CuGenDBv2

Gene ID	Chy2G033480
Organism	Cucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Description	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94
Genome location	chrH02:7546988..7551347
RNA-Seq Expression	Chy2G033480
Synteny	Chy2G033480
Gene Ontology terms	GO:0015074 - DNA integration (biological process) GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function) GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0032274.1 putative gag-pol polyprotein, identical [Cucumis melo var. makuwa]

1.03e-75

84.56

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKELNEGEKL  EL NGKELQV+GKGT+GIETHHG RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNV++FAL AT T  NTTK NS+LW+L
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

KAA0045239.1 putative gag-pol polyprotein, identical [Cucumis melo var. makuwa]

4.49e-76

83.89

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        ++KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKE NEGEKL  ELENGKELQV+GKGT+GIETHHG RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQT RVL KVKMTQSKMFPLEV NVENFALTAT T  NTTK NS+LW+L
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

KAA0054939.1 putative gag-pol polyprotein, identical [Cucumis melo var. makuwa]

3.94e-73

84.56

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKELNEGEKL  EL NGKELQV+GKG +GIETHHG RILTNVQ+VPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGA LIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVL KVKMTQSKMFPLEVSNVE+FALT  TT TNTTK NSELWHL
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

TYK27735.1 putative gag-pol polyprotein, identical [Cucumis melo var. makuwa]

5.75e-74

85.91

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKELNEGEKL  +L NGKELQV+GKGT+ IETHHG RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVE+FALTAT T  NTTK NSELWHL
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

TYK28117.1 putative gag-pol polyprotein, identical [Cucumis melo var. makuwa]

1.91e-72

85.91

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KT EVWFIDS   NH+  LKPVFKELNEGEKL  EL NGKELQV+GK TMGIETH+G RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SGHSILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTAT T  NTTK NSELWHL
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7SM62 Putative gag-pol polyprotein, identical

2.9e-63

84.56

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKELNEGEKL  EL NGKELQV+GKGT+GIETHHG RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNV++FAL A  T TNTTK NS+LW+L
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

A0A5A7TVH1 Putative gag-pol polyprotein, identical

1.1e-62

83.89

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        ++KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKE NEGEKL  ELENGKELQV+GKGT+GIETHHG RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQT RVL KVKMTQSKMFPLEV NVENFALTA  T TNTTK NS+LW+L
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

A0A5A7UN91 Putative gag-pol polyprotein, identical

1.1e-62

84.56

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKELNEGEKL  EL NGKELQV+GKG +GIETHHG RILTNVQ+VPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGA LIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVL KVKMTQSKMFPLEVSNVE+FAL  TTT TNTTK NSELWHL
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

A0A5D3DWC7 Putative gag-pol polyprotein, identical

1.1e-62

85.91

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KT EVWFIDS   NH+  LKPVFKELNEGEKL  EL NGKELQV+GK TMGIETH+G RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SGHSILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTA  T TNTTK NSELWHL
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

A0A5D3DWP2 Putative gag-pol polyprotein, identical

1.5e-64

85.91

Show/hide

Query:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN
        D+KTAEVWFIDS C NH+ GLKPVFKELNEGEKL  +L NGKELQV+GKGT+ IETHHG RILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLM+SG+SILF+DGACLIKN
Subjt:  DEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKN

Query:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL
        KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVE+FALTA  T TNTTK NSELWHL
Subjt:  KQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTATTTTTNTTKINSELWHL

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G21000.1 Gag-Pol-related retrotransposon family protein

3.5e-05

25.2

Show/hide

Query:  EVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHG-KRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSI-LFEDGACLIKNKQT
        ++W I    P ++      F  L+   K      +G  L V+GKG + I    G K+ + NV +VP +  N+LS G+++   +SI     G C++ ++  
Subjt:  EVWFIDSCCPNHIKGLKPVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHG-KRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSI-LFEDGACLIKNKQT

Query:  GRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVE
         ++   + MT      L +  +E
Subjt:  GRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVE

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGTGTTCCGAAAATAAGTCTGTGTCAAGGGACGTGCAAGAAATTGGACATAATGCAGTCCGCATACACAACGAAGAAAAACCAGACACTTTGATTTTCCTTCGTGTGAT
AAACTACTTGGAATATGTAAATCATACTTGCAAGAGGTATGCTATAGTGCTAGAAGCTATAAATAAGGATAAAATTATCTGGACATATGTGACTTCGATTGCAATTCCAC
GACCATCAGTCTTTGAACTCGTATCTTTTAAAGATCTCCTCGGAGATGAAAAGACAGCGGAGGTGTGGTTCATTGATAGCTGTTGTCCGAATCACATAAAAGGTTTGAAG
CCTGTATTCAAGGAGCTTAACGAAGGGGAAAAGTTGATATGGGAGCTCGAAAATGGCAAGGAGCTACAAGTCGATGGCAAAGGAACGATGGGAATTGAAACTCACCATGG
AAAAAGAATTCTCACAAATGTTCAGTATGTGCCCGATATTGGATATAATTTGCTGAGTGTCGGACAACTAATGGATAGTGGGCATTCTATCTTGTTTGAGGATGGTGCGT
GCTTGATAAAAAATAAGCAAACGGGACGAGTTTTGGCAAAAGTAAAGATGACTCAAAGCAAAATGTTTCCGCTGGAAGTCTCAAATGTGGAAAATTTTGCTCTTACTGCT
ACTACTACAACAACTAATACAACGAAGATCAACTCGGAGCTATGGCATTTAAGTATGTGTTCCGAAAATAAGGGATCACCCATTCATAACATCAATCAGCGAAAGGACGT
GCAAGAAATTGGATATAATGCAGTCCGCATACACAACGAAGAAAAACCAGACACTTTGATTTTCCTTCGTGTGATAAACGGCCTGGAGGATGTAAATGATACTTGCAAGT
CGTATACTCTGGTGGTGGAAGCTATAAATAAGGATAAAATTATCTGGACATATGTGACTTGGATTAAAACTACAGAACCTGATGGTACCTATCAACAATCTTTTAAAGAT
CCCCTCGGGTACTACACCTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MCSENKSVSRDVQEIGHNAVRIHNEEKPDTLIFLRVINYLEYVNHTCKRYAIVLEAINKDKIIWTYVTSIAIPRPSVFELVSFKDLLGDEKTAEVWFIDSCCPNHIKGLK
PVFKELNEGEKLIWELENGKELQVDGKGTMGIETHHGKRILTNVQYVPDIGYNLLSVGQLMDSGHSILFEDGACLIKNKQTGRVLAKVKMTQSKMFPLEVSNVENFALTA
TTTTTNTTKINSELWHLSMCSENKGSPIHNINQRKDVQEIGYNAVRIHNEEKPDTLIFLRVINGLEDVNDTCKSYTLVVEAINKDKIIWTYVTWIKTTEPDGTYQQSFKD
PLGYYT

Chy2G033480 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome