; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Carg27887 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome

Gene IDCarg27887
OrganismCucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
DescriptionDead box ATP-dependent RNA helicase, putative
Genome locationCarg_Chr11:7823860..7827186
RNA-Seq ExpressionCarg27887
SyntenyCarg27887
Gene Ontology termsGO:0005730 - nucleolus (cellular component)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0003724 - RNA helicase activity (molecular function)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR011545 - DEAD/DEAH box helicase domain
IPR014001 - Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain
IPR014014 - RNA helicase, DEAD-box type, Q motif
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6592218.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.3e-13292.44Show/hide
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XP_022976906.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X1 [Cucurbita maxima]2.4e-12991.41Show/hide
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XP_022976907.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X2 [Cucurbita maxima]2.4e-12991.41Show/hide
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XP_022976908.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X3 [Cucurbita maxima]2.4e-12991.41Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1F9Y6 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X32.2e-12891.07Show/hide
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A0A6J1FFD3 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X12.2e-12891.07Show/hide
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A0A6J1IH00 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X21.2e-12991.41Show/hide
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A0A6J1II66 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X11.2e-12991.41Show/hide
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A0A6J1INI2 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 28 isoform X31.2e-12991.41Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A7TJM9 ATP-dependent RNA helicase DRS14.4e-3337.05Show/hide
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        H +  EEEE+EE+EE EEE    EEE+E L+            +     +++ +      D                   DDD   EEE +  +D   +D
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        ++     A E  SF+AP    S+  S   ++F  L LSRP+++    LGY KP+PIQ+A IP+ L+G+DI   A+TGSGKTAAF +P +ERLLY+P +  
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        + RV++LTP RELAIQ+  + ++     +   +     GL+ ++    LK  PD+V+ATPGR IDH+RNS S ++D +
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P0C2N7 ATP-dependent RNA helicase DRS12.3e-3747Show/hide
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        S  TP    DDE+SE+          +D++D    A   + F AP +    G     +SF  ++LSRP++R   ++G+ KPTPIQA  IP+AL G+D+ G
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         A+TGSGKTAAF +P LERLLYRPK+    RV++LTP RELAIQ HS+  +  S   D ++     GLS K   G L++ PDVV+ATPGR IDH+RNS S
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Q0INC5 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 286.7e-6651.89Show/hide
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        R+  +SPW+F+SY+ESVA EHARR TTS+D KIS+ L        P+  D     D++ SE E D +ED +                 EDDD+G      
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Query:  ------SNAGEGKS------------------------------------------FFAPSDGASFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACI
                 GE KS                                          FFA S+GASFHANSF+ELNLSRPL+RACEALGY KPTPIQAACI
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        PLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLP LERLL+RPKR  AIRVLILTP RELA QVHSM  E  + F D R      GLS K     L+  PD+VVATPG
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        R+IDHLRNS+SV L+DLA
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Q4I830 ATP-dependent RNA helicase DRS11.8e-3439.85Show/hide
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        SDAEE  +++E+++ EE++ G E ED+           + AS ++SVA         + D                 A+DD+E +EEE+ R+  + PE++
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        ++    A                A+SF  ++LSRP++R   ++G+ KPTPIQA  IP+AL G+D+ G A TGSGKT AF LP LERLLYRPK+    RV+
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        +L P RELAIQ H++  +  + F D ++T    GLS K     LK+ PDV++ATPGR IDH+RNS S  +D
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Q9ZRZ8 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 282.0e-7356.96Show/hide
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        M  SF F+  SD+E +                +AEE E  EDE+ +EE EEE   +EEEDE   R    +SPWDFASYS SV EEHARR TTS+D KISK
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Query:  LLEKRSSHVTPTAADDDESSEE-----ESDRQEDYRPEDDDDGTSNAGEG--KSFFAPSDGASFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPL
         ++ R   ++    +++E  EE     E+D+QE+Y  EDD+       +   K FF+  DG SFHA++FMELNLSRPL+RACE LGY KPTPIQAACIPL
Subjt:  LLEKRSSHVTPTAADDDESSEE-----ESDRQEDYRPEDDDDGTSNAGEG--KSFFAPSDGASFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPL

Query:  ALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFADNR--WTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRM
        ALTGRD+C SAITGSGKTAAF+LPTLERLL+RPKR  A RVLILTP RELA+Q+HSM  +  + F D +      GLS +E    L+  PD+VVATPGRM
Subjt:  ALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFADNR--WTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRM

