; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg26410 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg26410
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionCold regulated protein 27, putative isoform 2
Genome locationCarg_Chr11:8605630..8609536
RNA-Seq ExpressionCarg26410
SyntenyCarg26410
Gene Ontology termsGO:0009409 - response to cold (biological process)
GO:0042752 - regulation of circadian rhythm (biological process)
InterPro domainsIPR044678 - Cold-regulated protein 27/28


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6588664.1 hypothetical protein SDJN03_17229, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.0e-11183.72Show/hide
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KAG7022450.1 hypothetical protein SDJN02_16181, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.2e-143100Show/hide
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XP_023529517.1 uncharacterized protein LOC111792349 isoform X2 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.1e-10781.01Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1EIL3 uncharacterized protein LOC111434473 isoform X13.2e-10781.01Show/hide
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A0A6J1EPK3 uncharacterized protein LOC111434473 isoform X23.0e-10580.62Show/hide
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A0A6J1GJA3 uncharacterized protein LOC111454842 isoform X24.8e-9572.73Show/hide
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        +TI+TEVSDQNFVD  PGE+S G P  KRLKKASSDSS N++V PYKR S ER
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A0A6J1JEE3 uncharacterized protein LOC111486142 isoform X24.4e-10480.23Show/hide
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A0A6J1JIM0 uncharacterized protein LOC111486142 isoform X14.7e-10680.62Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L8T7 Cold-regulated protein 275.1e-0928.69Show/hide
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          WQK N+ + +  +      +S   L   WI  +    K     T +   +  S S+G   +    S  SA S +Q+    R+   I     EVSDQNF
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        V+     + G   ++K++K    S+SS+ DQVVP  +
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Q8L983 Cold-regulated protein 286.2e-0728.81Show/hide
Query:  DRQPPSPSSASDLTCLNSQSYSSSFTVDRFKDFPSHRCLQLDAVQTHWTDEKHRSYLGSLEASFVQELHQYRRLQALSSKQKMRCR--PSMPHISSSELM
        DR     S+ S      S S  S  T +  +   S    +LD   T WT+EKH SYL  LE+SFV++L+    L    +++  R R   S  H S+ +  
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        VLQ+  WQK N G+    LE  +       +   +R     KP                      N+  +Y    + Q    C  E  T  +E S QNF 
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        +    E  G + + KR ++A++D S+   DQVVP +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G33980.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated gene 27 (TAIR:AT5G42900.2)4.4e-0828.81Show/hide
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        DR     S+ S      S S  S  T +  +   S    +LD   T WT+EKH SYL  LE+SFV++L+    L    +++  R R   S  H S+ +  
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Query:  VLQDASWQKANIGRNDPLLERIADSPAILDDVWINRFPSAGKPCTSETPDLLEESGSFSDGRHLRNTKNSYQSARSSQQIPPCCRESYTIITEVSDQNFV
        VLQ+  WQK N G+    LE  +       +   +R     KP                      N+  +Y    + Q    C  E  T  +E S QNF 
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Query:  DNRPGEVSGGMPTAKRLKKASSDSSA--NDQVVPYK
        +    E  G + + KR ++A++D S+   DQVVP +
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AT4G33980.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown4.4e-0828.81Show/hide
Query:  DRQPPSPSSASDLTCLNSQSYSSSFTVDRFKDFPSHRCLQLDAVQTHWTDEKHRSYLGSLEASFVQELHQYRRLQALSSKQKMRCR--PSMPHISSSELM
        DR     S+ S      S S  S  T +  +   S    +LD   T WT+EKH SYL  LE+SFV++L+    L    +++  R R   S  H S+ +  
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Query:  VLQDASWQKANIGRNDPLLERIADSPAILDDVWINRFPSAGKPCTSETPDLLEESGSFSDGRHLRNTKNSYQSARSSQQIPPCCRESYTIITEVSDQNFV
        VLQ+  WQK N G+    LE  +       +   +R     KP                      N+  +Y    + Q    C  E  T  +E S QNF 
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Query:  DNRPGEVSGGMPTAKRLKKASSDSSA--NDQVVPYK
        +    E  G + + KR ++A++D S+   DQVVP +
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AT5G42900.1 cold regulated gene 273.6e-1028.69Show/hide
Query:  SPSSASDLTCLNSQSYSSSFTVDRFKDFPSHRCLQLDAVQTHWTDEKHRSYLGSLEASFVQELHQYRRLQALSSKQKMRCRP---SMPHISSSELMVLQD
        S  S+ D + +  ++ SS ++  +            + ++T WT+EKH  YL S+EASFV +L  Y  L AL   + +       S    S  +  VL D
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        V+     + G   ++K++K    S+SS+ DQVVP  +
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AT5G42900.2 cold regulated gene 273.6e-1028.69Show/hide
Query:  SPSSASDLTCLNSQSYSSSFTVDRFKDFPSHRCLQLDAVQTHWTDEKHRSYLGSLEASFVQELHQYRRLQALSSKQKMRCRP---SMPHISSSELMVLQD
        S  S+ D + +  ++ SS ++  +            + ++T WT+EKH  YL S+EASFV +L  Y  L AL   + +       S    S  +  VL D
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          WQK N+ + +  +      +S   L   WI  +    K     T +   +  S S+G   +    S  SA S +Q+    R+   I     EVSDQNF
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        V+     + G   ++K++K    S+SS+ DQVVP  +
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AT5G42900.3 cold regulated gene 272.1e-1027Show/hide
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        S  S+ D + +  ++ SS ++  +            + ++T WT+EKH  YL S+EASFV +L  Y  L AL   + +       S    S  +  VL D
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          WQK N+ + +  +      +S   L   WI  +    K   P T E  + +  S +   G     + +S +   S  +      +  ++  EVSDQNF
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        V+     + G   ++K++K    S+SS+ DQVVP  +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AAGATAA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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RPGEVSGGMPTAKRLKKASSDSSANDQVVPYKRPSLER