; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg24864 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg24864
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Descriptionhomeobox-leucine zipper protein HAT4
Genome locationCarg_Chr16:9103007..9104638
RNA-Seq ExpressionCarg24864
SyntenyCarg24864
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000047 - Helix-turn-helix motif
IPR001356 - Homeobox domain
IPR003106 - Leucine zipper, homeobox-associated
IPR006712 - HD-ZIP protein, N-terminal
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017970 - Homeobox, conserved site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6577673.1 Homeobox-leucine zipper protein HAT2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.9e-152100Show/hide
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XP_022923548.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4 [Cucurbita moschata]6.9e-15099.28Show/hide
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XP_022965141.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4-like [Cucurbita maxima]3.2e-14797.12Show/hide
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XP_023552456.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4 [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.0e-15098.93Show/hide
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XP_038906160.1 homeobox-leucine zipper protein HAT4 [Benincasa hispida]6.2e-13592.2Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L6T6 Homeobox domain-containing protein2.6e-12688.26Show/hide
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A0A1S3BJZ9 homeobox-leucine zipper protein HAT42.0e-12688.21Show/hide
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A0A5D3CLM5 Homeobox-leucine zipper protein HAT42.0e-12688.21Show/hide
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A0A6J1E9Y0 homeobox-leucine zipper protein HAT43.3e-15099.28Show/hide
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A0A6J1HKW5 homeobox-leucine zipper protein HAT4-like1.5e-14797.12Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P46600 Homeobox-leucine zipper protein HAT11.9e-7056.77Show/hide
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        MM G +D LGLSL L F  +HP   LQLNL P+           W N      + +  +  LR IDVN + P+T D EEE  +SSPNST+SS VSGKR  
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        +ERE       G+DLD   DR   RG SDEE+   GET RKKLRL+KDQSAVLED+FKEHNTLNPKQKLALAK+LGL  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEV
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Query:  DCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALH
        DCE+LKRC E LT+ENRRL+KE  ELRALKLSP+ Y  M+PPTTL MCPSCERVA P S++               H+ R + ++PW        F+ + 
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Query:  PRS
        PRS
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P46601 Homeobox-leucine zipper protein HAT22.7e-7259.2Show/hide
Query:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP--SWTNDASSDRTSET--GRSLLRGIDVNRIPPSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKRSERE------
        MM G +D LGLSL L F S  H  LQ+NL P  S +N+      ++T    S LR IDVN   PST +CEE+  +SSPNST+SS +SGKRSERE      
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Query:  -TNGEDLD---GDRDCFRGISDEED--GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRC
          +G+D D    DR   RG SDEE+  GETSRKKLRL+KDQSA LE++FKEHNTLNPKQKLALAK+L L  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRC
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Query:  CENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWAS----AIPARPFNALHPRS
         E LT+ENRRLQKE  ELR LKLSPQFY  MTPPTTL MCPSCERV  P S++               H+ RP+ INPW +          F AL PRS
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P46602 Homeobox-leucine zipper protein HAT32.6e-6758.3Show/hide
Query:  MAGNDDGLGLSLGLSF---------------------DSHPHRHLQLN------LMPSWTNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPS-TADCEEE-AAMS
        M+  DDGLGLSL LS                       SH     Q N      +  +W N   S   +   RS LRGIDVNR P +   D E+E A +S
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Query:  SPNSTVSSV-SGKRSERETNG----------EDLDGDR-DC-FRGISDEEDG-----ETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRP
        SPNSTVSSV SGK+SERE             ED + +R  C   G SD+EDG     ++SRKKLRL+K+Q+ VLE++FKEH+TLNPKQK+ALAKQL LR 
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Query:  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSA
        RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCCENLTDENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHM PPTTLTMCPSCERVAV  S+S+
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P92953 Homeobox-leucine zipper protein ATHB-42.0e-6752.81Show/hide
Query:  MAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMPSWTNDASS------------------------------------DRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTA--
        M   DDGLGLSL L         L+LNLMP  T+ +SS                                    +R S+ G S LRG +VNR   S A  
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Query:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSERET--NGEDLDGDR-DCFR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL
        D EEEAA +SSPNS VSS+SG + +      G++ + +R  C R    G SD+ED   G+ SRKKLRL+KDQ+ VLE++FKEH+TLNPKQKLALAKQL L
Subjt:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSERET--NGEDLDGDR-DCFR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL

Query:  RPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERV--------AVPPSTSAPTTVTRV
        R RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCC+NLT+ENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHMTPPTTLTMCPSCERV        A P +T+ PT V R 
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Query:  GQAQAQAHHARPIHINPWAS
                   P  + PW +
Subjt:  GQAQAQAHHARPIHINPWAS

Q05466 Homeobox-leucine zipper protein HAT42.3e-7959.87Show/hide
Query:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP-----------------SWTND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADC-EEEAAMSSPNST
        MM   DD LGLSLGL+F   P + + L   P                 SW         +SD + +  R+ +RGIDVNR PPSTA+  +E+A +SSPNST
Subjt:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP-----------------SWTND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADC-EEEAAMSSPNST

Query:  VSSVSGKRSERETNGEDLDGDRDCFRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC
        VSS +GKRSERE      D D    RGISD+EDG+ SRKKLRL+KDQSA+LE++FK+H+TLNPKQK ALAKQLGLR RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC
Subjt:  VSSVSGKRSERETNGEDLDGDRDCFRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC

Query:  EFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNAL
        EFL+RCCENLT+ENRRLQKEV ELRALKLSPQFYMHM+PPTTLTMCPSCE V+VPP            QA   AHH R + +N WA A        F+AL
Subjt:  EFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNAL

Query:  HPRS
         PRS
Subjt:  HPRS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G44910.1 homeobox-leucine zipper protein 41.4e-6852.81Show/hide
Query:  MAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMPSWTNDASS------------------------------------DRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTA--
        M   DDGLGLSL L         L+LNLMP  T+ +SS                                    +R S+ G S LRG +VNR   S A  
Subjt:  MAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMPSWTNDASS------------------------------------DRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTA--

Query:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSERET--NGEDLDGDR-DCFR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL
        D EEEAA +SSPNS VSS+SG + +      G++ + +R  C R    G SD+ED   G+ SRKKLRL+KDQ+ VLE++FKEH+TLNPKQKLALAKQL L
Subjt:  DCEEEAA-MSSPNSTVSSVSGKRSERET--NGEDLDGDR-DCFR----GISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGL

Query:  RPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERV--------AVPPSTSAPTTVTRV
        R RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCC+NLT+ENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHMTPPTTLTMCPSCERV        A P +T+ PT V R 
Subjt:  RPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERV--------AVPPSTSAPTTVTRV

Query:  GQAQAQAHHARPIHINPWAS
                   P  + PW +
Subjt:  GQAQAQAHHARPIHINPWAS

AT3G60390.1 homeobox-leucine zipper protein 31.8e-6858.3Show/hide
Query:  MAGNDDGLGLSLGLSF---------------------DSHPHRHLQLN------LMPSWTNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPS-TADCEEE-AAMS
        M+  DDGLGLSL LS                       SH     Q N      +  +W N   S   +   RS LRGIDVNR P +   D E+E A +S
Subjt:  MAGNDDGLGLSLGLSF---------------------DSHPHRHLQLN------LMPSWTNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPS-TADCEEE-AAMS

Query:  SPNSTVSSV-SGKRSERETNG----------EDLDGDR-DC-FRGISDEEDG-----ETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRP
        SPNSTVSSV SGK+SERE             ED + +R  C   G SD+EDG     ++SRKKLRL+K+Q+ VLE++FKEH+TLNPKQK+ALAKQL LR 
Subjt:  SPNSTVSSV-SGKRSERETNG----------EDLDGDR-DC-FRGISDEEDG-----ETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRP

Query:  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSA
        RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRCCENLTDENRRLQKEV ELRALKLSP  YMHM PPTTLTMCPSCERVAV  S+S+
Subjt:  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSA

