; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg22030 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg22030
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionNEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like
Genome locationCarg_Chr19:6535628..6537842
RNA-Seq ExpressionCarg22030
SyntenyCarg22030
Gene Ontology termsGO:0045116 - protein neddylation (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0019788 - NEDD8 transferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000608 - Ubiquitin-conjugating enzyme E2
IPR016135 - Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
IPR023313 - Ubiquitin-conjugating enzyme, active site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_022972363.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like [Cucurbita maxima]4.9e-104100Show/hide
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XP_038888942.1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like [Benincasa hispida]1.6e-9996.72Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K481 UBC core domain-containing protein1.9e-9896.17Show/hide
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A0A5D3CPZ9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like2.5e-9895.63Show/hide
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A0A6J1C2V1 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like4.6e-10096.72Show/hide
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A0A6J1GLY2 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like6.9e-10499.45Show/hide
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A0A6J1I9Q6 NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like2.4e-104100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A3KN22 NEDD8-conjugating enzyme Ubc124.7e-6563.93Show/hide
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Q6DCZ9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc123.6e-6563.93Show/hide
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Q6P8D9 NEDD8-conjugating enzyme Ubc123.6e-6563.93Show/hide
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Q9SDY5 NEDD8-conjugating enzyme Ubc121.1e-8784.24Show/hide
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Q9ZU75 Probable NEDD8-conjugating enzyme Ubc12-like3.7e-8683.24Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G16740.1 ubiquitin-conjugating enzyme 291.1e-2438.24Show/hide
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AT2G18600.1 Ubiquitin-conjugating enzyme family protein2.6e-8783.24Show/hide
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AT3G08690.1 ubiquitin-conjugating enzyme 111.4e-2439.71Show/hide
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        R+ K++ +L   P + C + P   +D+ +++ TI  P E  Y GG FL S    P YP +PPKV  KTKVYHPNI+  G++CL+IL+E W P L I+ ++
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          +  L T PN +DPL  + A + + +   +ES  R
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AT4G36800.1 RUB1 conjugating enzyme 18.1e-8984.24Show/hide
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AT4G36800.2 RUB1 conjugating enzyme 18.1e-8984.24Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATTAAGCTTTTTAAAGTGAAGGAAAAGCAGAGAGAGATTGCACAGAATGCCAATGGAAAACCTCCTGGCAAGAAGCAAAGTGCAGGAGAATTGCGTCTTCAAAAAGA
TATCAGTGAATTGAACCTACCAAAAACGTGTTGTATATCGTTTCCTAATGGCAAGGATGACTTGATGAACTTTGAGGTCACTATTCAGCCTGATGAAGGATATTATCTAG
GCGGCACGTTTCTCTTCTCTTTCCAAGTTTCCCCTGTGTACCCTCACGAGCCACCAAAAGTGAAGTGCAAGACAAAGGTGTATCATCCTAATATTGACTTGGAAGGAAAT
GTTTGTCTCAACATCTTAAGAGAGGACTGGAAGCCCGTTCTGAATATCAACACTATCATATACGGATTATTTCATCTTTTCACGCAACCAAATCATGAAGACCCCCTCAA
CCACGATGCTGCAGCTGTTTTAAGGGATAACCCGAAGACGTTCGAATCCAATGTGAGAAGAGCAATGGCTGGGGGATATGTGGGACAGACATACTTCACGCGTTGCATGT
AG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AG
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