; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Chy4G076860 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome

Gene IDChy4G076860
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionRibosome-recycling factor, chloroplastic
Genome locationchrH04:14156511..14156795
RNA-Seq ExpressionChy4G076860
SyntenyChy4G076860
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005739 - mitochondrion (cellular component)
GO:0043023 - ribosomal large subunit binding (molecular function)
InterPro domainsIPR002661 - Ribosome recycling factor
IPR023584 - Ribosome recycling factor domain
IPR036191 - RRF superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0056597.1 ribosome-recycling factor [Cucumis melo var. makuwa]1.33e-2272.5Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEASIVALSGELSKLRTGRASSG                    MLDHIIVET GVKLPLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

XP_004138478.2 uncharacterized protein LOC101216947 [Cucumis sativus]4.85e-2271.25Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEASIVALSGELSKLRTGRAS G                    MLDHIIVET GVKLPLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

XP_008231154.1 PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: ribosome-recycling factor [Prunus mume]2.03e-2166.25Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEA+I ALS ELSKLRTGRAS GTF++  L           + +LDHIIVET GVKLPL+QIA VS+LDSKTLSINP+DP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

XP_008441363.1 PREDICTED: ribosome-recycling factor [Cucumis melo]8.82e-2372.5Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEASIVALSGELSKLRTGRASSG                    MLDHIIVET GVKLPLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

XP_038885565.1 ribosome-recycling factor isoform X2 [Benincasa hispida]1.82e-2066.25Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEA+I ALSGELSKLRTGRASSG                    MLDHIIVET GVK+PLNQIA VS+LD KTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KA50 Ribosome-recycling factor, chloroplastic3.7e-1771.25Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEASIVALSGELSKLRTGRAS                     GMLDHIIVET GVKLPLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

A0A1S3B2S9 Ribosome-recycling factor, chloroplastic9.7e-1872.5Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEASIVALSGELSKLRTGRASS                    GMLDHIIVET GVKLPLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

A0A5D3DLY3 Ribosome-recycling factor, chloroplastic9.7e-1872.5Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEASIVALSGELSKLRTGRASS                    GMLDHIIVET GVKLPLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

A0A6J1BWU9 Ribosome-recycling factor, chloroplastic7.0e-1666.25Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEA+I ALSGELSKLRTGRASS                    GMLDHIIVET G+K+PLNQIA VS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

A0A6J1JKE4 Ribosome-recycling factor, chloroplastic1.2e-1566.25Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEA+I ALSGELSKLRTGRASS                    GMLDHIIVE  GV++PLNQIAAVS+LDSKTLSINPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A1TN72 Ribosome-recycling factor3.1e-0537.97Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD
        M+ SIVA    L+K+RTGRA+      PAL              LD + VE  G  +PL+Q+A VS++D++T+S+ P++
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD

A8GIE3 Ribosome-recycling factor2.4e-0537.97Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD
        ME S+ A   ++SK+RTGRAS                      +LD I+VE  G   PL Q+A+V++ DS+TL IN +D
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD

Q1H142 Ribosome-recycling factor1.8e-0536.71Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD
        M+ SI AL  +LSK+RTGRA +                    G+LDH+ VE  G  + +NQ+A+VS+ D++TL++  Y+
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD

Q1LNF5 Ribosome-recycling factor8.2e-0634.18Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD
        M+ SI A   +L+K+RTGRA +                    G+LDH+ V+  G  +P++Q+AAVS+ D++T+S+ P++
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD

Q3SKN6 Ribosome-recycling factor1.8e-0535.44Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD
        M  ++ AL  +L+K+RTGRA                     AG+LDH++V+  G   P+ Q+A VS++DS+TL + PY+
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G01800.1 Ribosome recycling factor4.5e-1555Show/hide
Query:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP
        MEA+I ALS +L+KLRTGRA+                     GMLDHI+VET GVK+PLN +A VS+LD KTLS+NPYDP
Subjt:  MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGGCTTCGATAGTTGCATTATCAGGAGAATTAAGCAAGCTTCGAACGGGCAGGGCATCATCTGGTACATTCACTGTCCCTGCCCTTGTGATTGCTTACACTAACTC
TTACACTGTACTTGCAGGAATGCTTGACCACATTATAGTAGAAACTTTAGGTGTGAAGCTGCCGTTGAATCAGATTGCGGCTGTATCGATCTTGGATTCTAAAACATTGT
CAATAAATCCTTATGATCCCTGT
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAGGCTTCGATAGTTGCATTATCAGGAGAATTAAGCAAGCTTCGAACGGGCAGGGCATCATCTGGTACATTCACTGTCCCTGCCCTTGTGATTGCTTACACTAACTC
TTACACTGTACTTGCAGGAATGCTTGACCACATTATAGTAGAAACTTTAGGTGTGAAGCTGCCGTTGAATCAGATTGCGGCTGTATCGATCTTGGATTCTAAAACATTGT
CAATAAATCCTTATGATCCCTGT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MEASIVALSGELSKLRTGRASSGTFTVPALVIAYTNSYTVLAGMLDHIIVETLGVKLPLNQIAAVSILDSKTLSINPYDPC