; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg23751 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg23751
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionPectin lyase-like superfamily protein
Genome locationCarg_Chr06:9387685..9390754
RNA-Seq ExpressionCarg23751
SyntenyCarg23751
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000743 - Glycoside hydrolase, family 28
IPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7029000.1 putative polygalacturonase [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.5e-82100Show/hide
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A0A6J1FGQ0 probable polygalacturonase isoform X11.7e-82100Show/hide
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A0A6J1FI43 probable polygalacturonase isoform X21.7e-82100Show/hide
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A0A6J1I4D7 probable polygalacturonase isoform X26.7e-7995.73Show/hide
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A0A6J1I844 probable polygalacturonase isoform X16.7e-7995.73Show/hide
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A0A6J1IB20 probable polygalacturonase6.7e-7995.73Show/hide
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A7PZL3 Probable polygalacturonase7.0e-2538.3Show/hide
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        T I +SN+T  + + +    W C+DV G S  V P PCS L
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Q02096 Polygalacturonase2.8e-0523.77Show/hide
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AT3G06770.1 Pectin lyase-like superfamily protein5.0e-4255.97Show/hide
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AT3G06770.3 Pectin lyase-like superfamily protein5.0e-4255.97Show/hide
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        TSI L++I   + + S  SWICS+VSG+S+ V P PC +L
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AT5G49215.1 Pectin lyase-like superfamily protein1.7e-3756.34Show/hide
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        TSI LSNI+ S+ +S+S   SW CS V G SE V+P PC +L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTGGTGGGATATCTAATGTTCTTGTCGAGCACGTGCACTTGTACAACTCGTCTACTGGCATTGAATTCAGAACTACCAAGGGAAGAGGAGGTTACATTAAAGGAAT
AGTTATATCAGACGTTGAAATGGAAAACATATCCACGGGATTCAGTGCCTCGGGTCATTTCGGGTCACATCCAGACGACGAGTTCGATCCTAACGCACTTCCAATCGTGC
AGGACATAACGTTGCAGAATGTTCGAGGCACAAACATTAAAATTGCTGGAAACTTCACTGGGCTACAGGAATCTCCCTTCACTTCAATCTATTTATCCAACATTACCTTT
TCAATGAATTCATCTTCTTCCACTTCTTGGATCTGTTCAGATGTTTCTGGGTACTCGGAATCCGTTATCCCGGCGCCCTGTTCTGACCTCGATACTCGATATTCAATTTC
TTCATTAGCAGCGAATTCAGCTGGAAAAGCTGCTGTTTTATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAGGCAGATTTTCTTCACCCGTTTCCTTCTTTTCCTTCTTTTTAGTTTTGGGGTGGATTTGGTTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGCTGTCGTTTTTACAGCGTA
TATTGCCCTCGTTTCCTTCCTTTCCCTACAATTTCCTTATGTAAGTTCTTGATTTTGGTTGTGCATTTATATCATTTGCCTCACTTTCCCTTTCGATTCCTCCGTTTGTT
TATGTTCTTCCGGTTTCAGCTCCCCTTTGCCTCGCCGTGTTTGCTGCTGGTTTGCCCCTTCTTCATCTCGATTTCTCTTCATTTTGGTCATTGTCGTTCCTGGCTTTGAC
CAATGAGGATGCTAGTAAGTGGCATTGCTGCTGTTGCTACAATTGAGCAATGCTGCGAAGATTATTGGTGATGAGCTCTCCGGACAGTGCAATTCTAAGCCCATATTAGA
TCCAAGGCCACACAGTGTGTCTATCTTGGAGTTTGGGGCTGTTGGTGATGGCAAAACTCTCAACACCATTGCCTTCCAAAACGCCATTTTCTATCTCAAATCCTTCGCTG
ATAAGGGTGGAGCTCAGCTTTATGTTCCACCGGGAAAATGGCTCACTGGAAGCATTAATCTCACTAGCCACCTTACCCTTTTTCTGGAAAAAGGTGCTACCATTCTTGCC
TCTCAGGACCCGTCCCATTGGGAACTTGTCAATCCGTTACCTTCGTATGGTAGAGGTGTTGAAGTTCCAGGGAAACGATACCGGAGCTTGATAAATGGTTACAATTTACA
CGATGTTGTAATAACAGGTGATGATGGTGTCATTGATGGTCAGGGTTTGGTTTGGTGGGATTGGTTCACTTCTCATTCCTTAAACTATAGCCGTCCTCACCTCGTGGAAT
TTGAGGATTCGGAATATGTAGTCGTTTCGAACCTTAGTTTCTTGAATACTCCTGCTTATAATATCCATCCAGTTTACTGCAGTAATGTCTATGTTTTCAACATCTCTGTC
TCTGCACCTTCTGAATCTCCCTACACTGTTGGAATAGTCCCAGATTCTTCTGATCATGTATGCATAGAGGGCTGCAACATTGCCACGGGATATGACGCCATCGTCTTGAA
GAGCGGCTGGGATCAGTATGGTATAGCCTATGGTAGACCATCTAAAAACATACACATCAGAAACGTCCACCTTCAGTCGTCTTCAGGTTCGTCCATTGCCTTTGGTAGCG
AGATGTCTGGTGGGATATCTAATGTTCTTGTCGAGCACGTGCACTTGTACAACTCGTCTACTGGCATTGAATTCAGAACTACCAAGGGAAGAGGAGGTTACATTAAAGGA
ATAGTTATATCAGACGTTGAAATGGAAAACATATCCACGGGATTCAGTGCCTCGGGTCATTTCGGGTCACATCCAGACGACGAGTTCGATCCTAACGCACTTCCAATCGT
GCAGGACATAACGTTGCAGAATGTTCGAGGCACAAACATTAAAATTGCTGGAAACTTCACTGGGCTACAGGAATCTCCCTTCACTTCAATCTATTTATCCAACATTACCT
TTTCAATGAATTCATCTTCTTCCACTTCTTGGATCTGTTCAGATGTTTCTGGGTACTCGGAATCCGTTATCCCGGCGCCCTGTTCTGACCTCGATACTCGATATTCAATT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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