA+TGTGKTLAFGIP++ ++++ +  +   +GR P  LVLA
Subjt:  EECVEASSSRSGDEG-LEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKG--KGRNPLALVLA

Query:  PTRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSM
        PTRELA+QVEKE +E+AP L  +CVYGG   + Q   L  GVD+ VGTPGR+IDL+N GSL L EVK++VLDEADQML VGF+EDVE IL++LP +RQSM
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Query:  MFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQS
        +FSATMP W++KLS+ YL NPLT+DLVGD D+KLA+GI L++I      K +++  LI  +AKGGK IVFT+TKRDAD ++ A+  +   EALHGDISQ 
Subjt:  MFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQS

Query:  QRERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRA
        QRERTL+GFR G+F VLVATDVAARGLDIPNVDL                                           +IH+ELPN+ E FVHRSGRTGRA
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Query:  GKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED
        GK G+AIL+ T +Q R VR +ER+VGCRF+ +    +ED
Subjt:  GKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED

Q0ILZ4 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 96.6e-16554.44Show/hide
Query:  PSGFGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECVEASSSRSG-DEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKT
        P+  GFR  G    +    + A      E           +  G +EGLE+ KLGI+P+IVS L  +GITKLFPIQRAVLEPAMQG+DM+GRA+TGTGKT
Subjt:  PSGFGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECVEASSSRSG-DEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKT

Query:  LAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVV
        LAFGIPILD II+ N K   G+ PLA+VLAPTRELA+QVE+EF +++ +++ ICVYGGTPIS Q+RQL YGVD+ +GTPGR+IDLL RG+LNLSEV+FVV
Subjt:  LAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVV

Query:  LDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVF
        LDEADQML VGF EDVE IL+R+P KRQ++MFSATMP+WI++L+Q YL NP+T+DLVG+ DQKLA+GISL+SI ++   K +++G LI EHAKGGKCIVF
Subjt:  LDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVF

Query:  TQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGL
        TQTKRDADRL+Y M R+F+C+ALHGDI+Q+QRERTL GFR G FN+L+ATDVAARGLDIPNVDL                                    
Subjt:  TQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGL

Query:  LGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSG
               VIHFELPN++E+FVHRSGRTGRAGKKG AI++H+  QSRA+R++E +VGC+F ELP+I VE     D+ S     G F SFGG    R  + G
Subjt:  LGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSG

Query:  RTGGQR---GPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDFDS-------------LTRSGGFGDF
         + G+R   G S  R G + +S FGRS G       G  G  + GGF   G  +S   G F  SG  RSGG G  DS               RSGGFGD 
Subjt:  RTGGQR---GPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDFDS-------------LTRSGGFGDF

Query:  DSGR-SSGRKSRNSGLFGD
         SGR   G  +  SG FG+
Subjt:  DSGR-SSGRKSRNSGLFGD

Q9LUW5 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 53, mitochondrial4.1e-19159.25Show/hide
Query:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSG--FGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECVE---
        M   +LRR + L AS+  +S++L S       + V  +    AA    + + IG     +G  FG  ++G H  S PL+FRAS+VS   FA+ E  E   
Subjt:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSG--FGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECVE---

Query:  ASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQ
          S   G +GL I +LGI+PEIV AL  KGI KLFPIQ+AVLEPAM+GRDMIGRARTGTGKTLAFGIPI+DKII++NAK G+GRNPL LVLAPTRELARQ
Subjt:  ASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQ

Query:  VEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPS
        VEKEF E+APSLD IC+YGGTPI  QMRQL YGVD+AVGTPGR+IDL+ RG+LNLSEV+FVVLDEADQMLQVGF EDVE ILE+LP KRQSMMFSATMPS
Subjt:  VEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPS

Query:  WIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSG
        WIR L++ YL NPLTVDLVGDSDQKLADGI+ +SI+AD  G+ASIIGPL+ EHAKGGKCIVFTQTKRDADRL+YA+AR+FKCEALHGDISQSQRERTL+G
Subjt:  WIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSG

Query:  FRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAIL
        FR G FN+LVATDVAARGLD+PNVDL                                           +IH+ELPNNTE FVHR+GRTGRAGKKGSAIL
Subjt:  FRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAIL

Query:  IHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGG
        I++Q+QSRAV++IEREVG RF ELP I VE G+   MF   G     S  GG +D  ++  GR+GG         G Y  SS G   GR+       +G 
Subjt:  IHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGG

Query:  HTSGGFSSFGARKSNNAGDFRS--SGSRRS--GGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKSRNS-GLFGDD
            GF SFG R     G  RS  SG R S  GG     S  RS GFGDF S RSS    R+S G FG +
Subjt:  HTSGGFSSFGARKSNNAGDFRS--SGSRRS--GGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKSRNS-GLFGDD

Q9LUW6 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 9, mitochondrial5.7e-18557.27Show/hide
Query:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSGFGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECV------
        M + +LRR + L  SR  +++++ S I   L   +    + ++    G  +   +    S FG + R FH  S P  FR+S+VS   FA +E        
Subjt:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSGFGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECV------

Query:  ------EASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAP
              E+  S  G +GL I  LGI+PEIV AL+ +GI KLFPIQ+AVLEPAM+GRDMIGRARTGTGKTLAFGIPI+DKII+FNAK G+G+NP  LVLAP
Subjt:  ------EASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAP

Query:  TRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMM
        TRELARQVEKEF E+APSLD IC+YGGTPI  QMR+L YG+D+AVGTPGR+IDL+ RG+LNLSEV+FVVLDEADQMLQVGF EDVE IL++LP KRQSMM
Subjt:  TRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMM

Query:  FSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQ
        FSATMPSWIR L++ YL NPLT+DLVGDSDQKLADGI+++SI AD  G+ASIIGPL+ EH KGGKCIVFTQTKRDADRLA+ +A+++KCEALHGDISQ+Q
Subjt:  FSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQ

Query:  RERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAG
        RERTL+GFR G F++LVATDVAARGLD+PNVDL                                           VIH+ELPNNTE FVHR+GRTGRAG
Subjt:  RERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAG

Query:  KKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRF-SSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRA--
        KKGSAILIH Q+Q+RAV++IE+EVG RFNELP I VE G+   MF   GVG R   SFGG         GR+GG         G Y   S+G SSGR+  
Subjt:  KKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRF-SSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRA--

Query:  -SFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKS
         S+G  G + G + GG  S+G   S  +    S GS RS GFG F S   SGGFG   S +SSGR S
Subjt:  -SFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G22310.1 putative mitochondrial RNA helicase 14.1e-18657.27Show/hide
Query:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSGFGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECV------
        M + +LRR + L  SR  +++++ S I   L   +    + ++    G  +   +    S FG + R FH  S P  FR+S+VS   FA +E        
Subjt:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSGFGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECV------

Query:  ------EASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAP
              E+  S  G +GL I  LGI+PEIV AL+ +GI KLFPIQ+AVLEPAM+GRDMIGRARTGTGKTLAFGIPI+DKII+FNAK G+G+NP  LVLAP
Subjt:  ------EASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAP

Query:  TRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMM
        TRELARQVEKEF E+APSLD IC+YGGTPI  QMR+L YG+D+AVGTPGR+IDL+ RG+LNLSEV+FVVLDEADQMLQVGF EDVE IL++LP KRQSMM
Subjt:  TRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMM

Query:  FSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQ
        FSATMPSWIR L++ YL NPLT+DLVGDSDQKLADGI+++SI AD  G+ASIIGPL+ EH KGGKCIVFTQTKRDADRLA+ +A+++KCEALHGDISQ+Q
Subjt:  FSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQ

