CuGenDBv2

Gene ID	Carg25461
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	outer dense fiber protein 2
Genome location	Carg_Chr13:6517508..6518526
RNA-Seq Expression	Carg25461
Synteny	Carg25461
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6583865.1 hypothetical protein SDJN03_19797, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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KAG7019488.1 hypothetical protein SDJN02_18449, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

2.6e-166

100

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XP_022927627.1 uncharacterized protein LOC111434395 [Cucurbita moschata]

2.7e-163

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XP_023001447.1 uncharacterized protein LOC111495578 [Cucurbita maxima]

7.9e-163

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XP_023519118.1 uncharacterized protein LOC111782578 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

5.5e-164

98.72

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3BAN5 outer dense fiber protein 2

5.1e-131

81.25

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        K VKIK      KH+R+N D
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A0A6J1EHQ1 uncharacterized protein LOC111434395

1.3e-163

98.4

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        VKIKKHERV+TD
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A0A6J1GR77 uncharacterized protein LOC111456791

4.6e-132

80.19

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        LRRNVPRDK+ +NEP+ DEKE+LRRELNAS+AARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQL+GMEEH+NDLKAQNEMLMCKVQACVAEHR +K NN+PD
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        AQ ++EALQKRNK LTEQLLKSLDAYRSLKRK+KEYQE+R+G NARMEEMG RVRVGLDRIHSFKEM  QSDD  QIDIEHEIS LEHMFKCFD EISKH
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        VK+K      KHER+N D
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A0A6J1K2G4 uncharacterized protein LOC111490448

1.9e-130

79.25

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        LRRNVPRDK+ +NEP+ DEKE+LRRELNAS+AARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQL+GMEEHVNDLKAQNEMLMCKVQACVAEHR +K NN+PD
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        AQ ++EALQKRNK LTEQLLKSLDAYRSLK K+KEYQE+R+G NARM+EMG RVRVGLDRIHSFKEM  QSDD+  IDIEHEIS LEHMFKCFD EISKH
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        VK+K      KHER+  D
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A0A6J1KGJ9 uncharacterized protein LOC111495578

3.8e-163

97.44

Show/hide

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        M+SAG TRIRALSSPELVEGSTSP+QPHVDQNFIGVSTNVRILLKLIHEYKEAS KGNNGSRDQRISEMMLILDEVKSQIQRAQ+LGKR+EAGLRRCNTD
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        LRRNVPRDKKPTNEPITDEKEKLRRELNAS+AARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQLHGMEEHVNDLKAQNEMLMCKVQACVAEHRGLKNNN+PD
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        VKIKKHERVNTD
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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

P50468 M protein, serotype 2.1

2.7e-04

26.73

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Query:  LLKLIHEYKEASTKGNNGSRDQRISEMMLILDEVKSQIQRAQVLGKRR---EAGLRRCNTDLR--RNVPRDKKPTNEPITDEKE-------KLRRELNAS
        L +L  EYKE   +  N    +R S+   +    + Q+Q+ Q L K +   EA  +    DL   R   +D +  ++ + +EK+        LRR+L AS
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Query:  IAARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQLHGMEEHVNDLKAQNEMLMCKVQACVAEHRGLKNN-------------NLPDAQGSIEALQKRNKALTE
         AA+K LE+    + +EK+I         + L        DL+A+++ L  + Q   A  +GL  +             +L +A   ++AL+K NK L E
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Query:  QLLKSLDAYRSLKRKLK
            S      L+ KL+
Subjt:  QLLKSLDAYRSLKRKLK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT4G03620.1 myosin heavy chain-related

4.5e-55

42.63

Show/hide

Query:  TRIRALSSPELV---EGS-------TSPQQPHVDQNFIGVSTNVRILLKLIHEYKEASTKGNNGSRDQRISEMMLILDEVKSQIQRAQVLGKRREAGLRR
        +R+RA S+P+LV    GS       T   Q H D    G++TNV++LLKL+ ++ EA+++ ++  + QR++ MM ILD++K++IQ+AQ      +  LRR
Subjt:  TRIRALSSPELV---EGS-------TSPQQPHVDQNFIGVSTNVRILLKLIHEYKEASTKGNNGSRDQRISEMMLILDEVKSQIQRAQVLGKRREAGLRR

