CuGenDBv2

Gene ID	Carg28025
Organism	Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma cv. SMH-JMG-627 (Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2)
Description	transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like
Genome location	Carg_Chr13:138709..143580
RNA-Seq Expression	Carg28025
Synteny	Carg28025
Gene Ontology terms	GO:0006413 - translational initiation (biological process) GO:0003743 - translation initiation factor activity (molecular function) GO:0004497 - monooxygenase activity (molecular function) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0016705 - oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen (molecular function) GO:0020037 - heme binding (molecular function)
InterPro domains	IPR000504 - RNA recognition motif domain IPR001876 - Zinc finger, RanBP2-type IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily IPR035979 - RNA-binding domain superfamily IPR036443 - Zinc finger, RanBP2-type superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6583343.1 TATA-binding protein-associated factor 2N, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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KAG7019111.1 RNA-binding protein EWS [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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XP_022964823.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like [Cucurbita moschata]

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XP_022970611.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like isoform X1 [Cucurbita maxima]

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XP_023519697.1 transcription initiation factor TFIID subunit 15b [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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A0A1S3C4S9 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X1

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A0A1S4E1L8 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X3

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A0A1S4E2C0 transcription initiation factor TFIID subunit 15b isoform X2

9.5e-186

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A0A6J1HM15 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like

2.8e-206

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A0A6J1I126 transcription initiation factor TFIID subunit 15b-like isoform X1

8.2e-198

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SwissProt top hits

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Q92804 TATA-binding protein-associated factor 2N

1.8e-08

45.02

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        G  G +  GG+ G    GY           GG  G Y     GG   YG D       Y G      YGG  GGYGGD  G G  RS  G GG   G   
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        GY     GGY  G R GG Y  GG RGGGYG
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Q94KD0 Transcription initiation factor TFIID subunit 15b

2.5e-90

57.25

Show/hide

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        G     SYG     E+  Y Q PP +A  PS  G +GSYPP        YG +AVPPP SYSG   PP+YGGP GGYG D+     S+ GRGG S GYDG
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        G         ++  R   SY               A   +VKQCD +CDD+CDN+RIY+SNLP DVT DEL++LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKI
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        YTDE GN KGDAC++YEDP AAHSAGGF+NNY++RG  ISV MAEKSAPRAP     G   GGG GGY GGGGDRRRD+Y   +SGPDR+ HGGNRSRPY
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G58470.1 TBP-associated factor 15B

1.8e-91

57.25

Show/hide

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        G     SYG     E+  Y Q PP +A  PS  G +GSYPP        YG +AVPPP SYSG   PP+YGGP GGYG D+     S+ GRGG S GYDG
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        G         ++  R   SY               A   +VKQCD +CDD+CDN+RIY+SNLP DVT DEL++LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKI
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        YTDE GN KGDAC++YEDP AAHSAGGF+NNY++RG  ISV MAEKSAPRAP     G   GGG GGY GGGGDRRRD+Y   +SGPDR+ HGGNRSRPY
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AT5G58470.2 TBP-associated factor 15B

1.8e-91

57.25

Show/hide

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        DW CPNP CGN+NFARRVECNKCGA +P G SSG             +RGG  GGY+RGGGD   +RGGG GG    RN  G S+   R   +DGG   G
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Query:  GNRGVNSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSA--PSSGGLAGSYPPSYHGGSADYGTDAVPPPASYSGTTYPPTYGGPSGGYGGDSLGDGRSSAGRGGPSAGYDG
        G     SYG     E+  Y Q PP +A  PS  G +GSYPP        YG +AVPPP SYSG   PP+YGGP GGYG D+     S+ GRGG S GYDG
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        G         ++  R   SY               A   +VKQCD +CDD+CDN+RIY+SNLP DVT DEL++LFGGIGQ+GRIKQKRGYKDQWP+NIKI
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Sequences

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CDS sequence

Show/hide CDS sequence

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TAAGTGTGGTGCACCCTCACCTGGGGGTGCTAGCAGTGGTGGTGGTGGTTTTAATAGAGGTGGAGCTGATGGTGGTTATAATAGAGGTGGAGGTGATGGGGGTTACAACA
GAGGTGGAGGTGATGGGGGTTACAATAGAGGTGGAGGTGATGGGGGTTACGGTGGTAATCGTAATGGCAGAGGTGGTAGTTTCCATGGTGGTCGAAGTGGAACTCATGAT
GGAGGCCGAAATGAAGGAGGGAACAGAGGTGTTAACTCGTATGGTGGTCACCAGGGAGGAGAAGATAGTGGTTACAGTCAGGTTCCCCCTTCCTCGGCACCCTCATCTGG
TGGCCTTGCTGGCTCTTATCCACCATCTTACCATGGTGGAAGTGCAGATTACGGGACTGATGCAGTTCCTCCTCCTGCAAGCTACAGTGGAACTACATACCCTCCAACTT
ATGGTGGTCCATCTGGTGGCTATGGTGGTGATAGTCTAGGTGATGGGCGGAGTTCTGCCGGTCGGGGTGGACCATCAGCTGGATATGACGGCGGCTACAATGCAGGTGGT
AGAGGTGGCTATAATTCTGGTGGTAGAGGAGGAGGAAGCTATAATACTGGTGGTGGTAGAGGTGGCGGTTATGGAAGTACACCGGCAGCAGAGCCAGCGCAAGTTAAACA
GTGCGATGATAATTGTGATGATTCATGTGATAACTCTAGAATCTATGTTTCTAATTTGCCAACAGATGTGACAATTGATGAATTGAGAGAACTATTTGGTGGAATTGGTC
AAATTGGAAGAATTAAGCAGAAGAGGGGCTACAAGGATCAGTGGCCTTGGAACATTAAAATATATACAGATGAGATGGGAAATAACAAAGGCGATGCATGTGTATCATAT
GAAGATCCCCAAGCAGCGCATTCTGCTGGCGGTTTCTATAACAATTATGATTTGAGAGGATATAACATCAGTGTTGCAATGGCTGAGAAGTCTGCACCGAGGGCTCCACC
TGCATACAACCATGGTGGTGGTGGTAGAGGCGGATATGGAGGTGGTGGGGATAGGCGCAGAGATAGCTATAGGGATGGAGCCTCTGGACCTGATAGACATCAGCATGGTG
GAAATCGATCTCGTCCTTACTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TTAGTTTTTTTTTTTTTTTCTTAGTCGTTTAGTGACAAGAATCTGTGGGTGAAATGAAGTTTCTTGTAAGAAAAAACCTAGGAATTATTTATATTTATTTATGTCTGATC
GGAAGACTTTCTTTTAACTGTTGCGTTCGACATGTTTTAGTTTTTTGAAATTGATTTGTAAAGCTTTGCTTTTTGCTCTTGGACTGGTGTGACTTGTACTTGGTACCTGA
AATTTTCAGCGATCGGATCTTTAATTGTGAAACTAATAGTGAATTGTTTTTGTTTTCCCCTAAAGTTGCAAGCTCTTCCACGCCTCAATTTCTTTGTCTGCGTTTTTGAT
GCGATATAGGTGGCAGTGGCGGAGGGGGTTATCAAGGAGGAGATCGCGAGGGCGAGCAGTGGATGACGTGGTGGCGGAGGTGGTCGTGGCGGGAAGCGGCAGAGATGGTG
GATTGGGTCTGCCCTAATCCTGGCTGCGGGAATTTGAACTTTGCTAGGAGAGTGGAGTGTAATAAGTGTGGTGCACCCTCACCTGGGGGTGCTAGCAGTGGTGGTGGTGG
TTTTAATAGAGGTGGAGCTGATGGTGGTTATAATAGAGGTGGAGGTGATGGGGGTTACAACAGAGGTGGAGGTGATGGGGGTTACAATAGAGGTGGAGGTGATGGGGGTT
ACGGTGGTAATCGTAATGGCAGAGGTGGTAGTTTCCATGGTGGTCGAAGTGGAACTCATGATGGAGGCCGAAATGAAGGAGGGAACAGAGGTGTTAACTCGTATGGTGGT
CACCAGGGAGGAGAAGATAGTGGTTACAGTCAGGTTCCCCCTTCCTCGGCACCCTCATCTGGTGGCCTTGCTGGCTCTTATCCACCATCTTACCATGGTGGAAGTGCAGA
TTACGGGACTGATGCAGTTCCTCCTCCTGCAAGCTACAGTGGAACTACATACCCTCCAACTTATGGTGGTCCATCTGGTGGCTATGGTGGTGATAGTCTAGGTGATGGGC
GGAGTTCTGCCGGTCGGGGTGGACCATCAGCTGGATATGACGGCGGCTACAATGCAGGTGGTAGAGGTGGCTATAATTCTGGTGGTAGAGGAGGAGGAAGCTATAATACT
GGTGGTGGTAGAGGTGGCGGTTATGGAAGTACACCGGCAGCAGAGCCAGCGCAAGTTAAACAGTGCGATGATAATTGTGATGATTCATGTGATAACTCTAGAATCTATGT
TTCTAATTTGCCAACAGATGTGACAATTGATGAATTGAGAGAACTATTTGGTGGAATTGGTCAAATTGGAAGAATTAAGCAGAAGAGGGGCTACAAGGATCAGTGGCCTT
GGAACATTAAAATATATACAGATGAGATGGGAAATAACAAAGGCGATGCATGTGTATCATATGAAGATCCCCAAGCAGCGCATTCTGCTGGCGGTTTCTATAACAATTAT
GATTTGAGAGGATATAACATCAGTGTTGCAATGGCTGAGAAGTCTGCACCGAGGGCTCCACCTGCATACAACCATGGTGGTGGTGGTAGAGGCGGATATGGAGGTGGTGG
GGATAGGCGCAGAGATAGCTATAGGGATGGAGCCTCTGGACCTGATAGACATCAGCATGGTGGAAATCGATCTCGTCCTTACTGAGAAATTCGGCATTGAGCATTTTATG
TAATGGGAATTGTGATCTTAGTGTTTTAATTTTGTTCCATGGCTGGATTCTTGAATTGGAGACCAAAGAGGTAGGTTGTTCACTTTCTTGGGCAAGAGACCTCTTTGCTT
GCTCCTTTTTATCTAATATAGTGTTACCTGGAGGATTATAATCATGCTCGGGCTTGAGATTAATGTAGTTGTGTGAATGTTTTTTTTATAGAGGCAGGCGGATAATCTCC
AAACTGCTTGTTGCTAAGGTAGGTGTTGATGTTTCAGGTGAGTGCTTCTCTTTCCATAACCATTCTTAGAATTTTGCACGAGTGGCTCTGATGTATAAAGCTCCACCTGA
GCTCAGATACATCTCTGTTGGCTCCTAATGCAAGCATATCTTAACCTATAATCATCATTTCTGCATTCATATTTTAGTTACTAAATATTAACTTAACATAGTTTATTTAT
TATTTATTTGTTAGGATGACTGTATAATCTGTCTTATTCCATAATTCGTCTTGCATGTGTTCAAGGCTTACTTGTGATATTTGATTTTTTTCAAAAGAGAAACAGACAAT
ATCATATCAACAAATAACTCGTAGGTTACAGTGTGGCAAGTTACATATGTGAAGTAAAATGGTTAAGTGGGCCACCCGTAGAATTTTGGAAATATTTCGTTTTTGGGACT
GGGATTTTGCTGTTGGTGCAATAATGTTTGACTCCAGATTTTCAAAAGACTCATTATAGTTAAAGGGATAAAGCAAAACTAATGTTATGGATTGTGATGCCCTGGCGCTG
CCATTCACATTCGGTCGATGCGCGTTAGGCTTCTTTGGAGCTCTGTCATGGAAATATTCAGCAATAACTTTGGAATTGTGTCATAGGAGTTGGATTGTGTTGGTAAAAAA
AAAACTTCTGTACTTTTTTGTTTTTGTTTAATTACTTAGGATGGAGAGGTTGTTTCATTGTTGCCTGGTTGATAGCATTTTGCATAAGCTCGTTTGTTCGTACGAGCAAA
AGAATGGTAATTTTCTTTATGTTCATTATTTTCATACATCTCTTTTGGCTCTGTTAAGTGTTTTATAGAAGAGAAAATCTGTAAGATAACATTTGAAACTCGAGATTAGA
TTCTAACATCCCTCGTCCCAACAGTTCAATAAAAGCTGTTTGAATGTGAACTGGATTTTTAGGCGACAAACCGCCATTTGTTGACTGAAATCGAGTTTTCAATTTATGGA
TTGATATGTATTATTCCTGAAAGCATTGTGTGTACGTTTCCATGGTGGGATTATAACACTATTTTAAGTCGCCATATAACGAGACGCCTGTAAACATTTCAAACGTTTCA
AAGATACATCAATTTATGGATTGTATTGATGTTGATATCAATTTCTACTAATAAATTTCATTTC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MTWWRRWSWREAAEMVDWVCPNPGCGNLNFARRVECNKCGAPSPGGASSGGGGFNRGGADGGYNRGGGDGGYNRGGGDGGYNRGGGDGGYGGNRNGRGGSFHGGRSGTHD
GGRNEGGNRGVNSYGGHQGGEDSGYSQVPPSSAPSSGGLAGSYPPSYHGGSADYGTDAVPPPASYSGTTYPPTYGGPSGGYGGDSLGDGRSSAGRGGPSAGYDGGYNAGG
RGGYNSGGRGGGSYNTGGGRGGGYGSTPAAEPAQVKQCDDNCDDSCDNSRIYVSNLPTDVTIDELRELFGGIGQIGRIKQKRGYKDQWPWNIKIYTDEMGNNKGDACVSY
EDPQAAHSAGGFYNNYDLRGYNISVAMAEKSAPRAPPAYNHGGGGRGGYGGGGDRRRDSYRDGASGPDRHQHGGNRSRPY

Carg28025 (gene) of Silver-seed gourd (SMH-JMG-627) v2 genome