Query:  RERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAG
        RERTL+GFR G F++LVATDVAARGLD+PNVDL                                           VIH+ELPNNTE FVHR+GRTGRAG
Subjt:  RERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAG

Query:  KKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRF-SSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRA--
        KKGSAILIH Q+Q+RAV++IE+EVG RFNELP I VE G+   MF   GVG R   SFGG         GR+GG         G Y   S+G SSGR+  
Subjt:  KKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRF-SSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRA--

Query:  -SFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKS
         S+G  G + G + GG  S+G   S  +    S GS RS GFG F S   SGGFG   S +SSGR S
Subjt:  -SFGPKGRNGGHTSGGFSSFGARKSNNAGDFRSSGSRRSGGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKS

AT3G22330.1 putative mitochondrial RNA helicase 22.9e-19259.25Show/hide
Query:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSG--FGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECVE---
        M   +LRR + L AS+  +S++L S       + V  +    AA    + + IG     +G  FG  ++G H  S PL+FRAS+VS   FA+ E  E   
Subjt:  MSAILLRRTTALAASRGRVSSTLLSPIANCLASRVGVNGSVIAAAEFGNFSCIGVMKRPSG--FGFRSRGFHAVSRPLNFRASLVSLVEFAVEECVE---

Query:  ASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQ
          S   G +GL I +LGI+PEIV AL  KGI KLFPIQ+AVLEPAM+GRDMIGRARTGTGKTLAFGIPI+DKII++NAK G+GRNPL LVLAPTRELARQ
Subjt:  ASSSRSGDEGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQFNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQ

Query:  VEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPS
        VEKEF E+APSLD IC+YGGTPI  QMRQL YGVD+AVGTPGR+IDL+ RG+LNLSEV+FVVLDEADQMLQVGF EDVE ILE+LP KRQSMMFSATMPS
Subjt:  VEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPS

Query:  WIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSG
        WIR L++ YL NPLTVDLVGDSDQKLADGI+ +SI+AD  G+ASIIGPL+ EHAKGGKCIVFTQTKRDADRL+YA+AR+FKCEALHGDISQSQRERTL+G
Subjt:  WIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSG

Query:  FRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAIL
        FR G FN+LVATDVAARGLD+PNVDL                                           +IH+ELPNNTE FVHR+GRTGRAGKKGSAIL
Subjt:  FRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAIL

Query:  IHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGG
        I++Q+QSRAV++IEREVG RF ELP I VE G+   MF   G     S  GG +D  ++  GR+GG         G Y  SS G   GR+       +G 
Subjt:  IHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVEDGAHVDMFSERGVGGRFSSFGGFKDPRTNDSGRTGGQRGPSFRRSGDYENSSFGRSSGRASFGPKGRNGG

Query:  HTSGGFSSFGARKSNNAGDFRS--SGSRRS--GGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKSRNS-GLFGDD
            GF SFG R     G  RS  SG R S  GG     S  RS GFGDF S RSS    R+S G FG +
Subjt:  HTSGGFSSFGARKSNNAGDFRS--SGSRRS--GGFGDFDSLTRSGGFGDFDSGRSSGRKSRNS-GLFGDD

AT5G26742.1 DEAD box RNA helicase (RH3)3.0e-12856.21Show/hide
Query:  EGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQ----FNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKE
        E L I KL +   +  +LEK+GIT LFPIQRAVL PA+QGRD+I RA+TGTGKTLAFGIPI+ ++ +    + A +  GR P  LVLAPTRELA+QVEKE
Subjt:  EGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQ----FNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKE

Query:  FEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRK
         +E+AP L  +CVYGG   + Q   L  GVD+ VGTPGR+IDL+   SL L EV+++VLDEADQML VGF+E VE ILE LP KRQSM+FSATMP+W++K
Subjt:  FEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRK

Query:  LSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVG
        L++ YL NPL +DLVGD D+KLA+GI L++I      K +I+  LI  +AKGGK IVFTQTKRDAD ++ A++ +   EALHGDISQ QRERTL+ FR G
Subjt:  LSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVG

Query:  RFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQ
        +F VLVATDVA+RGLDIPNVDL                                           VIH+ELPN+ E FVHRSGRTGRAGK+GSAIL+HT 
Subjt:  RFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQ

Query:  NQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED
        +Q R VR +ER+VGC F  +   TV D
Subjt:  NQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED

AT5G26742.2 DEAD box RNA helicase (RH3)3.0e-12856.21Show/hide
Query:  EGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQ----FNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKE
        E L I KL +   +  +LEK+GIT LFPIQRAVL PA+QGRD+I RA+TGTGKTLAFGIPI+ ++ +    + A +  GR P  LVLAPTRELA+QVEKE
Subjt:  EGLEIGKLGIAPEIVSALEKKGITKLFPIQRAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQ----FNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKE

Query:  FEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRK
         +E+AP L  +CVYGG   + Q   L  GVD+ VGTPGR+IDL+   SL L EV+++VLDEADQML VGF+E VE ILE LP KRQSM+FSATMP+W++K
Subjt:  FEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGVDIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRK

Query:  LSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVG
        L++ YL NPL +DLVGD D+KLA+GI L++I      K +I+  LI  +AKGGK IVFTQTKRDAD ++ A++ +   EALHGDISQ QRERTL+ FR G
Subjt:  LSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFSIVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVG

Query:  RFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQ
        +F VLVATDVA+RGLDIPNVDL                                           VIH+ELPN+ E FVHRSGRTGRAGK+GSAIL+HT 
Subjt:  RFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRYFFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQ

Query:  NQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED
        +Q R VR +ER+VGC F  +   TV D
Subjt:  NQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED

AT5G26742.3 DEAD box RNA helicase (RH3)1.5e-11956.42Show/hide
Query:  RAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQ----FNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGV
        RAVL PA+QGRD+I RA+TGTGKTLAFGIPI+ ++ +    + A +  GR P  LVLAPTRELA+QVEKE +E+AP L  +CVYGG   + Q   L  GV
Subjt:  RAVLEPAMQGRDMIGRARTGTGKTLAFGIPILDKIIQ----FNAKKGKGRNPLALVLAPTRELARQVEKEFEEAAPSLDMICVYGGTPISSQMRQLGYGV

Query:  DIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFS
        D+ VGTPGR+IDL+   SL L EV+++VLDEADQML VGF+E VE ILE LP KRQSM+FSATMP+W++KL++ YL NPL +DLVGD D+KLA+GI L++
Subjt:  DIAVGTPGRLIDLLNRGSLNLSEVKFVVLDEADQMLQVGFQEDVEKILERLPRKRQSMMFSATMPSWIRKLSQNYLTNPLTVDLVGDSDQKLADGISLFS

Query:  IVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRY
        I      K +I+  LI  +AKGGK IVFTQTKRDAD ++ A++ +   EALHGDISQ QRERTL+ FR G+F VLVATDVA+RGLDIPNVDL        
Subjt:  IVADMRGKASIIGPLIAEHAKGGKCIVFTQTKRDADRLAYAMARNFKCEALHGDISQSQRERTLSGFRVGRFNVLVATDVAARGLDIPNVDLVSDNVPRY

Query:  FFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED
                                           VIH+ELPN+ E FVHRSGRTGRAGK+GSAIL+HT +Q R VR +ER+VGC F  +   TV D
Subjt:  FFLSFILSYDPIILSLLCCWNSLFPFGLLGVWEEVVIHFELPNNTEIFVHRSGRTGRAGKKGSAILIHTQNQSRAVRVIEREVGCRFNELPRITVED


