; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Chy11G195810 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome

Gene IDChy11G195810
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Descriptionprotodermal factor 1-like
Genome locationchrH11:14163362..14164252
RNA-Seq ExpressionChy11G195810
SyntenyChy11G195810
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR039923 - Protodermal factor 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004143175.1 protodermal factor 1 [Cucumis sativus]1.52e-15798.34Show/hide
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XP_008456355.1 PREDICTED: protodermal factor 1-like [Cucumis melo]9.48e-15195Show/hide
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XP_022947015.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita moschata]1.85e-12881.38Show/hide
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XP_022970795.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita maxima]1.06e-12881.27Show/hide
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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]1.97e-14089.75Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KF76 Uncharacterized protein1.6e-12198.34Show/hide
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A0A1S3C4A9 protodermal factor 1-like3.6e-11695Show/hide
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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like3.6e-11695Show/hide
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A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like1.8e-9981.38Show/hide
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A0A6J1I3W1 protodermal factor 1-like1.0e-9981.27Show/hide
Query:  MRSKQASALVFTLLAGLLSQSLLIPVLSTSIADQKSYYSPPDPHSGSPPSGSHSSPIPPSHGSGGT-PHYSTPTPSTPSNPPSGGGG-YNPPSSGGSPPS
        MR+KQAS L+FTLLAGLLSQSLLIPVLST+IADQKSYYSPPDPH+G+PP+GSHS+PIPPSHG GGT PHYSTPTPSTPS  PSG  G YNPPSSGGS P+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9S728 Protodermal factor 12.4e-4546.84Show/hide
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        S  V+ L A LLSQ L   V S    D K+YY SPP    G+PPS                  + S P PPSH                           
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Query:  GSGGTP-------HYSTPTPSTPSNPPSGGGGYNPPSSGG---SPPSTPVDPGTP---STPSTPSV-PSTPTTPTIPTTPF-----TCTYWLNHPGLIWG
          G  P       H STP+  TPS+PPSGG   +PP       +PPS  VDPGTP    +P TP + P TP TP IP  PF     TC YW NHP LIWG
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        +LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FP+TT QVR  FV+ LSSNKAA  QA+TFKLANEG++KP
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Query:  R
        R
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G42840.1 protodermal factor 11.7e-4646.84Show/hide
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        S  V+ L A LLSQ L   V S    D K+YY SPP    G+PPS                  + S P PPSH                           
Subjt:  SALVFTLLAGLLSQSLLIPVLSTSIADQKSYY-SPPDPHSGSPPS-----------------GSHSSPIPPSH---------------------------

Query:  GSGGTP-------HYSTPTPSTPSNPPSGGGGYNPPSSGG---SPPSTPVDPGTP---STPSTPSV-PSTPTTPTIPTTPF-----TCTYWLNHPGLIWG
          G  P       H STP+  TPS+PPSGG   +PP       +PPS  VDPGTP    +P TP + P TP TP IP  PF     TC YW NHP LIWG
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Query:  VLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRNDGYGALLREGTASYLNSLASNRFPYTTKQVRTSFVSALSSNKAAGNQANTFKLANEGKIKP
        +LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FP+TT QVR  FV+ LSSNKAA  QA+TFKLANEG++KP
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Query:  R
        R
Subjt:  R


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGAAGCAAACAAGCTTCTGCTCTCGTTTTCACTTTGCTTGCTGGGCTGCTTTCTCAAAGCCTACTCATCCCTGTATTGTCCACCTCCATTGCTGATCAGAAAAGCTA
CTACTCTCCTCCAGACCCACATTCTGGATCTCCTCCATCAGGTTCACATAGCAGCCCTATCCCACCATCACATGGTAGTGGAGGAACGCCACATTACTCCACACCAACTC
CTTCCACACCATCAAATCCGCCGTCTGGTGGTGGTGGATACAACCCTCCGTCTTCTGGTGGTAGCCCACCAAGCACCCCTGTAGATCCAGGCACTCCTAGCACTCCAAGC
ACTCCTAGTGTTCCTAGCACGCCAACCACACCTACCATTCCCACTACTCCATTTACCTGCACTTATTGGCTGAATCATCCAGGATTGATATGGGGAGTATTGGGATGGTG
GGGAACATTAGGAAATGCCTTCGGAGCAACCAATGTCCCAGGGTTTGGAACAAATCTCAACTTGCTCCAAGCACTTTCTAACACAAGGAATGATGGGTATGGGGCTCTTT
TGAGAGAAGGAACTGCTTCGTACCTCAACTCTCTTGCTAGTAACAGATTCCCCTACACAACTAAGCAAGTTAGGACAAGTTTCGTCTCGGCACTCAGCTCCAACAAAGCA
GCAGGCAATCAGGCCAACACGTTCAAGTTAGCCAACGAGGGCAAAATTAAACCCAGAGCTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGAAGCAAACAAGCTTCTGCTCTCGTTTTCACTTTGCTTGCTGGGCTGCTTTCTCAAAGCCTACTCATCCCTGTATTGTCCACCTCCATTGCTGATCAGAAAAGCTA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRSKQASALVFTLLAGLLSQSLLIPVLSTSIADQKSYYSPPDPHSGSPPSGSHSSPIPPSHGSGGTPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYNPPSSGGSPPSTPVDPGTPSTPS
TPSVPSTPTTPTIPTTPFTCTYWLNHPGLIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRNDGYGALLREGTASYLNSLASNRFPYTTKQVRTSFVSALSSNKA
AGNQANTFKLANEGKIKPRA