; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Chy4G079070 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome

Gene IDChy4G079070
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchrH04:18266412..18267209
RNA-Seq ExpressionChy4G079070
SyntenyChy4G079070
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LCY3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.4e-15099.25Show/hide
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14898.11Show/hide
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14898.11Show/hide
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A0A6J1F2S5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.1e-14696.23Show/hide
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A0A6J1J722 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.3e-14696.6Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic3.8e-13287.27Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)9.9e-13388.33Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.4e-13187.55Show/hide
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P27490 Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic1.9e-13186.52Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic1.1e-13186.19Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 36.4e-12783.9Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 26.4e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  + RVTMRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 14.9e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  + RVTMRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B22.2e-12784.27Show/hide
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        + MALSS  F GK V        +S V  + RVTMRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B13.1e-12984.59Show/hide
Query:  AAMALSS-TFTGKVVPLNAFTELSSSVRSNSRVTMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        + MALSS   TGK V L   +  +S V    R+TMRK+ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKVVPLNAFTELSSSVRSNSRVTMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGTTGTTCCTTTGAATGCATTTACCGAGCTCTCGTCCTCGGTTCGCAGCAACAGTAGAGTCACAATGAGGAA
ATCTGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTTC
CTGGTGACTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCTGACCCCGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCTGAGCTTCTTTCTAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTATTCATGCACAGAGCATTTTGGCAATTTGGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCTGGAGGACCACTCGGAGAGA
TTACTGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTTGGATTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGTCGTCTTGCA
ATGTTTTCCATGTTCGGGTTTTTCGTACAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGCTACCAACTTTGTACCTGGAAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAMALSSTFTGKVVPLNAFTELSSSVRSNSRVTMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK