; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg25408 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg25408
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionTLC domain-containing protein
Genome locationCarg_Chr18:3730253..3732338
RNA-Seq ExpressionCarg25408
SyntenyCarg25408
Gene Ontology termsGO:0055088 - lipid homeostasis (biological process)
GO:0005783 - endoplasmic reticulum (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR006634 - TRAM/LAG1/CLN8 homology domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6573446.1 TLC domain-containing protein 4-B, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.2e-11599.53Show/hide
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KAG7012593.1 Transmembrane protein 56-B [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.3e-115100Show/hide
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XP_022954719.1 transmembrane protein 56 [Cucurbita moschata]1.0e-11398.6Show/hide
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XP_022994862.1 transmembrane protein 56-like [Cucurbita maxima]5.2e-11398.6Show/hide
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XP_023543000.1 transmembrane protein 56 [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.6e-11499.07Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S4E2B6 transmembrane protein 56-like8.1e-11294.88Show/hide
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A0A5D3E1H6 Transmembrane protein 56-like8.1e-11294.88Show/hide
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A0A6J1GTT4 transmembrane protein 565.1e-11498.6Show/hide
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A0A6J1K6A0 transmembrane protein 56-like2.5e-11398.6Show/hide
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A0A6J1KGK7 transmembrane protein 56-like1.8e-11195.35Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q550S9 TLC domain-containing protein 4 B5.9e-1126.06Show/hide
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        L +++   + K+ +G  + +R+EW NR +ST++AI  S +S+Y +++++   +   +      +S +S FI      YF+ D  +  +    L     ++
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        HH+++ L+  +    G           +EITTP IN+R++L    +K    Y+ING +IF  +++
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Q5XIY2 TLC domain-containing protein 4-B1.3e-1026.26Show/hide
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           + ++G + +V HH  +  A  Y +  G    +    LISE++TP +N RW+ +     R+   ++ NG    V+FF
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Q6GLX2 TLC domain-containing protein 4-A5.6e-0926.06Show/hide
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        D  I Y  V G  L  +L++  ++  +   Y  +Y  L+  ++ EW++R VST HA+ +    LY + + D  +     G   +    ++     I+ GY
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         + DL L+   +  +     V HH     +  Y +  G    +    LISE++TP +N RW+ D  G  RS    L+NG  +   + +
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Q6P4N1 TLC domain-containing protein 41.6e-0825.81Show/hide
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        FI Y  V G  L  +L++  ++      Y  +Y  L+  ++ EW++R VST HA+ +    LY + + +  +     G   +    ++     I+ GY +
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         DL L+   +  +     V HH     +  Y +  G    +    LISE++TP +N RW+ D  G  RS    L+NG  +   + +
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Q6PGS5 TLC domain-containing protein 4-B9.2e-1230.07Show/hide
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        L+  Q++EWN+R VS+ HA+ +    LY + + D  +     G        +    + ++ GY ++DL LII+ +  +G   +V HH L+ L   Y V  
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        GEG L  +    LI+E +TP +N RW+ +  G  K S   ++NG ++  ++ +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G31300.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein3.6e-8873.58Show/hide
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        SL+T+ AIKSY  QA  LVKNYLLAD FIPYTSVL G+  CK+VYDL   +SN + K+Y+ LTKIQR+EWNNRG+ST+HAI+IS MSLYFVFWSDLFSD+
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         H  L+ F+SS LS+  LGIS+GYFLADLG+I W YPSLGG+EY+VHHSLSG+AVAYS+FSGEGQLYTYMVLISEITTPEIN+RWYLDTAGMK+S AY++
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        NG  IF AWLV+
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AT1G31300.2 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein3.6e-8873.58Show/hide
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        SL+T+ AIKSY  QA  LVKNYLLAD FIPYTSVL G+  CK+VYDL   +SN + K+Y+ LTKIQR+EWNNRG+ST+HAI+IS MSLYFVFWSDLFSD+
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         H  L+ F+SS LS+  LGIS+GYFLADLG+I W YPSLGG+EY+VHHSLSG+AVAYS+FSGEGQLYTYMVLISEITTPEIN+RWYLDTAGMK+S AY++
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        NG  IF AWLV+
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AT4G10360.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein2.1e-4849.44Show/hide
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        S+  G L CK+VYDLT+ +S   F  Y  L    R+EWNNRG ST HA++ S+ S+YF+  SD F +  H   +   ++ LS  ++GIS+GYFLADL +I
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         W +P+LGG+EYV HH LS  A+  SV SG+ Q Y ++VL+SE TTP +N+RWYLD +G K S AY +NG  +F  WLV+
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AT4G19645.1 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein3.5e-8371.63Show/hide
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        M IKSYQ+QA+  V++YLLAD F+PYTSVL G+  CKLVYDLT+L S+ + KSY  LTKI+R+EWNNRG+ST+HAI+IS M+LYF F+SDLFSDQR    
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        LT F++S LSTF LG+SVGYFLADLG+I WLYPSLGG EY++HH LSG AVAYS+FSGE QLYTYMVLISE+TTPEIN+RWYLD AG+KRS AYL+NG  
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        IFFAWL +
Subjt:  IFFAWLVS