Query:  IDHLRNSMSVDLDDLA
        IDHLRNSMSVDLDDLA
Subjt:  IDHLRNSMSVDLDDLA

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16280.1 RNA helicase 369.2e-1834.68Show/hide
Query:  DGTSNAGEGKSFFAPSDGA-SFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVL
        D   N  + + F  P+  + +  A +F  L L+   +  C+ LG  KPTP+Q  C+P  L GRD+ G A TGSGKTAAF+LP L RL   P     +  L
Subjt:  DGTSNAGEGKSFFAPSDGA-SFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVL

Query:  ILTPARELAIQVHSMNRE-------TCSMFADNRWTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHLRNSMSV
        ++TP RELA Q+    +         CS+         G+        L   P +V+ TPGR+   L N+  V
Subjt:  ILTPARELAIQVHSMNRE-------TCSMFADNRWTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHLRNSMSV

AT4G16630.1 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein1.4e-7456.96Show/hide
Query:  MAKSFVFDPPSDEEFD--------------HSDAEEEE--EDEE-QEEREEEQGGKEEEDEPLSR-RRTESPWDFASYSESVAEEHARRSTTSVDFKISK
        M  SF F+  SD+E +                +AEE E  EDE+ +EE EEE   +EEEDE   R    +SPWDFASYS SV EEHARR TTS+D KISK
Subjt:  MAKSFVFDPPSDEEFD--------------HSDAEEEE--EDEE-QEEREEEQGGKEEEDEPLSR-RRTESPWDFASYSESVAEEHARRSTTSVDFKISK

Query:  LLEKRSSHVTPTAADDDESSEE-----ESDRQEDYRPEDDDDGTSNAGEG--KSFFAPSDGASFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPL
         ++ R   ++    +++E  EE     E+D+QE+Y  EDD+       +   K FF+  DG SFHA++FMELNLSRPL+RACE LGY KPTPIQAACIPL
Subjt:  LLEKRSSHVTPTAADDDESSEE-----ESDRQEDYRPEDDDDGTSNAGEG--KSFFAPSDGASFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPL

Query:  ALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFADNR--WTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRM
        ALTGRD+C SAITGSGKTAAF+LPTLERLL+RPKR  A RVLILTP RELA+Q+HSM  +  + F D +      GLS +E    L+  PD+VVATPGRM
Subjt:  ALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFADNR--WTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRM

Query:  IDHLRNSMSVDLDDLA
        IDHLRNSMSVDLDDLA
Subjt:  IDHLRNSMSVDLDDLA

AT5G60990.1 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein5.7e-2036.42Show/hide
Query:  SFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLL-----YRPKR----DRAIRVLILTPARELAIQVHSMN
        +F EL +   L++ACE LG+  P+ IQA  +P AL G+D+ G A TGSGKT AF++P L+ LL       PK+    D A    +L+P RELAIQ+    
Subjt:  SFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLL-----YRPKR----DRAIRVLILTPARELAIQVHSMN

Query:  RE-------TCSMFADNRWTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHLRNSMSVDLDDL
                  C++         G+   +    L   P V+VATPGR+ DH+ ++    L  L
Subjt:  RE-------TCSMFADNRWTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHLRNSMSVDLDDL

AT5G63120.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein1.2e-1739.86Show/hide
Query:  FMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPK--RDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFA
        F + N    ++ A   LG+ +PTPIQA   P+AL GRD+ G A TGSGKT A+ LP L  +  +P+  +D    VLIL P RELA+Q+   +R+   + +
Subjt:  FMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPK--RDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFA

Query:  DNRWT--FPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHL
          R T  + G  +      L+   ++V+ATPGR+ID L
Subjt:  DNRWT--FPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHL

AT5G63120.2 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein1.2e-1739.86Show/hide
Query:  FMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPK--RDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFA
        F + N    ++ A   LG+ +PTPIQA   P+AL GRD+ G A TGSGKT A+ LP L  +  +P+  +D    VLIL P RELA+Q+   +R+   + +
Subjt:  FMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPK--RDRAIRVLILTPARELAIQVHSMNRETCSMFA