Query:  CNTDLRRNVPRDKKPTNEPITDEK--EKLRRELNASIAARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQLHGMEEHVNDLKAQNEMLMCKVQACVAEHRGLK
        C TDL+R+    K PT  P  D +  +KLR+EL+AS+AARKSL+ +CSS+GKEKEI+A EL+R   +L+ MEE V+D +AQNE L+ KVQ C  EH   K
Subjt:  CNTDLRRNVPRDKKPTNEPITDEK--EKLRRELNASIAARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQLHGMEEHVNDLKAQNEMLMCKVQACVAEHRGLK

Query:  NNNL--PDAQGSIEALQKRNKALTEQLLKSLDAYRSLKRKLKEYQERRNGANARMEEMGHRVRVGLDRIHSFKEMIIQSDDDNQIDIEHEISELEHMFKC
          ++  P    +   LQ RNK L+EQLLKS+D YRSLKRK K+ Q+        + +    V VG  R+    E I + D   +++IE+EIS LE +F+ 
Subjt:  NNNL--PDAQGSIEALQKRNKALTEQLLKSLDAYRSLKRKLKEYQERRNGANARMEEMGHRVRVGLDRIHSFKEMIIQSDDDNQIDIEHEISELEHMFKC

Query:  FDSEISKHVKIK
           +I  H + K
Subjt:  FDSEISKHVKIK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGACTCCGCCGGCACCACCCGCATTCGAGCATTGTCGTCCCCTGAATTAGTCGAGGGCTCCACAAGTCCACAACAACCACATGTCGATCAAAACTTCATTGGAGTATC
TACGAATGTGAGGATTTTGTTGAAACTAATCCACGAGTACAAAGAGGCTTCCACGAAAGGAAACAATGGGAGTAGAGATCAAAGGATATCTGAAATGATGCTTATACTTG
ATGAAGTCAAATCCCAAATCCAAAGAGCACAAGTTCTTGGTAAGCGAAGGGAAGCCGGGCTTCGAAGGTGCAACACGGATCTTAGGCGAAACGTTCCGAGGGACAAAAAA
CCGACGAACGAACCAATAACCGATGAGAAGGAGAAGTTGAGGAGAGAGCTGAATGCAAGCATAGCAGCTCGGAAAAGCCTCGAGAGCATATGCTCAAGCATCGGAAAGGA
GAAGGAGATCATCGCGAAGGAGCTAGCGAGGACGGTTCAACAATTGCATGGAATGGAAGAACATGTGAATGATCTCAAAGCACAAAATGAAATGCTAATGTGCAAAGTTC
AAGCTTGTGTTGCAGAGCATAGAGGGTTAAAAAACAACAATCTACCTGATGCCCAAGGCAGCATTGAAGCCCTCCAAAAACGAAACAAAGCCTTGACCGAACAGCTTCTC
AAGTCGCTCGACGCCTACCGATCCTTGAAGCGAAAGCTCAAAGAATATCAAGAGAGAAGAAATGGGGCTAATGCAAGAATGGAAGAAATGGGACACCGAGTTCGAGTCGG
ACTCGATAGGATTCATAGTTTCAAAGAAATGATCATACAAAGCGACGACGACAATCAAATCGACATTGAGCATGAGATCTCTGAATTGGAACATATGTTCAAATGCTTCG
ACTCCGAGATATCCAAACACGTCAAGATCAAGAAACACGAGCGCGTCAATACCGATTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDSAGTTRIRALSSPELVEGSTSPQQPHVDQNFIGVSTNVRILLKLIHEYKEASTKGNNGSRDQRISEMMLILDEVKSQIQRAQVLGKRREAGLRRCNTDLRRNVPRDKK
PTNEPITDEKEKLRRELNASIAARKSLESICSSIGKEKEIIAKELARTVQQLHGMEEHVNDLKAQNEMLMCKVQACVAEHRGLKNNNLPDAQGSIEALQKRNKALTEQLL
KSLDAYRSLKRKLKEYQERRNGANARMEEMGHRVRVGLDRIHSFKEMIIQSDDDNQIDIEHEISELEHMFKCFDSEISKHVKIKKHERVNTD

Carg25461 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome