; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

CcUC10G193840 (gene) of Watermelon (PI 537277) v1 genome

Gene IDCcUC10G193840
OrganismCitrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
DescriptionTransport membrane protein
Genome locationCicolChr10:15619843..15632821
RNA-Seq ExpressionCcUC10G193840
SyntenyCcUC10G193840
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR002033 - Sec-independent periplasmic protein translocase TatC


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
AKE33990.1 transport membrane protein, partial [Fragaria mandshurica]3.6e-7365.73Show/hide
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KAG6621715.1 hypothetical protein I3842_Q012900 [Carya illinoinensis]1.2e-8467.03Show/hide
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WP_131767155.1 twin-arginine translocase subunit TatC [Candidatus Frankia datiscae]5.0e-7566.13Show/hide
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WP_165001733.1 twin-arginine translocase subunit TatC [Candidatus Frankia datiscae]5.0e-7566.13Show/hide
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WP_206445271.1 twin-arginine translocase subunit TatC [Candidatus Frankia datiscae]5.0e-7566.13Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0B4L0I1 Transport membrane protein (Fragment)1.7e-7365.73Show/hide
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A0A0B4L0Z7 Transport membrane protein (Fragment)1.7e-7365.73Show/hide
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A0A0F6QQT1 Transport membrane protein (Fragment)1.7e-7365.73Show/hide
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A0A2P6P154 Putative sec-independent periplasmic protein translocase TatC1.7e-7365.73Show/hide
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A0A7D6C8B1 Transport membrane protein1.7e-7370.48Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38459 Uncharacterized tatC-like protein ymf163.7e-4145.49Show/hide
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         YLSG  F LF F+T   +VPNV  F     T+S                       F+ SI   +P    C   ++   +F  N   +  F+  F   +
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Query:  ALSTPPNIWCQIVARFLISLIIELVIFVASIVQ
        +    P+IWCQI+A   I  IIEL IF A I+Q
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P93312 Uncharacterized tatC-like protein ymf161.6e-6061.23Show/hide
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          F LFLFLTL  VVPN       VG   T+S  +               I  +   C+  P         +G           F MVF  L+AAL TPP
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        +IWCQIVA FLISLIIEL IFVA IVQ
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
ATMG00570.1 Sec-independent periplasmic protein translocase1.9e-7262.6Show/hide
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        N SL  L  L+   +    S ++  EVRIR VRILIGLG TWFT YWFPEELISPLA PFLTLP DSYFVCTQ TEAF T+VA SSIACSYFVFPLIS+Q
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        IWCFLIPSCYGEQRTKYNRFL+LSGSRF LFLFLT PRVVPN       VG   T+S  +               I  +P  C+       C P  R  G
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Query:  SFCGNLHEQSSFFMVFP-LSAALSTPPNIWCQIVARFLISLIIELVIFVASIVQ
                   F MVFP L+AALSTPP+IWCQIVARFLISLIIEL IFVASIVQ
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CTTTCTCTCAGCCACAAGTGGCTTATTTATGTTGCCGGGGTCTAGGTTTATGGATGGATTCAGTCAACGAAAGTCCCTCAAACTCAATCAATATCAACAACATGTCGTGA
CCGGAGGATCGACAGAGAGGAATTACTCTTTGTGTACGTTATGGAGTCTCCACTCCATGTTGAAAGCTCTTTCAAATAGCATGAGCGTTGAAAGAGAAGTTCGAATCCGT
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TTTTGATCCCCAGTTGCTATGGAGAACAAAGGACGAAATACAATCGATTCCTCTATTTAAGTGGTTCTCGCTTCTCCTTATTCCTGTTCCTAACTCTTCCCCGGGTAGTT
CCCAATGTTGGCACTTTCCATACTTCTTCGTATTTCGTTCATTCTATCGGTATGCTCCCAGGTACCTGTAATTGTGATCCATCTGCCAGAACTAAGGGGTCTTTTTGTGG
AAACCTTCACGAACAATCGTCGTTTTTTATGGTTTTTCCGCTTTCAGCAGCTCTTTCCACACCTCCGAATATCTGGTGCCAAATTGTCGCCCGTTTCCTTATTTCTTTGA
TAATCGAGTTGGTTATCTTTGTGGCATCGATTGTACAAAGGACTCCTTACCTTAGGAGCGGGATAAATGATACATCCCCGGCAAGTGCCGGTGAAGAACGCAAACAAAGC
TGGAGCTCGGGCATTGTTATATTCCATCAAGAGAAAGGAGGCAGACTGTTTGACAAAGGGCACCGGTTCGGAATAGTGTTAGCCACAATCTACCTTTCCCTTATTAGATT
CGGATTCGACTTAGTAATCCCCTTCCTCAAGGAAGGAGTAGGAGTCAAGAGTCAGGTCAAGAGTAGCCGTCAACAAAGAGTGAGCAAAGCAGATAGCAAAGAGGGAAAGA
AAGCACGGGCGAAGAAAGCCTATTCTATTATAGCAGTCCTCCGGAAAGGGCATATCGGGGAAGAAAGCCCATTAGAATCCAGAGAGCTTATGCAAGCTCTTATTCTCCCA
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TAGAGCAAATTGGCAACGTTCTAACAGTTATCCGTCAACTAGCGGAGATTTCCGAGATGCTTGCACAATTGACCTTGAGGGCAGACATCGAAAAGCCCTGGCTTTTAAGT
ACTCATCTTACCGAACCCATAAAGACCCCAAGTGCTTGGGTAAGCAAACTTTCACGCTCACAAGGATTGGAACCGTAGACATTGGACGCGATAAAGTAAGCCACCCTGGA
TGGGAGGAAGGATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGGGAGGAAGGATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLDGRVAEVRSIRTTTSLSARRDGEFEDTYTRQGAARFLSATSGLFMLPGSRFMDGFSQRKSLKLNQYQQHVVTGGSTERNYSLCTLWSLHSMLKALSNSMSVEREVRIR
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WEEG