Query:  DNRWT--FPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHL
          R T  + G  +      L+   ++V+ATPGR+ID L
Subjt:  DNRWT--FPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTAAGAGTTTTGTGTTCGATCCCCCCAGTGACGAGGAATTCGACCACTCCGATGCTGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGAACAAGAAGAACGAGAAGAGGAACAAGG
AGGAAAAGAGGAGGAAGATGAACCCCTTTCTCGTCGTCGCACTGAGTCTCCTTGGGATTTTGCCTCTTACTCCGAGTCGGTGGCTGAAGAACATGCCCGTAGAAGCACTA
CTTCTGTTGATTTCAAAATTTCCAAACTGCTTGAGAAGCGCTCCTCACACGTCACTCCTACCGCGGCTGATGATGATGAGAGTTCGGAAGAGGAATCTGACAGACAAGAA
GATTATAGACCGGAAGACGACGATGATGGAACTAGTAATGCTGGTGAGGGTAAGTCGTTTTTTGCGCCATCCGATGGGGCTTCCTTTCATGCTAATTCGTTCATGGAGCT
TAACTTGTCGCGCCCACTGATTCGAGCATGTGAGGCTTTGGGATATGCAAAGCCGACGCCAATTCAGGCGGCTTGCATACCGTTGGCATTGACTGGACGTGATATATGCG
GAAGTGCAATTACTGGTTCTGGAAAGACTGCAGCTTTTTCGCTACCTACTTTGGAGAGGTTACTCTATCGACCCAAACGTGATCGTGCAATAAGAGTTTTAATTCTAACT
CCAGCTAGAGAATTGGCAATCCAAGTTCACAGTATGAATAGAGAAACTTGCTCAATGTTTGCTGACAATCGTTGGACCTTTCCTGGGCTTTCAGAAAAGGAAGCAAGAGG
CTGCCTTAAGATCGATCCTGATGTGGTTGTGGCCACTCCAGGACGCATGATCGATCATCTACGCAATTCCATGTCCGTAGACTTGGACGATTTAGCAAGTTTTAATACTT
GA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTAAGAGTTTTGTGTTCGATCCCCCCAGTGACGAGGAATTCGACCACTCCGATGCTGAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGAACAAGAAGAACGAGAAGAGGAACAAGG
AGGAAAAGAGGAGGAAGATGAACCCCTTTCTCGTCGTCGCACTGAGTCTCCTTGGGATTTTGCCTCTTACTCCGAGTCGGTGGCTGAAGAACATGCCCGTAGAAGCACTA
CTTCTGTTGATTTCAAAATTTCCAAACTGCTTGAGAAGCGCTCCTCACACGTCACTCCTACCGCGGCTGATGATGATGAGAGTTCGGAAGAGGAATCTGACAGACAAGAA
GATTATAGACCGGAAGACGACGATGATGGAACTAGTAATGCTGGTGAGGGTAAGTCGTTTTTTGCGCCATCCGATGGGGCTTCCTTTCATGCTAATTCGTTCATGGAGCT
TAACTTGTCGCGCCCACTGATTCGAGCATGTGAGGCTTTGGGATATGCAAAGCCGACGCCAATTCAGGCGGCTTGCATACCGTTGGCATTGACTGGACGTGATATATGCG
GAAGTGCAATTACTGGTTCTGGAAAGACTGCAGCTTTTTCGCTACCTACTTTGGAGAGGTTACTCTATCGACCCAAACGTGATCGTGCAATAAGAGTTTTAATTCTAACT
CCAGCTAGAGAATTGGCAATCCAAGTTCACAGTATGAATAGAGAAACTTGCTCAATGTTTGCTGACAATCGTTGGACCTTTCCTGGGCTTTCAGAAAAGGAAGCAAGAGG
CTGCCTTAAGATCGATCCTGATGTGGTTGTGGCCACTCCAGGACGCATGATCGATCATCTACGCAATTCCATGTCCGTAGACTTGGACGATTTAGCAAGTTTTAATACTT
GA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKSFVFDPPSDEEFDHSDAEEEEEDEEQEEREEEQGGKEEEDEPLSRRRTESPWDFASYSESVAEEHARRSTTSVDFKISKLLEKRSSHVTPTAADDDESSEEESDRQE
DYRPEDDDDGTSNAGEGKSFFAPSDGASFHANSFMELNLSRPLIRACEALGYAKPTPIQAACIPLALTGRDICGSAITGSGKTAAFSLPTLERLLYRPKRDRAIRVLILT
PARELAIQVHSMNRETCSMFADNRWTFPGLSEKEARGCLKIDPDVVVATPGRMIDHLRNSMSVDLDDLASFNT