AT4G16780.1 homeobox protein 21.6e-8059.87Show/hide
Query:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP-----------------SWTND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADC-EEEAAMSSPNST
        MM   DD LGLSLGL+F   P + + L   P                 SW         +SD + +  R+ +RGIDVNR PPSTA+  +E+A +SSPNST
Subjt:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP-----------------SWTND-----ASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADC-EEEAAMSSPNST

Query:  VSSVSGKRSERETNGEDLDGDRDCFRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC
        VSS +GKRSERE      D D    RGISD+EDG+ SRKKLRL+KDQSA+LE++FK+H+TLNPKQK ALAKQLGLR RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC
Subjt:  VSSVSGKRSERETNGEDLDGDRDCFRGISDEEDGETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDC

Query:  EFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNAL
        EFL+RCCENLT+ENRRLQKEV ELRALKLSPQFYMHM+PPTTLTMCPSCE V+VPP            QA   AHH R + +N WA A        F+AL
Subjt:  EFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAI---PARPFNAL

Query:  HPRS
         PRS
Subjt:  HPRS

AT4G17460.1 Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein1.4e-7156.77Show/hide
Query:  MMAGNDDGLGLSLGLSF-DSHPHRHLQLNLMPS-----------WTNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKR--
        MM G +D LGLSL L F  +HP   LQLNL P+           W N      + +  +  LR IDVN + P+T D EEE  +SSPNST+SS VSGKR  
Subjt:  MMAGNDDGLGLSLGLSF-DSHPHRHLQLNLMPS-----------WTNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKR--

Query:  SERETN-----GEDLD--GDRDCFRGISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEV
        +ERE       G+DLD   DR   RG SDEE+   GET RKKLRL+KDQSAVLED+FKEHNTLNPKQKLALAK+LGL  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEV
Subjt:  SERETN-----GEDLD--GDRDCFRGISDEED---GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEV

Query:  DCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALH
        DCE+LKRC E LT+ENRRL+KE  ELRALKLSP+ Y  M+PPTTL MCPSCERVA P S++               H+ R + ++PW        F+ + 
Subjt:  DCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALH

Query:  PRS
        PRS
Subjt:  PRS

AT5G47370.1 Homeobox-leucine zipper protein 4 (HB-4) / HD-ZIP protein1.9e-7359.2Show/hide
Query:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP--SWTNDASSDRTSET--GRSLLRGIDVNRIPPSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKRSERE------
        MM G +D LGLSL L F S  H  LQ+NL P  S +N+      ++T    S LR IDVN   PST +CEE+  +SSPNST+SS +SGKRSERE      
Subjt:  MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMP--SWTNDASSDRTSET--GRSLLRGIDVNRIPPSTADCEEEAAMSSPNSTVSS-VSGKRSERE------

Query:  -TNGEDLD---GDRDCFRGISDEED--GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRC
          +G+D D    DR   RG SDEE+  GETSRKKLRL+KDQSA LE++FKEHNTLNPKQKLALAK+L L  RQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCE+LKRC
Subjt:  -TNGEDLD---GDRDCFRGISDEED--GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRC

Query:  CENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWAS----AIPARPFNALHPRS
         E LT+ENRRLQKE  ELR LKLSPQFY  MTPPTTL MCPSCERV  P S++               H+ RP+ INPW +          F AL PRS
Subjt:  CENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTLTMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWAS----AIPARPFNALHPRS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGGCCGGCAACGACGATGGCCTTGGTTTGAGCCTTGGGTTGAGCTTTGATTCTCATCCCCACCGCCATTTGCAGCTAAATCTCATGCCGTCTTGGACTAATGATGC
CTCCTCTGATCGGACTTCGGAAACTGGGCGATCGCTGCTCCGGGGTATTGATGTGAACCGGATTCCGCCGTCGACGGCGGATTGTGAGGAGGAAGCGGCGATGTCGAGCC
CGAATAGTACGGTGTCGAGTGTGAGTGGGAAACGGAGTGAACGGGAAACGAACGGCGAGGATCTCGACGGCGATAGAGATTGTTTCAGAGGAATTAGCGATGAAGAAGAC
GGCGAAACTTCTAGAAAAAAGCTTCGGCTTACTAAAGATCAGTCCGCCGTCTTGGAAGATAGCTTCAAAGAACACAACACTCTCAATCCTAAGCAAAAGCTGGCTCTCGC
GAAACAGTTAGGTCTCCGGCCAAGACAAGTCGAAGTCTGGTTCCAAAACAGAAGGGCAAGGACAAAATTGAAGCAAACGGAGGTTGATTGCGAGTTTCTAAAGAGATGCT
GTGAGAATCTGACGGATGAGAATAGGCGGTTGCAAAAAGAAGTACAGGAACTGAGAGCACTGAAACTTTCCCCACAATTCTACATGCACATGACCCCACCCACCACCCTT
ACCATGTGCCCGTCATGCGAGCGTGTCGCGGTCCCACCCTCCACGTCAGCCCCCACTACAGTGACACGAGTGGGCCAAGCCCAAGCCCAGGCCCACCACGCTCGGCCCAT
CCACATCAACCCGTGGGCCTCCGCCATCCCGGCCCGGCCCTTCAACGCCCTACACCCTCGCTCGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TCTTTCTTTTCTATATAATCCTTTCTTCTCCCCTTCTACTTGGACCACACCTCACTCATCCTTCTCCTCCTTCTCTCTCTTCCCCTGTTTCTTCTCTCTCTCTTCAAATT
CAAGAAATTTGCAGAGCTATGATGGCCGGCAACGACGATGGCCTTGGTTTGAGCCTTGGGTTGAGCTTTGATTCTCATCCCCACCGCCATTTGCAGCTAAATCTCATGCC
GTCTTGGACTAATGATGCCTCCTCTGATCGGACTTCGGAAACTGGGCGATCGCTGCTCCGGGGTATTGATGTGAACCGGATTCCGCCGTCGACGGCGGATTGTGAGGAGG
AAGCGGCGATGTCGAGCCCGAATAGTACGGTGTCGAGTGTGAGTGGGAAACGGAGTGAACGGGAAACGAACGGCGAGGATCTCGACGGCGATAGAGATTGTTTCAGAGGA
ATTAGCGATGAAGAAGACGGCGAAACTTCTAGAAAAAAGCTTCGGCTTACTAAAGATCAGTCCGCCGTCTTGGAAGATAGCTTCAAAGAACACAACACTCTCAATCCTAA
GCAAAAGCTGGCTCTCGCGAAACAGTTAGGTCTCCGGCCAAGACAAGTCGAAGTCTGGTTCCAAAACAGAAGGGCAAGGACAAAATTGAAGCAAACGGAGGTTGATTGCG
AGTTTCTAAAGAGATGCTGTGAGAATCTGACGGATGAGAATAGGCGGTTGCAAAAAGAAGTACAGGAACTGAGAGCACTGAAACTTTCCCCACAATTCTACATGCACATG
ACCCCACCCACCACCCTTACCATGTGCCCGTCATGCGAGCGTGTCGCGGTCCCACCCTCCACGTCAGCCCCCACTACAGTGACACGAGTGGGCCAAGCCCAAGCCCAGGC
CCACCACGCTCGGCCCATCCACATCAACCCGTGGGCCTCCGCCATCCCGGCCCGGCCCTTCAACGCCCTACACCCTCGCTCGTAAATACCCTCCCCACCGACGAGGGCAA
TTCCGAGATTTCGCTATCTTAGGATACGGTTGTTGGGCCGGGATTTGGTGGGCCTCTGTGTTTTGTAATGTTCGGCCCATCTTGTCATAATTACCGTTGAGTAGTTTATT
TATTTATCTTAGGGCTAAATACTTTTTTTTTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMAGNDDGLGLSLGLSFDSHPHRHLQLNLMPSWTNDASSDRTSETGRSLLRGIDVNRIPPSTADCEEEAAMSSPNSTVSSVSGKRSERETNGEDLDGDRDCFRGISDEED
GETSRKKLRLTKDQSAVLEDSFKEHNTLNPKQKLALAKQLGLRPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEFLKRCCENLTDENRRLQKEVQELRALKLSPQFYMHMTPPTTL
TMCPSCERVAVPPSTSAPTTVTRVGQAQAQAHHARPIHINPWASAIPARPFNALHPRS