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATTTGTGCTTACAGACGACGATGAGTGCAATTCTTCTACGGAGAACTACGGCCTTAGCGGCCTCCAGAGGTAGAGTTAGTTCCACTTTGTTATCCCCAATTGCCAA
CTGTTTAGCGTCTCGTGTGGGTGTTAATGGCAGCGTTATAGCTGCTGCTGAGTTTGGTAATTTCTCCTGCATTGGGGTGATGAAGAGGCCTTCGGGTTTTGGTTTTCGAT
CGAGGGGATTTCATGCGGTTTCTCGGCCGTTGAATTTCAGGGCGTCGTTGGTTTCCCTGGTGGAGTTTGCGGTGGAGGAGTGTGTTGAGGCTAGTAGTAGTAGAAGCGGC
GATGAAGGACTCGAGATTGGAAAGCTAGGGATCGCGCCGGAGATCGTCTCTGCTTTGGAGAAAAAGGGTATAACTAAGCTCTTTCCGATTCAGAGGGCCGTGCTAGAACC
AGCAATGCAAGGGCGTGACATGATTGGTCGTGCTAGAACTGGAACAGGAAAAACTCTTGCTTTTGGAATTCCCATCTTGGACAAAATCATTCAGTTCAATGCAAAGAAGG
GAAAAGGAAGAAACCCGTTGGCCCTGGTTCTAGCTCCAACAAGGGAACTTGCTCGGCAGGTTGAAAAAGAATTTGAAGAGGCTGCTCCTAGCCTGGACATGATCTGTGTT
TACGGGGGGACACCAATTTCAAGCCAAATGAGGCAGCTTGGCTATGGCGTTGATATCGCTGTTGGCACACCTGGTCGTTTGATTGATCTTCTTAATAGGGGTTCTCTAAA
TTTATCAGAAGTCAAGTTTGTTGTTCTTGATGAAGCAGACCAGATGCTTCAAGTAGGCTTTCAAGAGGATGTTGAGAAGATCTTGGAGAGGTTACCTCGGAAACGTCAGA
GTATGATGTTCTCTGCAACAATGCCATCGTGGATCAGAAAACTATCTCAAAATTACCTAACCAATCCGCTAACCGTTGATCTTGTTGGAGATTCTGATCAGAAATTGGCA
GATGGAATTAGCTTATTCTCAATTGTTGCAGACATGCGCGGAAAAGCATCAATAATTGGACCTCTAATAGCAGAACATGCTAAAGGCGGAAAGTGTATTGTTTTCACTCA
AACAAAACGTGATGCTGATAGATTAGCCTATGCAATGGCAAGGAACTTTAAATGTGAAGCTTTGCATGGAGATATTTCACAGAGTCAGAGAGAAAGAACTCTTTCGGGTT
TTAGAGTTGGACGTTTCAACGTTCTAGTTGCAACTGATGTTGCAGCAAGGGGTCTCGATATACCTAATGTTGATCTTGTAAGTGATAATGTTCCTCGATATTTCTTCCTC
AGTTTTATACTTTCTTATGACCCCATCATCCTTTCCCTCCTTTGCTGTTGGAACTCTCTCTTCCCCTTTGGGCTGTTAGGAGTCTGGGAGGAAGTGGTAATACATTTTGA
GCTTCCAAACAACACAGAGATATTTGTCCATAGATCAGGTCGTACAGGTCGTGCTGGTAAGAAAGGCAGTGCTATTCTTATTCACACACAGAATCAGTCAAGGGCTGTAA
GAGTGATTGAGCGTGAAGTGGGATGCAGATTTAATGAGCTTCCAAGGATTACTGTTGAGGATGGTGCTCATGTGGATATGTTCAGTGAAAGAGGTGTTGGTGGTCGATTT
AGCTCTTTTGGAGGATTTAAGGATCCTCGAACAAATGATTCAGGTCGAACTGGCGGTCAGAGAGGTCCAAGTTTCAGGCGTTCAGGAGATTATGAAAATTCCAGTTTTGG
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