; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg21178 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg21178
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like
Genome locationCarg_Chr01:11075813..11078183
RNA-Seq ExpressionCarg21178
SyntenyCarg21178
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0034220 - ion transmembrane transport (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0005216 - ion channel activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037569.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.1e-92100Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]4.8e-8897.19Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]1.1e-92100Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]3.0e-9098.88Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.7e-9199.44Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein5.2e-8895.03Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A9.7e-8795.51Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.3e-8897.19Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like5.3e-93100Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.5e-9098.88Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ225.2e-6976.65Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A6.8e-6173.37Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.7e-5971.43Show/hide
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        GHFARECR R G GG G G      R RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRS+SP RGRSYSRSP  RGR   PYA+G
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ235.0e-5664.25Show/hide
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        GHFARECR R G GG G G              GR RSRSPRYRRSPSYGR   SPR RSP+RRS S      R RSYSRSPP                R
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Query:  EEVPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A5.7e-6878.24Show/hide
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        ECGE GHFARECRSRGG G       GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+EVPYANG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 213.0e-5665.66Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +    GGRGGG GR GG  D KCYECGE
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 213.0e-5665.66Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +    GGRGGG GR GG  D KCYECGE
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         GHFARECR         G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein4.1e-6978.24Show/hide
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        ECGE GHFARECRSRGG G       GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+EVPYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 223.7e-7076.65Show/hide
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        CYECGE GHFARECR+R        GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REEVPYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 223.7e-7076.65Show/hide
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        CYECGE GHFARECR+R        GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REEVPYANG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTGTACGTTGGGAATTTGGACCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTGGAAGACGAATTTCGTGTATTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
CCCTGGTTATGCCTTTATAGATTTTGATGATCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGTTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGTGGAGGTGGCCGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGGGGTTCTGATCTCAAATGCTATGAATGTGGTGAGCCAGGACATTTTGCTCGTGAATGTCGTTCACGT
GGCGGCGGCGGGGGTGGCGGCGGCGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCACGGTACCGTCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAG
ATCTCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCACCTCCGTATCGTGGTAGAGAGGAGGTTCCTTATGCCAATGGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AATTCGTCGGACATTTAACACACAACTCCGTAGTTTACGAAAACCCAGGTGTATCTGAAACTTGAAGAGAGAAACCCGTCGGGCTGCTAGGGTTTTTCCTGTACGTTCAT
CGTCGTCTCCGATCTGTTCGTTACTTGGCAAAAAATGTCTCGTGTGTACGTTGGGAATTTGGACCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTGGAAGACGAATTTCGTGTATTTG
GAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACCCCCTGGTTATGCCTTTATAGATTTTGATGATCCCAGAGATGCACGGGATGCAATTCATGAATTAGATGGGAAGAAT
GGTTGGAGAGTTGAGCTTTCTCACAATTCTAGAGGTGGTGGTGGAGGTGGCCGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCTGGGGGTTCTGATCTCAAATGCTATGAATGTGGTGA
GCCAGGACATTTTGCTCGTGAATGTCGTTCACGTGGCGGCGGCGGGGGTGGCGGCGGCGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCACGGTACCGTCGGAGTCCAA
GTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTCCAAGACGCCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCACCTCCGTATCGTGGTAGAGAGGAG
GTTCCTTATGCCAATGGGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GGGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREEVPYANG