; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CcUC04G063980 (gene) of Watermelon (PI 537277) v1 genome

Gene IDCcUC04G063980
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationCicolChr04:20300343..20302470
RNA-Seq ExpressionCcUC04G063980
SyntenyCcUC04G063980
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.7e-5993.15Show/hide
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KGN53959.2 hypothetical protein Csa_021575 [Cucumis sativus]1.4e-6094.52Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]1.4e-6094.52Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]2.7e-5993.15Show/hide
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XP_023522638.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.9e-5992.47Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.0e-6194.52Show/hide
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A0A1S3B5D8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.0e-6194.52Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit7.0e-6194.52Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.3e-5993.15Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.3e-5993.15Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q6BVF9 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR11.3e-3260.26Show/hide
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR11.3e-3256.44Show/hide
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              G    RGG RG  GGRGG RGG GG     GGF GRGG R   GGRGG RGGF GRG
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Q757V8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR11.1e-3156.79Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 11.4e-4577.24Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 27.7e-4173.79Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein9.6e-4777.24Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein5.5e-4273.79Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CAAATT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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