; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg20273 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg20273
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionVery-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase
Genome locationCarg_Chr02:4531550..4534381
RNA-Seq ExpressionCarg20273
SyntenyCarg20273
Gene Ontology termsGO:0006633 - fatty acid biosynthetic process (biological process)
GO:0005789 - endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016836 - hydro-lyase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR007482 - Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7035426.1 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase hpo-8 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.4e-147100Show/hide
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XP_023007027.1 very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 2 isoform X2 [Cucurbita maxima]1.1e-5166.85Show/hide
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XP_023532298.1 very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.2e-5267.93Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5D3DKD0 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase3.3e-4659.78Show/hide
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A0A6J1G7R5 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase5.4e-4959.62Show/hide
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A0A6J1G819 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase1.2e-5369.02Show/hide
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A0A6J1KXE0 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase5.2e-5266.85Show/hide
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A0A6J1KZE6 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase6.0e-4859.13Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O17040 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase hpo-82.0e-0831.43Show/hide
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Q2KIP8 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 21.1e-0928.33Show/hide
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Q5RBK3 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 23.1e-0929.21Show/hide
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        L+  YL+ YN +   GW +    L+ +++A  S    Y S  + + F QT A LEI+H AIG +      S V   +F       +  R+   W+V    
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Q6Y1H2 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 23.1e-0929.21Show/hide
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        L+  YL+ YN +   GW +    L+ +++A  S    Y S  + + F QT A LEI+H AIG +      S V   +F       +  R+   W+V    
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Q9D3B1 Very-long-chain (3R)-3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 23.1e-0929.89Show/hide
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                        S   VQ   SV +  +AW+++E+IRYS +  + L    + + + RYT FI+LYP+GVT
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G10480.1 Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA7.0e-0925.36Show/hide
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         S    R                  HF+     V    ++WS++E+IRYS       LG +  W  +LRY++F++LYP G+T   SE      ++ H+ +
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        +  Y    P
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AT5G10480.2 Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA1.5e-0625.44Show/hide
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        Y +  + +   QTAA LEI+HG +G +            +  +     +  RL   W +  S    R                  HF+     V    ++
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Query:  WSLSEVIRYSHHAL-NCLGVSLFWLTYLRYTAFIILYPIGVTIGESEYTKHLCSVAHVPSNSFYDKEQP
        WS++E+IRYS       LG +  W  +LRY++F++LYP G+T   SE      ++ H+ ++  Y    P
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AT5G10480.3 Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA1.5e-0624.31Show/hide
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        +S +   YL  YN +   GW   LY  + +   T      Y +  + +   QTAA LEI+HG +G +            +  +     +  RL   W + 
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         S    R                  HF+     V    ++WS++         E+IRYS       LG +  W  +LRY++F++LYP G+T   SE    
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Query:  LCSVAHVPSNSFYDKEQP
          ++ H+ ++  Y    P
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AT5G59770.1 Protein-tyrosine phosphatase-like, PTPLA5.7e-1937.42Show/hide
Query:  ISLYRLLDSFVATKSTSGAYSSAGELICFLQTAAFLEIIHGAIGNLNELWYHSLVWYLNFDNVVFSPLNFRLGTNWSVASSNAMGRESSFSGCSCSSTSR
        ISL  +L+SF++ K+   AY+SAG LI   QTAA LE++HGAIG +               +   SPL    G    + +     +E             
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Query:  GFSPHFVQQLPSVFITFLAWSLSEVIRYSHHALNCLGVSLFWLTYLRYTAFIILYPIGVTIGE
              VQ  P + IT +AW + E+IRY H+A  CLG   +WLTYLRYT FI++YP G+ +GE
Subjt:  GFSPHFVQQLPSVFITFLAWSLSEVIRYSHHALNCLGVSLFWLTYLRYTAFIILYPIGVTIGE


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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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