CuGenDBv2

Gene ID	CcUC10G201950
Organism	Citrullus colocynthis (Watermelon (PI 537277) v1)
Description	50S ribosomal protein L2, chloroplastic
Genome location	CicolChr10:29133134..29134440
RNA-Seq Expression	CcUC10G201950
Synteny	CcUC10G201950
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0019684 - photosynthesis, light reaction (biological process) GO:0009507 - chloroplast (cellular component) GO:0015934 - large ribosomal subunit (cellular component) GO:0016020 - membrane (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function) GO:0016740 - transferase activity (molecular function) GO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR002171 - Ribosomal protein L2 IPR008991 - Translation protein SH3-like domain superfamily IPR014722 - Ribosomal protein L2, domain 2 IPR022669 - Ribosomal protein L2, C-terminal

Homology

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GenBank top hits

e value

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AXU40407.1 ribosomal protein L2 [Gomphogyne cissiformis var. villosa]

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AXU40408.1 ribosomal protein L2 [Gomphogyne cissiformis var. villosa]

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KAA0063016.1 ribosomal protein L2 [Cucumis melo var. makuwa]

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QCD92446.1 photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein [Vigna unguiculata]

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RZC71849.1 hypothetical protein C5167_035027 [Papaver somniferum]

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A0A346TM17 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

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A0A346TM18 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

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A0A4D6LWS2 Photosystem II CP47 chlorophyll apoprotein

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A0A4Y7KIS3 Ribosomal_L2_C domain-containing protein

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A0A5A7V9A1 Ribosomal protein L2 (Chloroplast)

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SwissProt top hits

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A4GYV2 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

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Q14F95 50S ribosomal protein L2-A, chloroplastic

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Q14FB6 50S ribosomal protein L2-B, chloroplastic

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Q4VZK5 50S ribosomal protein L2, chloroplastic

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Q8S8V3 50S ribosomal protein L2-A, chloroplastic

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Arabidopsis top hits

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AT3G51190.1 Ribosomal protein L2 family

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36.23

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        I N+E+ +G  G LARA+   A +IA   +S T  +KLPSG  +++   C   IGQV   G  +  +++
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ATCG00830.1 ribosomal protein L2

2.6e-23

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ATCG01310.1 ribosomal protein L2

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Sequences

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CDS sequence

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ACGACCATACATAACATAGAAATCACACTTGGGAAGGGGGGACAATTAGCAAGAGCAACAGATGTTGTAGCGAAACTGATTGCAAAAGAGGGGAAATCGGCCACATTAAA
ATTACCTTCTGGGGAGGTCCGTTTGATATCCAAAAATTGCTCAACAACAATCGGACAAGTGGGGAATGCTGGGGAGTGGAAGCTTCATATAATTCGAAAAAACAAGAGCA
GCAAGTCCAAACTAAGAAATAAAGTACCTCAGATTTTCCCCTCCGCCTGGGGTTGTCTCGCGATCCCTTCTACAGCTTGGCCCGCGGCGGTACCT

mRNA sequence

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Protein sequence

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TTIHNIEITLGKGGQLARATDVVAKLIAKEGKSATLKLPSGEVRLISKNCSTTIGQVGNAGEWKLHIIRKNKSSKSKLRNKVPQIFPSAWGCLAIPSTAWPAAVP

CcUC10G201950 (gene) of Watermelon (PI 537277) v1 genome