AT4G19645.2 TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein3.5e-8371.63Show/hide
Query:  MAIKSYQSQADALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGL
        M IKSYQ+QA+  V++YLLAD F+PYTSVL G+  CKLVYDLT+L S+ + KSY  LTKI+R+EWNNRG+ST+HAI+IS M+LYF F+SDLFSDQR    
Subjt:  MAIKSYQSQADALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGL

Query:  LT-FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFV
        LT F++S LSTF LG+SVGYFLADLG+I WLYPSLGG EY++HH LSG AVAYS+FSGE QLYTYMVLISE+TTPEIN+RWYLD AG+KRS AYL+NG  
Subjt:  LT-FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFV

Query:  IFFAWLVS
        IFFAWL +
Subjt:  IFFAWLVS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAATGTCTTTGAAGACTGTAATGGCTATTAAATCTTACCAAAGTCAAGCTGATGCATTGGTAAAGAACTACTTATTAGCGGACCGTTTTATCCCGTACACCTCTGT
TCTTGGAGGCATGCTTGCTTGTAAATTGGTATATGATCTTACTCAATTAGTTAGCAATTTTTACTTCAAGAGTTATCTGGGTCTTACGAAAATTCAACGAGTCGAGTGGA
ATAACCGCGGTGTGTCCACTATTCATGCAATATATATCTCAATTATGTCATTGTACTTCGTTTTCTGGTCAGATCTCTTCTCTGACCAGCGTCATGCTGGCCTTCTTACC
TTTCAAAGTTCGACGTTGTCTACGTTCATATTGGGGATTTCGGTTGGATACTTTTTGGCAGATCTCGGATTGATCATTTGGCTGTATCCGTCTTTAGGCGGGATGGAATA
TGTTGTCCACCACTCTCTTTCCGGGCTAGCAGTAGCATATTCTGTTTTTTCTGGAGAAGGGCAACTCTACACATATATGGTTCTCATTTCAGAGATTACAACTCCTGAGA
TTAATATGAGATGGTATCTTGACACAGCTGGTATGAAGAGATCCTGTGCATATCTGATTAATGGCTTTGTAATATTCTTTGCATGGCTGGTGAGTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCTTCATATTTGGTCAAGAAGGGATAACAACATGGAGTGAGGGAGCAAATAGTTTATTCAGTCCAAGATACCGCAATCTGCCGATTGTTATGTAGCCAAACAAAACAATG
GCAATGTCTTTGAAGACTGTAATGGCTATTAAATCTTACCAAAGTCAAGCTGATGCATTGGTAAAGAACTACTTATTAGCGGACCGTTTTATCCCGTACACCTCTGTTCT
TGGAGGCATGCTTGCTTGTAAATTGGTATATGATCTTACTCAATTAGTTAGCAATTTTTACTTCAAGAGTTATCTGGGTCTTACGAAAATTCAACGAGTCGAGTGGAATA
ACCGCGGTGTGTCCACTATTCATGCAATATATATCTCAATTATGTCATTGTACTTCGTTTTCTGGTCAGATCTCTTCTCTGACCAGCGTCATGCTGGCCTTCTTACCTTT
CAAAGTTCGACGTTGTCTACGTTCATATTGGGGATTTCGGTTGGATACTTTTTGGCAGATCTCGGATTGATCATTTGGCTGTATCCGTCTTTAGGCGGGATGGAATATGT
TGTCCACCACTCTCTTTCCGGGCTAGCAGTAGCATATTCTGTTTTTTCTGGAGAAGGGCAACTCTACACATATATGGTTCTCATTTCAGAGATTACAACTCCTGAGATTA
ATATGAGATGGTATCTTGACACAGCTGGTATGAAGAGATCCTGTGCATATCTGATTAATGGCTTTGTAATATTCTTTGCATGGCTGGTGAGTTAATGGTCTGAAGGTCAT
CTTGCCTGTTTTTTTATATATAAAATGGCGTAAACACGACAGTCAATAGCTCGACGACATGCTAAAAGATCCCAAAGAATTGGATTTAACATAACTGAACATGAACTACC
ACAGCATATAGTATGTAATAGCCCAAGTCCACCGCCAGCAAATATTGTCCTCTTTGGGTTTTTCCTTTTGGGCTTTCCCTCAAGGTTTTTAAAACGCGTCTACTAGGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAMSLKTVMAIKSYQSQADALVKNYLLADRFIPYTSVLGGMLACKLVYDLTQLVSNFYFKSYLGLTKIQRVEWNNRGVSTIHAIYISIMSLYFVFWSDLFSDQRHAGLLT
FQSSTLSTFILGISVGYFLADLGLIIWLYPSLGGMEYVVHHSLSGLAVAYSVFSGEGQLYTYMVLISEITTPEINMRWYLDTAGMKRSCAYLINGFVIFFAWLVS