CuGenDBv2

Gene ID	Carg20136
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	F-box domain-containing protein
Genome location	Carg_Chr14:12248350..12251076
RNA-Seq Expression	Carg20136
Synteny	Carg20136
Gene Ontology terms	GO:0000209 - protein polyubiquitination (biological process) GO:0031146 - SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process (biological process) GO:0019005 - SCF ubiquitin ligase complex (cellular component) GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domains	IPR036047 - F-box-like domain superfamily IPR039588 - F-box only protein 4

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6582240.1 CASP-like protein 1D1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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TrEMBL top hits

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A0A5A7U795 F-box-like domain-containing protein

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A0A6J1GTL4 uncharacterized protein LOC111457456 isoform X1

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A0A6J1GTX1 uncharacterized protein LOC111457456 isoform X2

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A0A6J1IS41 uncharacterized protein LOC111479465 isoform X2

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SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

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Alignment

AT4G15563.1 unknown protein

7.5e-28

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        GRW  G RMRD+  +R+VSL  +V  + E VL VL RG V+EVLRV +S
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCGAATCGGTACGAAGGCATCGGACATTTGTTCTTTGGGCTGTTGCTCGCGATTTTGTAAGCAACTCTGCGATTCCGATTACCTGTGGGAATCTCTCACTCGAGAAAG
ATGGCCTTATATCAATGTTGCTTCGTCTACTGGTTCTTCTTCATCAACTCTCGCACAATCGCCTATCTCCATGGGATGGAAAAGCTTTTACATCCAGAGACATATCGAGA
TATCAAGACGAGCCCAAGCAGCGGTAAAGTTTATAGAACAATACTCTCCTTCTTCCCCAATTGAGGGTGGAGACTATCTCAGGACAATTGTAGGCTTGTGGGATTTGAAG
CTTAGTTTTATAGATGCTCAAATGGTGCTCTTCAAACCTCACCTGAATGAGCTGCTGAACTTGGTTGGCTTACACTACTGTCAAAGTTGGCTTCAAGTTCCTGGGAATGA
AATCATAGAAGCACTTGAAAGATGCAAGATCTCAGAGAGGCAAGTAAGTGTGAAATGGTGGAAGCTGGGAAGATGGTTTTATGGCTTCCGTATGAGAGACGAGCAACAAA
CTCGTCGAGTCTCTCTAGCAGCACTCGTAGCAGAAGAAGGGGAAGACGTTCTCGAGGTGCTTAGCCGAGGCGCTGTTAACGAGGTGCTTCGAGTTCAGGTATCTGTAGGT
GAGCCCTTTGCCAGTAACTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

ACTACGTTCCACTATAAATATTTTCGCCATCGTCAAATTCTCCGTCCCCAGTTCTCGACTCCAGCATACTCCGTTCGGAAGCAAGCTCGGTTAGGGATTGAATCCATGGG
TTTGCACCTTCTTCCCATTGATGCTGCCTTGAAGATTGCTTCTTCGCTTCAGGTTCCAATGGAGTTTTGTGTGATTCTGTTTCCTTTTTTTTTTCTTACTGTAATAATGT
CTGTGGATTAATTTATCTATCTCTCTGGAATTTGGGGATGTGATGCGAATCGGTACGAAGGCATCGGACATTTGTTCTTTGGGCTGTTGCTCGCGATTTTGTAAGCAACT
CTGCGATTCCGATTACCTGTGGGAATCTCTCACTCGAGAAAGATGGCCTTATATCAATGTTGCTTCGTCTACTGGTTCTTCTTCATCAACTCTCGCACAATCGCCTATCT
CCATGGGATGGAAAAGCTTTTACATCCAGAGACATATCGAGATATCAAGACGAGCCCAAGCAGCGGTAAAGTTTATAGAACAATACTCTCCTTCTTCCCCAATTGAGGGT
GGAGACTATCTCAGGACAATTGTAGGCTTGTGGGATTTGAAGCTTAGTTTTATAGATGCTCAAATGGTGCTCTTCAAACCTCACCTGAATGAGCTGCTGAACTTGGTTGG
CTTACACTACTGTCAAAGTTGGCTTCAAGTTCCTGGGAATGAAATCATAGAAGCACTTGAAAGATGCAAGATCTCAGAGAGGCAAGTAAGTGTGAAATGGTGGAAGCTGG
GAAGATGGTTTTATGGCTTCCGTATGAGAGACGAGCAACAAACTCGTCGAGTCTCTCTAGCAGCACTCGTAGCAGAAGAAGGGGAAGACGTTCTCGAGGTGCTTAGCCGA
GGCGCTGTTAACGAGGTGCTTCGAGTTCAGGTATCTGTAGGTGAGCCCTTTGCCAGTAACTGATCTCAGGAAAGCACATAAAAACACCCTTTGCATCTCCTAAGTAAGCA
TTCTGCAGCAATGATCTATGTGCTAATTAATAGTTGCTTCATATATTTCAAATAAATGCTTATAGATTTATGCCTGCAGATTCCCAAATGCTAAATACTTGTTGCCCATT
CAGGTTTGATTTATAATTGGTATATTTTGTAAATTATTAGGAGCTTTTGGCTCCCCAGTATTGCGTTTCGGACAATCTTAATATCTTAGGTCACAGAGTACTAATAGTAT
AGTCCATAGCTACAACATTACTTTTCTATTTTGTTCGATTAAATCTTTAACATTCAAGTTTGTGCTATTTTATGTTCTATATTTTTAGAATGATCGAGTTCATGAATATG
AATTTGTTATTTGAAAACTTTTTGTTTTCAAAATTTATGAACTAAATAATACAAATT

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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LSFIDAQMVLFKPHLNELLNLVGLHYCQSWLQVPGNEIIEALERCKISERQVSVKWWKLGRWFYGFRMRDEQQTRRVSLAALVAEEGEDVLEVLSRGAVNEVLRVQVSVG
EPFASN

Carg20136 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome