; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg24724 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg24724
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionKH domain-containing protein
Genome locationCarg_Chr09:5856149..5864746
RNA-Seq ExpressionCarg24724
SyntenyCarg24724
Gene Ontology termsGO:0048024 - regulation of mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR004087 - K Homology domain
IPR032377 - STAR protein, homodimerisation region
IPR036612 - K Homology domain, type 1 superfamily
IPR045071 - KH domain-containing BBP-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6592127.1 KH domain-containing protein, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.0e-160100Show/hide
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KAG7025003.1 KH domain-containing protein [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]6.0e-160100Show/hide
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XP_022936692.1 KH domain-containing protein At5g56140-like [Cucurbita moschata]2.3e-15999.66Show/hide
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XP_022976633.1 KH domain-containing protein At5g56140-like [Cucurbita maxima]4.8e-15798.33Show/hide
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XP_023536507.1 KH domain-containing protein At5g56140-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.5e-15898.99Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K3M6 KH domain-containing protein2.0e-14893.29Show/hide
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A0A1S3BI94 KH domain-containing protein At5g56140 isoform X21.7e-14792.95Show/hide
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A0A6J1CCS9 KH domain-containing protein At5g56140-like isoform X19.4e-15194.63Show/hide
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A0A6J1F952 KH domain-containing protein At5g56140-like1.1e-15999.66Show/hide
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A0A6J1IMS3 KH domain-containing protein At5g56140-like2.3e-15798.33Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0WLR1 KH domain-containing protein At4g264803.0e-11475Show/hide
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Q75GR5 KH domain-containing protein SPIN13.8e-7257.65Show/hide
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        +E+LLKP+DES DFYK+QQLRELAMLN TLRE+ SP   SVSPF N  GMKRAKT
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Q8GWR3 KH domain-containing protein At1g09660/At1g096701.9e-6852.15Show/hide
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        +KD  +EE ++GKPGYEHL EPLH+L+EAELP +II++RL  A   LE LLKPMDES D YK++QL+ELA LNGTLREE  SP +S  +SP  +    KR
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        AKT
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Q8GYR4 KH domain-containing protein At3g086202.4e-7152.92Show/hide
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        N  G  + GW       +        A  W  +  S S   VK+ +R+D+PVD YPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVEA+T CRV IRG+GSIKDP +EE +
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Q9FKT4 KH domain-containing protein At5g561404.1e-11977.78Show/hide
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        GG +M +S S    PSAP SP+   GLRS SSV       +EQEKYLSELLAER KL PFLPVLP ++RLLNQEILRVTTLL  A+VL QSGL+H SPLA
Subjt:  GGMYMAFSPS----PSAPHSPHLP-GLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASPLA

Query:  SGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPA
        SGGIF N  ADMNGW S+F SE S  + SSP  NWL+S GSSSGLI K+TIRVD+PVDNYPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDP 
Subjt:  SGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPA

Query:  REEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTR
        +EEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELP+EI+DARLMQAREIL+DLL PM+E+HD YKKQQLRELA+LNGTLREEGSPMS SVSP+ NSLGMKRAKTR
Subjt:  REEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G09660.1 RNA-binding KH domain-containing protein1.4e-6952.15Show/hide
Query:  MTSSAGGMYMAFSPSPSAPHSPHLPGLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASPLA
        M S AG + M    SP +     L G R+  + S    +  ++E+YL+ELL ERQKLGPFL V+P   RLLN EI RV      +S       EH SP  
Subjt:  MTSSAGGMYMAFSPSPSAPHSPHLPGLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASPLA

Query:  SGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQ-----NWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGS
        S G  +NG  D+ GW+     E   L ++SP +      W+   G  +  IVKK IR+DVPVD YP+YNFVGR+LGPRGNSLKRVE +T CRV IRGRGS
Subjt:  SGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQ-----NWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGS

Query:  IKDPAREEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEG-SP-MSSSVSPFHNSLGMKR
        +KD  +EE ++GKPGYEHL EPLH+L+EAELP +II++RL  A   LE LLKPMDES D YK++QL+ELA LNGTLREE  SP +S  +SP  +    KR
Subjt:  IKDPAREEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEG-SP-MSSSVSPFHNSLGMKR

Query:  AKT
        AKT
Subjt:  AKT

AT2G38610.1 RNA-binding KH domain-containing protein2.3e-6954.58Show/hide
Query:  LEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEH--ASPLASGGIFSN-GGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLS
        ++  +YL+ELLAE QKL PF+ VLPI  RLLNQE+ RV+ ++          L H   SP+AS  + SN     + GW    Q  +S         +W  
Subjt:  LEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEH--ASPLASGGIFSN-GGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLS

Query:  SQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPAREEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQ
        + GS S   VK+ +R+++PVDNYPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVEA+T CRV IRG+GSIKDP +E+ +RG+PGYEHLNE LHIL+EA+LP  I++ RL Q
Subjt:  SQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPAREEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQ

Query:  AREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLN-GTLREE--GSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKT
        A+EI+E+LLKP+DES DF K+QQLRELA+LN   LREE  G     SVSPF++S   KR KT
Subjt:  AREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLN-GTLREE--GSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKT

AT3G08620.1 RNA-binding KH domain-containing protein1.7e-7252.92Show/hide
Query:  YMAFSPSPSAPHSPHLPGLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEH--ASPLASGGIFS
        Y  FSPS +A      P +R+PSS            +Y+S+LLAE QKLGPF+ VLPI  RLLNQEI R+T ++          L H   SP+AS  + S
Subjt:  YMAFSPSPSAPHSPHLPGLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEH--ASPLASGGIFS

Query:  N-GGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPAREEMM
        N  G  + GW       +        A  W  +  S S   VK+ +R+D+PVD YPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVEA+T CRV IRG+GSIKDP +EE +
Subjt:  N-GGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPAREEMM

Query:  RGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKT
        +GKPGYEHLNE LHIL+EA+LP++I+D +L QA+EI+E+L+KP+DES D+ K+QQLRELA+LN  LRE     S SVSPF NS  MKR KT
Subjt:  RGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKT

AT4G26480.1 RNA-binding KH domain-containing protein2.2e-11575Show/hide
Query:  SAGGMYMAFSP----SPSAPHSPHLP-GLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASP
        S GG ++ + P     PSAP SP+   GLRS  S       L+EQEKYLSELLAER KL PFLPVLP   RL+NQEILRVTTLL  A  L QS  +H SP
Subjt:  SAGGMYMAFSP----SPSAPHSPHLP-GLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASP

Query:  LASGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKD
        LASGGIF N  ADMNGW S+F SE S  + SSPA NWL+S GSSSGLIVK+TIRVD+PVD YPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKD
Subjt:  LASGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKD

Query:  PAREEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTRG
        P +E+MMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELP+EI+DARLMQAREIL+DLL P++E+HDFYKKQQLRELA+LNG+LREEGSPMS S+SP+ NSLGMKRAKTRG
Subjt:  PAREEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTRG

AT5G56140.1 RNA-binding KH domain-containing protein2.9e-12077.78Show/hide
Query:  GGMYMAFSPS----PSAPHSPHLP-GLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASPLA
        GG +M +S S    PSAP SP+   GLRS SSV       +EQEKYLSELLAER KL PFLPVLP ++RLLNQEILRVTTLL  A+VL QSGL+H SPLA
Subjt:  GGMYMAFSPS----PSAPHSPHLP-GLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASPLA

Query:  SGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPA
        SGGIF N  ADMNGW S+F SE S  + SSP  NWL+S GSSSGLI K+TIRVD+PVDNYPN+NFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDP 
Subjt:  SGGIFSNGGADMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPA

Query:  REEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTR
        +EEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELP+EI+DARLMQAREIL+DLL PM+E+HD YKKQQLRELA+LNGTLREEGSPMS SVSP+ NSLGMKRAKTR
Subjt:  REEMMRGKPGYEHLNEPLHILVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACGTCGTCTGCAGGCGGGATGTACATGGCTTTCTCTCCCTCTCCCTCGGCTCCTCACTCTCCTCATCTTCCTGGTCTTCGTTCTCCGTCCTCTGTATCTGCGGCTGC
CGCTGCTCTACTCGAGCAAGAGAAGTATCTCTCTGAGTTATTGGCAGAGCGACAGAAACTTGGTCCATTTCTGCCTGTGCTGCCTATTAGTTATCGCTTGCTGAACCAAG
AAATATTGCGTGTAACTACACTATTGGGGAAGGCATCAGTTTTAGGTCAAAGTGGGCTTGAACATGCCAGCCCCCTGGCTTCTGGAGGAATATTTTCAAATGGAGGTGCT
GACATGAATGGATGGACGTCACGGTTTCAATCAGAAATGTCAAGTTTATTACAATCCTCACCAGCACAAAATTGGCTAAGTTCCCAAGGTAGTTCATCAGGTCTTATTGT
GAAGAAAACCATCAGAGTGGACGTTCCTGTTGACAACTATCCCAATTATAACTTTGTTGGCCGCCTCCTTGGTCCTAGGGGAAACTCTCTCAAGCGAGTGGAGGCAAGTA
CTGATTGTCGAGTTTTGATTAGAGGGCGTGGTAGCATTAAGGATCCAGCTAGGGAAGAAATGATGAGAGGAAAACCGGGTTATGAGCATTTGAACGAGCCTCTCCACATC
CTAGTTGAGGCAGAGTTGCCAGTTGAAATTATTGATGCTCGCCTTATGCAAGCCCGTGAGATTCTCGAGGACTTGCTCAAACCAATGGATGAATCTCACGATTTCTACAA
GAAGCAACAGCTACGAGAGCTAGCTATGCTTAATGGCACACTTCGTGAGGAGGGTTCGCCCATGTCCAGTTCCGTGTCTCCCTTCCACAATAGCCTCGGAATGAAGAGAG
CCAAAACTAGGGGGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TACATATAGAGATAGATAGACAGGGAAGGAGGCACAGCTGCTGTAGTGTGCATAATTTTTCCACCGACGCCAGATCGACAGAGCGTCTGGTAGGGATCGCCACCGTTATC
GCCATCGCCGCCGCCGACTTTGAATCCTGGCCTTATCCATATCCAGTCACGTCTCCGGAGGGAGAGAAATGACGTCGTCTGCAGGCGGGATGTACATGGCTTTCTCTCCC
TCTCCCTCGGCTCCTCACTCTCCTCATCTTCCTGGTCTTCGTTCTCCGTCCTCTGTATCTGCGGCTGCCGCTGCTCTACTCGAGCAAGAGAAGTATCTCTCTGAGTTATT
GGCAGAGCGACAGAAACTTGGTCCATTTCTGCCTGTGCTGCCTATTAGTTATCGCTTGCTGAACCAAGAAATATTGCGTGTAACTACACTATTGGGGAAGGCATCAGTTT
TAGGTCAAAGTGGGCTTGAACATGCCAGCCCCCTGGCTTCTGGAGGAATATTTTCAAATGGAGGTGCTGACATGAATGGATGGACGTCACGGTTTCAATCAGAAATGTCA
AGTTTATTACAATCCTCACCAGCACAAAATTGGCTAAGTTCCCAAGGTAGTTCATCAGGTCTTATTGTGAAGAAAACCATCAGAGTGGACGTTCCTGTTGACAACTATCC
CAATTATAACTTTGTTGGCCGCCTCCTTGGTCCTAGGGGAAACTCTCTCAAGCGAGTGGAGGCAAGTACTGATTGTCGAGTTTTGATTAGAGGGCGTGGTAGCATTAAGG
ATCCAGCTAGGGAAGAAATGATGAGAGGAAAACCGGGTTATGAGCATTTGAACGAGCCTCTCCACATCCTAGTTGAGGCAGAGTTGCCAGTTGAAATTATTGATGCTCGC
CTTATGCAAGCCCGTGAGATTCTCGAGGACTTGCTCAAACCAATGGATGAATCTCACGATTTCTACAAGAAGCAACAGCTACGAGAGCTAGCTATGCTTAATGGCACACT
TCGTGAGGAGGGTTCGCCCATGTCCAGTTCCGTGTCTCCCTTCCACAATAGCCTCGGAATGAAGAGAGCCAAAACTAGGGGGTAAATAAACTGCTCCTTTATAGAAAAGG
CTTTTGGAGATTGTTTTCTAGTGTCTGGGAGTAATCAGCAGTCCCATTCCAAGGTATTGCCTGCAGCCAATGCCTTCAACTGCAATCGGGGCACTCGCACGCTTACGTGC
AGGTTCTTACTAAAATTTATATGGTGTGTTTATGTAATATTTGGAAAGAGAAGATAATGTACTGACATGGAAATGTCAAGCAGTTAAGAATTATTAGCGAGTGGGGGGGC
TTGCTTATATATATATTATATATATTTGTTTAATGTGTGTTGTTTACTAGGCTTTTTTTTTAATAAGGTTATTATGGAAGTTCTGAATACTTTGTAGGGTGGTGGGTTCT
TTTGGGACTTTAGAAAGACAAAAGGCTAAGGCTTGTAAGGCAATGT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTSSAGGMYMAFSPSPSAPHSPHLPGLRSPSSVSAAAAALLEQEKYLSELLAERQKLGPFLPVLPISYRLLNQEILRVTTLLGKASVLGQSGLEHASPLASGGIFSNGGA
DMNGWTSRFQSEMSSLLQSSPAQNWLSSQGSSSGLIVKKTIRVDVPVDNYPNYNFVGRLLGPRGNSLKRVEASTDCRVLIRGRGSIKDPAREEMMRGKPGYEHLNEPLHI
LVEAELPVEIIDARLMQAREILEDLLKPMDESHDFYKKQQLRELAMLNGTLREEGSPMSSSVSPFHNSLGMKRAKTRG