; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg27787 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg27787
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionE3 ubiquitin-protein ligase RNF170
Genome locationCarg_Chr01:6255715..6262888
RNA-Seq ExpressionCarg27787
SyntenyCarg27787
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR010652 - Domain of unknown function DUF1232
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR017907 - Zinc finger, RING-type, conserved site
IPR038896 - E3 ubiquitin-protein ligase RNF170


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037201.1 E3 ubiquitin-protein ligase-like protein [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.0e-101100Show/hide
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XP_008463070.1 PREDICTED: E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like [Cucumis melo]6.8e-9088.65Show/hide
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XP_022932121.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like [Cucurbita moschata]4.3e-10098.38Show/hide
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XP_022972895.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like [Cucurbita maxima]1.1e-9897.3Show/hide
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XP_038884720.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like isoform X2 [Benincasa hispida]3.3e-9290.27Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CIS2 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1703.3e-9088.65Show/hide
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A0A2I4FPN8 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1703.0e-7574.05Show/hide
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A0A6J1DFH0 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1706.5e-8684.86Show/hide
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        DLPFLLRRLLRELL+PQRSLPLVIRARVY AM LSVVYT+SPIDIIPEA+LG+FGLMDD FILLICFLY+AA+YRSVL+ RHGG+
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A0A6J1EVH0 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1702.1e-10098.38Show/hide
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A0A6J1I9X5 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1705.1e-9997.3Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
F1MK05 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1701.5e-2636.05Show/hide
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        C IC  + + P + NC H FCG CI+  W +GS L    CP+CR+ +TLL+P      Q  D  V  +  +I +YNR F G    + +   DLP LLR  
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         RE+ +    L  + R R+   +  +  Y +SP+D +PEAL G+ G +DD F++ +  +Y++ +YR V+  R
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Q28DS3 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1708.5e-2738.37Show/hide
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        C +C  +   P + NC H FCG CI+  W +GS L    CP+CR+ +TL+ P    AT+Q D +   +L     YNR F G    L     DLP LLR  
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         RE+ +    L  + R R+   +  ++ Y VSP+DIIPEA+ GL G +DD F+L +  +Y++ +YR V+  R
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Q5PPX5 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1703.8e-2738.37Show/hide
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        C +C  +   P + NC H FCG CI+  W +G+ L    CP+CR+ +TLL P    AT Q D +   +L     YNR F G    L     DLP LLR  
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         RE+ +    L  + R R+   +  +++Y VSP+DIIPEAL G+ G +DD F+L +  +Y++ +YR V+  R
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Q7SZN2 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1704.5e-2837.78Show/hide
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        C +C  +   P + NC H FCG CI+  W +G+ L    CP+CR+ +TLL P    SE SA     P E   +L +I +YNR F G    L    +D+P 
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        LLR   RE+ +    L  + R R+   +  ++ Y VSP+D +PE +LGL G +DD F++L+ F+Y++ +YR V+  R  G
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Q96K19 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1703.2e-2636.05Show/hide
Query:  CSICHGRFNTPCQANCSHWFCGRCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEASATQQSDPEVARVLNNIRNYNRHFGGNSTGLNQ---DLPFLLRRL
        C IC  + + P + NC H FCG CI+  W +GS L    CP+CR+ +TLL+       Q  D  V R+  +I +YNR F G    + +   DLP LLR  
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         RE+ +    L  + R R+   +  +  Y +SP+D +PEAL G+ G +DD F++ +  +Y++ +YR V+  R
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22510.1 RING/U-box protein with domain of unknown function (DUF 1232)1.8e-7267.03Show/hide
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        M+ PP  ++CSICHG FN PCQ+NCSHWFCG CIMLVW HGS L+PCKCPLCRR I+LLVPSE +   ++D  V+ VL+++  YNR FGG S+GL    Q
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        DLPFLLRRLLRE+++PQR+LPLVIRARVY A+ LS +Y +SPIDIIPE +LG+ GL+DD  I LICFL+VAALYRSVL++RHGG+
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AT1G22510.2 RING/U-box protein with domain of unknown function (DUF 1232)4.5e-5566.45Show/hide
Query:  GRCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEASATQQSDPEVARVLNNIRNYNRHFGGNSTGL---NQDLPFLLRRLLRELLNPQRSLPLVIRARVYT
        G CIMLVW HGS L+PCKCPLCRR I+LLVPSE +   ++D  V+ VL+++  YNR FGG S+GL    QDLPFLLRRLLRE+++PQR+LPLVIRARVY 
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Query:  AMFLSVVYTVSPIDIIPEALLGLFGLMDDAFILLICFLYVAALYRSVLHNRHGGT
        A+ LS +Y +SPIDIIPE +LG+ GL+DD  I LICFL+VAALYRSVL++RHGG+
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AT1G72175.1 RING/U-box protein with domain of unknown function (DUF 1232)7.6e-7168.11Show/hide
Query:  MDGPPAGDICSICHGRFNTPCQANCSHWFCGRCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEASATQQSDPEVARVLNNIRNYNRHFGGNSTGL---NQ
        M+ PP  D+CSICH  F  PCQANCSHWFCG CIMLVW HGS LQPCKCPLCRR I+LLVPSE +   ++D  V  VL N+  YNR FGG S+ L    Q
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Query:  DLPFLLRRLLRELLNPQRSLPLVIRARVYTAMFLSVVYTVSPIDIIPEALLGLFGLMDDAFILLICFLYVAALYRSVLHNRHGGT
        DLPFLLRRLLRE+++PQR+LPLVIRARVY AM LS VY +SPIDIIPE +LG+ GL+DD  I LICFL+VAALYRSVL+ RH G+
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AT4G33940.1 RING/U-box superfamily protein3.4e-3137.93Show/hide
Query:  DGPPAGDICSICHGRFNTPCQANCSHWFCGRCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEASATQQSDPEVARVLNNIRNYNRHFGGNSTGLNQ---D
        + PP  D+C IC G F  PC+ NC HW+CG CI+  W++ +  +PCKCP+C R IT L P E S  ++ + EV  VL+ +R YNR F G  TG  Q   +
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Query:  LPFLLRRLLRELLNPQRSLPLVIRARVYTAMFLSVVYTVSPIDIIPEALLGLFGLMDDAFILLICFLYVAALYR
        LPFL++R++  +++   +       R++ AMF+S +YT +  + IP     +  + D A I +I  L +  +YR
Subjt:  LPFLLRRLLRELLNPQRSLPLVIRARVYTAMFLSVVYTVSPIDIIPEALLGLFGLMDDAFILLICFLYVAALYR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGACGGCCCCCCTGCGGGCGATATCTGTTCGATCTGCCATGGAAGATTCAACACCCCTTGCCAAGCTAACTGCTCGCACTGGTTCTGCGGAAGGTGCATAATGCTTGT
TTGGGATCATGGATCACCACTGCAGCCATGTAAATGCCCCTTATGTCGCCGACAGATCACTTTATTGGTTCCTTCTGAGGCTTCAGCAACGCAGCAAAGTGACCCTGAGG
TTGCTCGTGTTCTTAACAATATAAGGAATTATAACCGTCATTTTGGTGGCAACTCAACTGGTTTAAATCAGGACCTTCCTTTTCTCTTACGGAGATTGCTTCGGGAACTC
CTCAATCCACAGAGATCTCTTCCTCTTGTCATTAGAGCTCGTGTTTACACTGCAATGTTTCTAAGTGTAGTCTACACAGTGAGTCCCATCGATATCATACCCGAAGCATT
ACTAGGGTTATTTGGACTGATGGATGATGCCTTTATACTGCTCATCTGCTTCCTTTATGTTGCTGCTTTATACCGATCGGTACTCCATAATCGCCATGGAGGAACTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAAAATTTAGAATCTATGGGCAGTTCTTGTACATCAAACACGGATTGAAACTTCATCGGTAAGAAAAGAAATCACGGCTCTGAAATTGGTCTCAAGGAACACGCCTCAGG
TTTGAAATTCCAAGTTTGGAATACGTTCATACTCTCGACAAATCAGAATTGGAAGATTTTGATACACAATATGGACGGCCCCCCTGCGGGCGATATCTGTTCGATCTGCC
ATGGAAGATTCAACACCCCTTGCCAAGCTAACTGCTCGCACTGGTTCTGCGGAAGGTGCATAATGCTTGTTTGGGATCATGGATCACCACTGCAGCCATGTAAATGCCCC
TTATGTCGCCGACAGATCACTTTATTGGTTCCTTCTGAGGCTTCAGCAACGCAGCAAAGTGACCCTGAGGTTGCTCGTGTTCTTAACAATATAAGGAATTATAACCGTCA
TTTTGGTGGCAACTCAACTGGTTTAAATCAGGACCTTCCTTTTCTCTTACGGAGATTGCTTCGGGAACTCCTCAATCCACAGAGATCTCTTCCTCTTGTCATTAGAGCTC
GTGTTTACACTGCAATGTTTCTAAGTGTAGTCTACACAGTGAGTCCCATCGATATCATACCCGAAGCATTACTAGGGTTATTTGGACTGATGGATGATGCCTTTATACTG
CTCATCTGCTTCCTTTATGTTGCTGCTTTATACCGATCGGTACTCCATAATCGCCATGGAGGAACTTGAGTTGTCCTTGCAGCTTTGCCATAACTGTAAGAAAGTAGAGT
AGCCATTTTTTTTGTTCTTTTATACACTTCGTTTCCATCCTGCTTAACTTGTAAGGCCAAACTTTTATTTGAATCTTTCTTGCATATGGAATTCACTTGTGTTGTGTTCA
TTTTGTGTTTGGGAATATGAAGCTTAAGAACCACAAAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDGPPAGDICSICHGRFNTPCQANCSHWFCGRCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEASATQQSDPEVARVLNNIRNYNRHFGGNSTGLNQDLPFLLRRLLREL
LNPQRSLPLVIRARVYTAMFLSVVYTVSPIDIIPEALLGLFGLMDDAFILLICFLYVAALYRSVLHNRHGGT