; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg27196 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg27196
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionGATA transcription factor
Genome locationCarg_Chr02:1503706..1504952
RNA-Seq ExpressionCarg27196
SyntenyCarg27196
Gene Ontology termsGO:0030154 - cell differentiation (biological process)
GO:0045893 - positive regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000679 - Zinc finger, GATA-type
IPR013088 - Zinc finger, NHR/GATA-type
IPR016679 - Transcription factor, GATA, plant


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6605045.1 GATA transcription factor 5, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.4e-17999.1Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
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A0A5A7TQJ0 GATA transcription factor3.0e-14279.94Show/hide
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A0A6J1G8K4 GATA transcription factor9.1e-17998.8Show/hide
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A0A6J1L063 GATA transcription factor6.5e-17797.59Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O49743 GATA transcription factor 41.0e-3037.13Show/hide
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O65515 GATA transcription factor 71.5e-3239.65Show/hide
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          S   P   +A   +      +PVKPR+KR R + +  S                   + S SP             S A     K+ R+K   S    
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Q8L4M6 GATA transcription factor 32.7e-3435.6Show/hide
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        HSN HRKVLE+RK KE+ +   E
Subjt:  HSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE

Q9FH57 GATA transcription factor 51.0e-4641.45Show/hide
Query:  LEAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGA-NLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEI-----PAAGE
        +E  ALKSS   E+A+++     + EE   +  A N  + ++F VD+  + SN D         EE D   + E   VS S + N  G+        +G 
Subjt:  LEAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGA-NLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEI-----PAAGE

Query:  EDSKSLLAVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKNLAGG---------VISCLPTFIPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSS
        +D  SL   EL++P D +A LEW+SHFV+DS   +S   +  + +E    L G            +C  + +P K R+KR+R   +  S GSS +   SS
Subjt:  EDSKSLLAVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKNLAGG---------VISCLPTFIPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSS

Query:  SSSSTSSGVSSASPWFIFSDAGDNVDSSNATGEPPKKQRKKSITSSPTALQSGGLTGQIP-RRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFP
        S S++SS    +SPWF  ++  + V +S      PKK +K+S  S    + SG L    P R+CSHC VQKTPQWR GP GAKTLCNACGVRYKSGRL P
Subjt:  SSSSTSSGVSSASPWFIFSDAGDNVDSSNATGEPPKKQRKKSITSSPTALQSGGLTGQIP-RRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFP

Query:  EYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKE-VSQPATELTPMVRS
        EYRPA SPTF S +HSN HRKV+EMR+ KE  S   T L  +V+S
Subjt:  EYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKE-VSQPATELTPMVRS

Q9SD38 GATA transcription factor 67.5e-3743.1Show/hide
Query:  GEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEIPAAGEEDSKSLLAVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAV--AF
        G++F VD+  +FS    E    + VE+  +     K  VS  +  ++S +   A    S       L++P D +AELEW+S+FVDDS     SA      
Subjt:  GEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEIPAAGEEDSKSLLAVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAV--AF

Query:  SCSEPEKNLAGGV--ISCLPTFIP-VKPRTKRSRQSRQTKSTGS-SLNQSSSSSSSSTSSGVSSASPWFIFSDAGDNVDSSNATGEP-PKKQRKKSITSS
          +   ++L   V   +C  +  P VK R KR+R   +  S GS SL  SSSSS++S+SS    +SP ++ S  G  +D      EP  K Q+KK +  +
Subjt:  SCSEPEKNLAGGV--ISCLPTFIP-VKPRTKRSRQSRQTKSTGS-SLNQSSSSSSSSTSSGVSSASPWFIFSDAGDNVDSSNATGEP-PKKQRKKSITSS

Query:  PTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE
          A Q+   T    R+C HC VQKTPQWR GP GAKTLCNACGVRYKSGRL PEYRPA SPTF S +HSN H KV+EMR+ KE S  A E
Subjt:  PTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G51080.1 GATA transcription factor 65.3e-3843.1Show/hide
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        G++F VD+  +FS    E    + VE+  +     K  VS  +  ++S +   A    S       L++P D +AELEW+S+FVDDS     SA      
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Query:  SCSEPEKNLAGGV--ISCLPTFIP-VKPRTKRSRQSRQTKSTGS-SLNQSSSSSSSSTSSGVSSASPWFIFSDAGDNVDSSNATGEP-PKKQRKKSITSS
          +   ++L   V   +C  +  P VK R KR+R   +  S GS SL  SSSSS++S+SS    +SP ++ S  G  +D      EP  K Q+KK +  +
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Query:  PTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE
          A Q+   T    R+C HC VQKTPQWR GP GAKTLCNACGVRYKSGRL PEYRPA SPTF S +HSN H KV+EMR+ KE S  A E
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AT4G34680.1 GATA transcription factor 31.9e-3535.6Show/hide
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        EA+ALK+S   E  +       +V E      +     E+F V+ F +FS G  E                E+++VSVSS   Q  +           + 
Subjt:  EAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGANLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEIPAAGEEDSKSLL

Query:  AVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKN-LAGGVISCLPTF--IPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSSSSSSTSSGVSSAS
            ++P + + ELEWVS  VDD             CS PE + L        P+F  IPVKPRTKRSR S     TGS +                   
Subjt:  AVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKN-LAGGVISCLPTF--IPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSSSSSSTSSGVSSAS

Query:  PWFIFSDAGDNVDSSNATGEPPKKQRKKSITSSPTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNV
         W + S      +  +A  E  +K++++++                 RRCSHC    TPQWRTGP G KTLCNACGVR+KSGRL PEYRPA SPTF + +
Subjt:  PWFIFSDAGDNVDSSNATGEPPKKQRKKSITSSPTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNV

Query:  HSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE
        HSN HRKVLE+RK KE+ +   E
Subjt:  HSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE

AT4G34680.2 GATA transcription factor 31.9e-3535.6Show/hide
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        EA+ALK+S   E  +       +V E      +     E+F V+ F +FS G  E                E+++VSVSS   Q  +           + 
Subjt:  EAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGANLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEIPAAGEEDSKSLL

Query:  AVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKN-LAGGVISCLPTF--IPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSSSSSSTSSGVSSAS
            ++P + + ELEWVS  VDD             CS PE + L        P+F  IPVKPRTKRSR S     TGS +                   
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Query:  PWFIFSDAGDNVDSSNATGEPPKKQRKKSITSSPTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNV
         W + S      +  +A  E  +K++++++                 RRCSHC    TPQWRTGP G KTLCNACGVR+KSGRL PEYRPA SPTF + +
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Query:  HSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATE
        HSN HRKVLE+RK KE+ +   E
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AT5G66320.1 GATA transcription factor 57.4e-4841.45Show/hide
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Query:  EDSKSLLAVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKNLAGG---------VISCLPTFIPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSS
        +D  SL   EL++P D +A LEW+SHFV+DS   +S   +  + +E    L G            +C  + +P K R+KR+R   +  S GSS +   SS
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        S S++SS    +SPWF  ++  + V +S      PKK +K+S  S    + SG L    P R+CSHC VQKTPQWR GP GAKTLCNACGVRYKSGRL P
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Query:  EYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKE-VSQPATELTPMVRS
        EYRPA SPTF S +HSN HRKV+EMR+ KE  S   T L  +V+S
Subjt:  EYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKE-VSQPATELTPMVRS

AT5G66320.2 GATA transcription factor 57.4e-4841.45Show/hide
Query:  LEAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGA-NLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEI-----PAAGE
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Subjt:  LEAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGA-NLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEI-----PAAGE

Query:  EDSKSLLAVELAIPGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKNLAGG---------VISCLPTFIPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSS
        +D  SL   EL++P D +A LEW+SHFV+DS   +S   +  + +E    L G            +C  + +P K R+KR+R   +  S GSS +   SS
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        S S++SS    +SPWF  ++  + V +S      PKK +K+S  S    + SG L    P R+CSHC VQKTPQWR GP GAKTLCNACGVRYKSGRL P
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        EYRPA SPTF S +HSN HRKV+EMR+ KE  S   T L  +V+S
Subjt:  EYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKE-VSQPATELTPMVRS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGTGTTTGGAAGCTAAGGCTTTGAAATCGAGTTTCCACTGGGAATTAGCGATGGAATCTGCTCAACAAGACGCTTTGGTGGAGGAAATTTGGTGTTTGAACGGAGC
TAATCTCGTCGCCGGCGAGGAGTTTGAAGTCGACGAGTTTTTTAACTTCTCTAATGGAGATTTTGAACATGGGTCTGCTTTGAGAGTTGAGGAAAATGACGATTATCATG
AGTTTGAGAAAGATTTGGTCTCTGTTTCGTCGGATTCGAACCAGTCCGGCGAGATTCCGGCTGCCGGAGAGGAGGATTCGAAGTCGCTTCTTGCCGTTGAGCTTGCTATT
CCGGGCGATGCTATGGCGGAGCTTGAATGGGTTTCTCATTTCGTCGATGATTCTCAGCTGGGATTTTCCAGCGCCGCCGTGGCTTTCAGCTGCTCCGAGCCGGAAAAGAA
CCTCGCCGGAGGTGTAATTTCGTGTTTGCCGACGTTTATTCCGGTCAAACCAAGGACGAAAAGGTCGAGACAAAGTCGGCAAACGAAATCCACCGGTTCTTCTCTGAACC
AATCGTCGTCGTCCTCCTCCTCCTCGACGTCCTCCGGCGTTTCCTCCGCCTCACCGTGGTTCATCTTCTCCGACGCCGGTGACAACGTGGACTCTTCAAATGCCACCGGC
GAGCCTCCGAAGAAGCAAAGGAAAAAGTCAATAACATCGTCGCCGACAGCTCTTCAATCCGGTGGTTTGACCGGTCAGATTCCGCGGCGGTGTAGTCACTGTCTGGTTCA
GAAGACCCCACAATGGCGAACCGGTCCACACGGGGCCAAAACACTCTGTAACGCTTGTGGGGTCCGGTATAAATCCGGTCGGCTTTTTCCAGAGTATAGACCGGCGTTGA
GCCCCACTTTTTGCAGCAATGTTCACTCAAACAGCCATCGAAAAGTGCTCGAAATGAGGAAGATGAAGGAGGTCTCCCAACCGGCAACCGAGTTGACTCCAATGGTCCGG
AGTTACTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTGCCGCTCTGACCCGTCTTTTCCTTTCCTGCCTGCAATTATTCCCCACCCTCTCAGACAGGTAATAGTTATTACGAAGAACACCAATAATTTTGTGTTTTTTTCGTGTT
TTTTTTACTTAATCTTTTGTTTTTTCTTTTGGGTTTTAGAAAATAATGGAGTGTTTGGAAGCTAAGGCTTTGAAATCGAGTTTCCACTGGGAATTAGCGATGGAATCTGC
TCAACAAGACGCTTTGGTGGAGGAAATTTGGTGTTTGAACGGAGCTAATCTCGTCGCCGGCGAGGAGTTTGAAGTCGACGAGTTTTTTAACTTCTCTAATGGAGATTTTG
AACATGGGTCTGCTTTGAGAGTTGAGGAAAATGACGATTATCATGAGTTTGAGAAAGATTTGGTCTCTGTTTCGTCGGATTCGAACCAGTCCGGCGAGATTCCGGCTGCC
GGAGAGGAGGATTCGAAGTCGCTTCTTGCCGTTGAGCTTGCTATTCCGGGCGATGCTATGGCGGAGCTTGAATGGGTTTCTCATTTCGTCGATGATTCTCAGCTGGGATT
TTCCAGCGCCGCCGTGGCTTTCAGCTGCTCCGAGCCGGAAAAGAACCTCGCCGGAGGTGTAATTTCGTGTTTGCCGACGTTTATTCCGGTCAAACCAAGGACGAAAAGGT
CGAGACAAAGTCGGCAAACGAAATCCACCGGTTCTTCTCTGAACCAATCGTCGTCGTCCTCCTCCTCCTCGACGTCCTCCGGCGTTTCCTCCGCCTCACCGTGGTTCATC
TTCTCCGACGCCGGTGACAACGTGGACTCTTCAAATGCCACCGGCGAGCCTCCGAAGAAGCAAAGGAAAAAGTCAATAACATCGTCGCCGACAGCTCTTCAATCCGGTGG
TTTGACCGGTCAGATTCCGCGGCGGTGTAGTCACTGTCTGGTTCAGAAGACCCCACAATGGCGAACCGGTCCACACGGGGCCAAAACACTCTGTAACGCTTGTGGGGTCC
GGTATAAATCCGGTCGGCTTTTTCCAGAGTATAGACCGGCGTTGAGCCCCACTTTTTGCAGCAATGTTCACTCAAACAGCCATCGAAAAGTGCTCGAAATGAGGAAGATG
AAGGAGGTCTCCCAACCGGCAACCGAGTTGACTCCAATGGTCCGGAGTTACTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MECLEAKALKSSFHWELAMESAQQDALVEEIWCLNGANLVAGEEFEVDEFFNFSNGDFEHGSALRVEENDDYHEFEKDLVSVSSDSNQSGEIPAAGEEDSKSLLAVELAI
PGDAMAELEWVSHFVDDSQLGFSSAAVAFSCSEPEKNLAGGVISCLPTFIPVKPRTKRSRQSRQTKSTGSSLNQSSSSSSSSTSSGVSSASPWFIFSDAGDNVDSSNATG
EPPKKQRKKSITSSPTALQSGGLTGQIPRRCSHCLVQKTPQWRTGPHGAKTLCNACGVRYKSGRLFPEYRPALSPTFCSNVHSNSHRKVLEMRKMKEVSQPATELTPMVR
SY