; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Chy2G031700 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome

Gene IDChy2G031700
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionTranscription factor SPATULA
Genome locationchrH02:5869466..5874818
RNA-Seq ExpressionChy2G031700
SyntenyChy2G031700
Gene Ontology termsGO:0006468 - protein phosphorylation (biological process)
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InterPro domainsIPR011598 - Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain
IPR031066 - Basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factors ALC-like, plant
IPR036638 - Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK12876.1 transcription factor SPATULA [Cucumis melo var. makuwa]6.31e-27594.58Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KLD3 BHLH domain-containing protein1.8e-22499.01Show/hide
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A0A1S3B0R8 transcription factor SPATULA4.4e-21594.58Show/hide
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A0A5D3CR49 Transcription factor SPATULA4.4e-21594.58Show/hide
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A0A6J1IJ91 transcription factor SPATULA-like isoform X22.3e-16381.33Show/hide
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A0A6J1ILN5 transcription factor SPATULA-like isoform X12.4e-16581.59Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0JNI9 Transcription factor PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR-LIKE 156.2e-2573.56Show/hide
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Q6AT90 Transcription factor APG6.4e-2238.98Show/hide
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        T  A A ++++S+ P  +   + Q       S P FS      L  P PS         RA  PP    PPP  P      + +A  ++      PPS  
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Query:  LHDPLRPCPTSIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLE--ALVEELPT--------KPNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPN
              P   +     SS   G  D  + +  D  + +  E  A  +EL          + +   SSKRSR AEVHNLSE+RRR RINEKM+ALQ LIPN
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Query:  SNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLPGSLQYLQLSHMRM
         NK DKASML+EAIEYLK LQLQVQM+SM  G+ + PM LP +   +Q  HM+M
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Q8GZM7 Transcription factor PIF13.4e-2348.99Show/hide
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        D  +  E +  + +  E+  EE        +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
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Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKAA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+  AA
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Q9FHA2 Transcription factor ALC1.7e-2244.32Show/hide
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        P PS   EL+  +R     T    P      + P + + V S+E F  S   G +               SS   G S+  + D++  E +         
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Query:  LPTKPNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLP
          +    R+S KR+  A+ HNLSEK+RRS+INEKMKALQ LIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQ L++ NGL L+PM LP
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Q9FUA4 Transcription factor SPATULA1.2e-4144.94Show/hide
Query:  SPPDDISLFLQQILRRSSSSAPHFSLLSPSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNLPPPYG-----------PPNAVPDEISAVDSSEQFANSPPSGVL------
        S  D+IS FL+ I  RS          SP PS +S  T    A     H    P+            P ++V       D SE                 
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Query:  --HDPLRPCPTSIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALVEELPTK---PNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDK
           +       S     SS+SVGAS  NE DE+DCESEEG EA+V+E P+    P+ RSSSKR RAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQ+LIPNSNKTDK
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Query:  ASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLPG-SLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKAASIH-PFMSDIGRTNAAETPFEL
        ASMLDEAIEYLKQLQLQVQML+MRNG++LHP+ LPG +L  LQLS +R              E  N   L+  +Q A++ + P M      N   + + L
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Query:  VPPIQAHLVPFYLSES
         P I++H  PF L  S
Subjt:  VPPIQAHLVPFYLSES

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G20180.1 phytochrome interacting factor 3-like 52.4e-2448.99Show/hide
Query:  DHNENDEFDCESEEGLEALVEELPTKPNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS
        D  +  E +  + +  E+  EE        +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
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Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKAA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+  AA
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AT2G20180.2 phytochrome interacting factor 3-like 52.4e-2448.99Show/hide
Query:  DHNENDEFDCESEEGLEALVEELPTKPNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS
        D  +  E +  + +  E+  EE        +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
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Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKAA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+  AA
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AT2G20180.3 phytochrome interacting factor 3-like 52.4e-2448.99Show/hide
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        D  +  E +  + +  E+  EE        +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
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Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKAA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+  AA
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AT4G36930.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein8.8e-4344.94Show/hide
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        S  D+IS FL+ I  RS          SP PS +S  T    A     H    P+            P ++V       D SE                 
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Query:  --HDPLRPCPTSIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALVEELPTK---PNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDK
           +       S     SS+SVGAS  NE DE+DCESEEG EA+V+E P+    P+ RSSSKR RAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQ+LIPNSNKTDK
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Query:  ASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLPG-SLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKAASIH-PFMSDIGRTNAAETPFEL
        ASMLDEAIEYLKQLQLQVQML+MRNG++LHP+ LPG +L  LQLS +R              E  N   L+  +Q A++ + P M      N   + + L
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Query:  VPPIQAHLVPFYLSES
         P I++H  PF L  S
Subjt:  VPPIQAHLVPFYLSES

AT5G67110.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.2e-2344.32Show/hide
Query:  PSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNLPPPYGPPNAVPDEISAVDSSEQFANSPPSGVLHDPLRPCPTSIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALVEE
        P PS   EL+  +R     T    P      + P + + V S+E F  S   G +               SS   G S+  + D++  E +         
Subjt:  PSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNLPPPYGPPNAVPDEISAVDSSEQFANSPPSGVLHDPLRPCPTSIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALVEE

Query:  LPTKPNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLP
          +    R+S KR+  A+ HNLSEK+RRS+INEKMKALQ LIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQ L++ NGL L+PM LP
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGACCATTCTGTTCCCAACAACTGCGATCGAAATGCATGTACTTCTTCGACGTGGACTCTCCCCGCCCCAGCCCTCTCTTCCTCTTCCTCTTCACCTCCCGACGATAT
CTCTCTGTTTCTTCAACAGATTTTGCGGCGTTCCTCTTCCTCTGCTCCTCACTTCTCTCTTCTCTCTCCCTCTCCCTCCATCTTCTCTGAGCTCACCTGCAACATTAGAG
CCTTCACCCCCCCAACCCATAACCTTCCCCCTCCATACGGACCGCCCAATGCAGTGCCGGACGAGATCTCCGCCGTCGATTCCTCAGAACAATTTGCAAATTCCCCACCA
TCCGGTGTACTACATGATCCCTTGCGCCCTTGTCCCACATCCATTCCACCGAACGCGTCTTCTACGTCGGTCGGAGCTAGTGATCATAACGAAAACGATGAATTTGACTG
CGAAAGTGAGGAGGGTCTGGAGGCATTGGTTGAAGAGCTGCCTACAAAGCCCAATCCTCGCAGCTCTTCCAAGAGAAGCAGAGCCGCTGAAGTTCATAATTTGTCTGAAA
AGAGAAGGAGGAGCAGAATTAATGAGAAAATGAAAGCTCTGCAAAATCTGATCCCCAATTCTAACAAGACTGACAAGGCCTCGATGCTAGACGAAGCAATTGAATATCTG
AAGCAGCTTCAACTTCAAGTTCAGATGCTGTCGATGAGAAATGGCTTGAGTTTGCATCCTATGAACTTGCCTGGAAGTTTGCAATATCTCCAACTTTCCCACATGAGAAT
GGACTTTGGTGAAGAAAACAGGTCAATTTCTTCTGACCAAGAAAGACCTAACCAGATCTTTCTCAGTTTGCCTGACCAAAAGGCTGCCTCCATCCATCCTTTCATGTCAG
ACATTGGAAGAACTAATGCAGCTGAAACTCCATTTGAATTGGTCCCGCCCATCCAGGCTCACCTAGTCCCTTTTTACTTGAGTGAGTCCTCCAAATCTAAGGAGATTTGC
AGCAGAGATTTACTGCGAGATGATCACCAGGCGGTGAATGTGAATGTGAGCCAATCGGAGACAACTCCCTTAGTGTCATGCCCCTATAACATACCAGAGACTCCTGATTT
ACAAGGATTACAGAATGGCCTCTCAGTGGAACCGTGCATCATTGAAGGAAATCGATCTGGTGTGCTTCTGAATTACACCCCAGAGCACAGCCTCGTATTCCCTTCCCCTT
TTAATGGGGCGGATGAGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGACCATTCTGTTCCCAACAACTGCGATCGAAATGCATGTACTTCTTCGACGTGGACTCTCCCCGCCCCAGCCCTCTCTTCCTCTTCCTCTTCACCTCCCGACGATAT
CTCTCTGTTTCTTCAACAGATTTTGCGGCGTTCCTCTTCCTCTGCTCCTCACTTCTCTCTTCTCTCTCCCTCTCCCTCCATCTTCTCTGAGCTCACCTGCAACATTAGAG
CCTTCACCCCCCCAACCCATAACCTTCCCCCTCCATACGGACCGCCCAATGCAGTGCCGGACGAGATCTCCGCCGTCGATTCCTCAGAACAATTTGCAAATTCCCCACCA
TCCGGTGTACTACATGATCCCTTGCGCCCTTGTCCCACATCCATTCCACCGAACGCGTCTTCTACGTCGGTCGGAGCTAGTGATCATAACGAAAACGATGAATTTGACTG
CGAAAGTGAGGAGGGTCTGGAGGCATTGGTTGAAGAGCTGCCTACAAAGCCCAATCCTCGCAGCTCTTCCAAGAGAAGCAGAGCCGCTGAAGTTCATAATTTGTCTGAAA
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AAGCAGCTTCAACTTCAAGTTCAGATGCTGTCGATGAGAAATGGCTTGAGTTTGCATCCTATGAACTTGCCTGGAAGTTTGCAATATCTCCAACTTTCCCACATGAGAAT
GGACTTTGGTGAAGAAAACAGGTCAATTTCTTCTGACCAAGAAAGACCTAACCAGATCTTTCTCAGTTTGCCTGACCAAAAGGCTGCCTCCATCCATCCTTTCATGTCAG
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AGCAGAGATTTACTGCGAGATGATCACCAGGCGGTGAATGTGAATGTGAGCCAATCGGAGACAACTCCCTTAGTGTCATGCCCCTATAACATACCAGAGACTCCTGATTT
ACAAGGATTACAGAATGGCCTCTCAGTGGAACCGTGCATCATTGAAGGAAATCGATCTGGTGTGCTTCTGAATTACACCCCAGAGCACAGCCTCGTATTCCCTTCCCCTT
TTAATGGGGCGGATGAGTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDHSVPNNCDRNACTSSTWTLPAPALSSSSSSPPDDISLFLQQILRRSSSSAPHFSLLSPSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNLPPPYGPPNAVPDEISAVDSSEQFANSPP
SGVLHDPLRPCPTSIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALVEELPTKPNPRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYL
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SRDLLRDDHQAVNVNVSQSETTPLVSCPYNIPETPDLQGLQNGLSVEPCIIEGNRSGVLLNYTPEHSLVFPSPFNGADE