; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg25840 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg25840
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionMYB transcription factor
Genome locationCarg_Chr12:3058886..3059560
RNA-Seq ExpressionCarg25840
SyntenyCarg25840
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
AXF54213.1 MYB8 [Cucurbita pepo]2.4e-11394.95Show/hide
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KAG7020554.1 Transcription factor MYB44, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.4e-121100Show/hide
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XP_023002015.1 transcription factor MYB44-like [Cucurbita maxima]5.8e-11595.52Show/hide
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XP_023537871.1 transcription factor MYB44-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.9e-11495.05Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A345BTF6 MYB81.2e-11394.95Show/hide
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A0A5A7SVX1 Transcription factor MYB44-like1.1e-9581.78Show/hide
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A0A6J1CRX2 transcription factor MYB1-like2.6e-9781.74Show/hide
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A0A6J1GI94 transcription factor MYB44-like4.2e-11998.21Show/hide
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A0A6J1KMR9 transcription factor MYB44-like2.8e-11595.52Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O04192 Transcription factor MYB252.1e-3561.68Show/hide
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O23160 Transcription factor MYB737.0e-4756.32Show/hide
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Q42575 Transcription factor MYB14.5e-3866.04Show/hide
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        S L+RR
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Q9FDW1 Transcription factor MYB442.7e-4657.99Show/hide
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        LKR+     HR   DG   ++H        +K SV     P +T L ++P   +G  V++   I   P+
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Q9SN12 Transcription factor MYB771.6e-4375.96Show/hide
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        +++KGPWS EED  L  +V++YGPRNWS IS+ I GRSGKSCRLRWCNQLSP VEHRPFS  EDETI+ A A+FGN+WATIARLL GRTDNAVKNHWNST
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Query:  LKRR
        LKR+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G23290.1 myb domain protein 703.9e-4572.32Show/hide
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        S +  +  ++IKGPWS EED +L  LV ++GPRNWSLIS+ I GRSGKSCRLRWCNQLSP VEHR F+A ED+TI+ AHARFGN+WATIARLL GRTDNA
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AT3G50060.1 myb domain protein 771.1e-4475.96Show/hide
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AT3G55730.1 myb domain protein 1092.5e-3967.96Show/hide
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Query:  KRR
        +R+
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AT4G37260.1 myb domain protein 735.0e-4856.32Show/hide
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Query:  VKNHWNSTLKRRARHQQHRLAIDGITPDNHANAVIDSDLKLSVPLE------DDPLTALTLAPPGISGGVVAEE
        +KNHWNSTLKR+        +++G + D   N   D +L    PL+          T L ++P   SG  V+E+
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AT5G67300.1 myb domain protein r11.9e-4757.99Show/hide
Query:  EKIKGPWSAEEDRILIHLVDRYGPRNWSLISRYIKGRSGKSCRLRWCNQLSPNVEHRPFSATEDETILAAHARFGNRWATIARLLPGRTDNAVKNHWNST
        ++IKGPWS EED  L  LV +YGPRNW++IS+ I GRSGKSCRLRWCNQLSP VEHRPFSA EDETI  AHA+FGN+WATIARLL GRTDNAVKNHWNST
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Query:  LKRRARHQQHRLAIDGITPDNHANAVIDSDLKLSVPLEDDP-LTALTLAPPGISGGVVAEERRIESFPA
        LKR+     HR   DG   ++H        +K SV     P +T L ++P   +G  V++   I   P+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACAACCTCCTCCTCCTCCTCATCCTCCTCCTCCACCTCCTCCGATTCCTCCTTCTCGGCCAACCCCTCCCGCCGCCCTGAGAAGATCAAAGGCCCCTGGAGTGCGGA
GGAGGATCGGATTCTGATCCATCTCGTCGACCGCTATGGACCCCGAAACTGGTCCTTGATTAGCCGTTACATTAAAGGCCGCTCGGGGAAGTCCTGCCGTCTCCGGTGGT
GTAATCAGTTGAGTCCAAACGTTGAGCACCGGCCGTTTTCCGCCACGGAGGATGAGACGATTTTAGCGGCTCATGCCCGGTTCGGGAACCGGTGGGCTACCATTGCCCGG
TTACTTCCAGGCCGGACCGATAATGCCGTTAAGAATCACTGGAACTCCACGCTTAAGCGAAGAGCAAGACACCAACAACATCGTTTAGCAATTGACGGAATTACCCCTGA
CAATCATGCCAATGCCGTGATTGATTCTGATTTGAAACTCTCCGTACCGTTAGAGGATGACCCATTGACTGCGTTGACTCTAGCACCGCCGGGAATCAGCGGCGGAGTCG
TGGCGGAGGAGCGGCGGATTGAGAGTTTTCCGGCGGGGTTTTGGGATGCAATGAGGGATGTGGTAGCAAGGGAGGTGAGAGAGTACATGACGACGACGTTTTTGGAAAAT
CAAGAGTTTCATTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CAAGAGTTTCATTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTTSSSSSSSSSTSSDSSFSANPSRRPEKIKGPWSAEEDRILIHLVDRYGPRNWSLISRYIKGRSGKSCRLRWCNQLSPNVEHRPFSATEDETILAAHARFGNRWATIAR
LLPGRTDNAVKNHWNSTLKRRARHQQHRLAIDGITPDNHANAVIDSDLKLSVPLEDDPLTALTLAPPGISGGVVAEERRIESFPAGFWDAMRDVVAREVREYMTTTFLEN
QEFH