CuGenDBv2

Gene ID	Carg21496
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	DNA ligase 1
Genome location	Carg_Chr13:7304560..7306657
RNA-Seq Expression	Carg21496
Synteny	Carg21496
Gene Ontology terms	GO:0007131 - reciprocal meiotic recombination (biological process) GO:0099086 - synaptonemal structure (cellular component) GO:0016874 - ligase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004146600.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis sativus]

1.5e-96

91.67

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGN+KIP AKTR+RKRVSD+DL+SSD+RK+TN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFL+TGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

XP_022140180.1 DNA ligase 1 [Momordica charantia]

5.2e-97

92.13

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGN+KIP AKTRTRKRVSD DLTSSD+RKRT  DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQI+E+AQKDDQKKNEETISSVS+EIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQAL+EKFTKE+ATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRER+LISEQEKACA+KIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDF A+D
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

XP_022927498.1 DNA ligase 1 [Cucurbita moschata]

4.0e-105

100

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDFQADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

XP_023001751.1 DNA ligase 1 [Cucurbita maxima]

2.2e-103

98.61

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGNMKIPIAKTRTRKRVSD DLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDF  DD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

XP_023520366.1 DNA ligase 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

4.4e-104

99.07

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGNMKIPIAKTRTRKRVS+SDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIR MIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDFQADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LRW7 Uncharacterized protein

7.4e-97

91.67

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGN+KIP AKTR+RKRVSD+DL+SSD+RK+TN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFL+TGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

A0A5D3DS94 DNA ligase 1 isoform X1

1.4e-95

91.2

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        M N+KIP AKTR+RKRVSD+DLTSS++R RTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFL+TGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

A0A6J1CEE2 DNA ligase 1

2.5e-97

92.13

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGN+KIP AKTRTRKRVSD DLTSSD+RKRT  DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQI+E+AQKDDQKKNEETISSVS+EIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQAL+EKFTKE+ATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRER+LISEQEKACA+KIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDF A+D
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

A0A6J1EL64 DNA ligase 1

1.9e-105

100

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDFQADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

A0A6J1KJH3 DNA ligase 1

1.1e-103

98.61

Show/hide

Query:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
        MGNMKIPIAKTRTRKRVSD DLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL
Subjt:  MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFQADD
        GSFLETGSDEDF  DD
Subjt:  GSFLETGSDEDFQADD

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G33793.1 unknown protein

1.6e-59

62.14

Show/hide

Query:  RTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKALSKSSKECENCL
        RTR     S    + K K  +E   LD+D+S D KGI+SAL Q +E+A +D +KK EE+ISSVSTE+++ I+E+KSK EK+RQ+F+KALSKSSKECEN L
Subjt:  RTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKALSKSSKECENCL

Query:  KDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTLGSFLET-GSDE
        KDE AKF+ L++KF K+KA HLQ +KDTISKFEE+KERL+ +YEQLRK+E+++I+EQEK C EK+AQLEESLK+KK+ D+TFS+LRKTLGSFLE   SDE
Subjt:  KDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTLGSFLET-GSDE

Query:  DFQADD
        +F  D+
Subjt:  DFQADD

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGGAACATGAAAATACCTATTGCGAAAACAAGAACCAGGAAGCGAGTCTCTGACTCCGATCTCACAAGCTCCGATAAAAGGAAGCGGACCAACGAAGATATCGACCT
CGATCTCGATCTTTCTGACGATCTCAAAGGGATAGTGTCTGCGCTGAATCAGATCAAAGAGAGAGCTCAGAAGGACGATCAGAAGAAGAATGAAGAGACTATCTCAAGTG
TGTCGACTGAGATAAGAACAATGATTGAGGAGGTGAAATCTAAATTTGAGAAGGACAGGCAAAGTTTTGCGAAAGCACTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGAAAACTGT
TTGAAGGACGAAACTGCCAAATTCCAAGCACTTTACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGCTACACATCTCCAGGCCATGAAAGATACCATTTCCAAATTTGAAGAGGAGAA
AGAAAGGCTATTCGCAAAATATGAACAACTGAGAAAGAGAGAAAGGAGCCTGATATCTGAACAAGAGAAAGCTTGTGCTGAAAAGATTGCTCAATTGGAGGAGTCTTTGA
AAAGGAAAAAGCAGGATGATAGGACTTTCAGCCTTTTGCGGAAGACTCTTGGTTCATTTCTAGAAACTGGTTCAGATGAGGACTTCCAAGCTGATGATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGNMKIPIAKTRTRKRVSDSDLTSSDKRKRTNEDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAQKDDQKKNEETISSVSTEIRTMIEEVKSKFEKDRQSFAKALSKSSKECENC
LKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAMKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDRTFSLLRKTLGSFLETGSDEDFQADD

Carg21496 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome