; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg20572 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg20572
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related
Genome locationCarg_Chr12:605324..608048
RNA-Seq ExpressionCarg20572
SyntenyCarg20572
Gene Ontology termsGO:0009786 - regulation of asymmetric cell division (biological process)
InterPro domainsIPR040378 - Protein BREAKING OF ASYMMETRY IN THE STOMATAL LINEAGE


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6585259.1 hypothetical protein SDJN03_17992, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.1e-22794.98Show/hide
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KAG7020182.1 hypothetical protein SDJN02_16865, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.1e-231100Show/hide
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XP_022951209.1 uncharacterized protein LOC111454119 isoform X1 [Cucurbita moschata]1.5e-22092.94Show/hide
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XP_023002043.1 uncharacterized protein LOC111496042 isoform X1 [Cucurbita maxima]6.8e-21891.55Show/hide
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XP_023538554.1 uncharacterized protein LOC111799296 isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.3e-22192.92Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1BS70 uncharacterized protein LOC1110052141.2e-14065.26Show/hide
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A0A6J1GGY0 uncharacterized protein LOC111454119 isoform X17.1e-22192.94Show/hide
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A0A6J1GH17 uncharacterized protein LOC111454119 isoform X21.1e-21392.72Show/hide
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        SEPQVP                    ISSEKANSEDPASAFKSVESCNDNSA GT+AESPNENIP Q PSAHNNEFEKGSTTLNLNSISPM N EEEHHG
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A0A6J1KID4 uncharacterized protein LOC111496042 isoform X27.3e-21091.06Show/hide
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        SEPQV                     ISSEKANSEDPASAFKSVESCNDNSA GT+AES NENIP QHPSA NNEFEKGSTTLNLNSISPMAN EEEHHG
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        N+  D+PGPMTSSAGTQECYGSNDSAFGTQVST RLISSQTAHD GESSFSALDPLASLVTYSGPIAYSGSISLRSESSTTSTRSFAFPILQSEWNSSPV
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A0A6J1KPB6 uncharacterized protein LOC111496042 isoform X13.3e-21891.55Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G13650.2 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related (TAIR:AT2G03810.4)1.9e-0840Show/hide
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        + +S          L+     +  GE SF         +TY GP++ S ++S+RS+   TS  SFA PILQSEWNSSPV+M KAE    R
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AT2G03810.1 18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related1.3e-2831.37Show/hide
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        D +   +A + S  KK    Y+DK+V  C + +++VC KE   + VKDIC+DEGVP    F+F   D   S  T   +  ++   +  E K++ + +  +
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        +++   Q PS   ++ ++   T  +   + +   EE   G          TS    + C                L+ +    D       GE+SFSA D
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AT2G03810.2 18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related1.3e-2831.37Show/hide
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         D++  +       +E+    D+      S++ + + L   EE K         ++ EP      E A S+D  S        + S  D   S       
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        +++   Q PS   ++ ++   T  +   + +   EE   G          TS    + C                L+ +    D       GE+SFSA D
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AT2G03810.3 18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related1.3e-2831.37Show/hide
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AT2G03810.4 18S pre-ribosomal assembly protein gar2-related1.3e-2831.37Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CAAATGTCGAAAATGATAGTATGTGACAAGGAAATTAATGTCAATGATGTGAAGGACATCTGTATTGATGAAGGGGTGCCTTCTTTGGTCAACTTCATCTTTAGGAGTAC
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TCTCTTTAGAAGATCACTTTGCCACGGACTGGAGTACTCATAATGATGCTAAGGATCTGAATCAGATAGAGGAAGCAAAACTCAATCAAAGTGAACCACAAGTTCCGATA
TCTAGTGAAAAAGCCAACTCGGAAGACCCTGCTTCAGCTTTCAAATCCGTTGAATCTTGCAATGACAATTCTGCTTCGGGAACTGATGCAGAATCACCAAATGAAAACAT
TCCAGCACAACACCCTTCAGCTCATAATAACGAATTTGAGAAGGGAAGTACTACATTGAATCTCAATTCAATCTCTCCCATGGCCAATGCTGAAGAAGAACACCATGGAA
ATGTCAACTCAGACTACCCAGGACCCATGACCAGTAGTGCTGGGACACAGGAGTGTTATGGAAGTAACGATTCTGCATTCGGAACCCAAGTTTCGACAGGTCGATTAATT
TCAAGCCAGACTGCACACGACAGTGGCGAGTCTAGTTTCTCTGCTCTAGATCCATTAGCTAGCCTTGTTACTTACTCGGGGCCAATAGCTTATTCTGGAAGCATCTCTCT
TCGATCGGAAAGTAGCACGACAAGCACCCGCTCTTTTGCCTTCCCTATATTACAGTCTGAATGGAATAGCAGCCCGGTTAAAATGGTAAAAGCTGAACGGAGGCATTACC
GGAAGTACAGAGGATGGAGGGAGGGGCTTCTATGCTGCAGATTCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TCTAGTGAAAAAGCCAACTCGGAAGACCCTGCTTCAGCTTTCAAATCCGTTGAATCTTGCAATGACAATTCTGCTTCGGGAACTGATGCAGAATCACCAAATGAAAACAT
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ATTATTTCTTTGCTATTATGTGAAATTTAAGGTGTTAGTAATACCTCATCTCTTTCTCTCTGGTTGTTTCTTGTTTCTGCACTCATTCATATTGTTCTTTGATTTATATA
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AAGAAAAGTCGTTCTCTTGAGGAAATTGTCCACCATTAATAAAGACGTTCATCGAGTATGTATTATTTAAGTGATTATTTCAAAATTTTATTCTGACTTTATCTCGTATA
TCTTATTTATCGAAATTGTTTAAAGAAACGTTACACTAAAACTAGCTGAACATCTAAATCATACACTACAACGAGTAGTATATCAGAAGTCAACATGTTAACA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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QMSKMIVCDKEINVNDVKDICIDEGVPSLVNFIFRSTDEKSSYKTLPLNQNEGSIKEQKNSSEVLESIADNKKISLEDHFATDWSTHNDAKDLNQIEEAKLNQSEPQVPI
SSEKANSEDPASAFKSVESCNDNSASGTDAESPNENIPAQHPSAHNNEFEKGSTTLNLNSISPMANAEEEHHGNVNSDYPGPMTSSAGTQECYGSNDSAFGTQVSTGRLI
SSQTAHDSGESSFSALDPLASLVTYSGPIAYSGSISLRSESSTTSTRSFAFPILQSEWNSSPVKMVKAERRHYRKYRGWREGLLCCRF