; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Chy4G081280 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome

Gene IDChy4G081280
OrganismCucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Descriptionrhomboid-like protein 20
Genome locationchrH04:20764084..20772366
RNA-Seq ExpressionChy4G081280
SyntenyChy4G081280
Gene Ontology termsGO:0006508 - proteolysis (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR009060 - UBA-like superfamily
IPR015940 - Ubiquitin-associated domain
IPR022764 - Peptidase S54, rhomboid domain
IPR035952 - Rhomboid-like superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_022154191.1 rhomboid-like protein 20 [Momordica charantia]3.88e-19093.84Show/hide
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XP_023516629.1 rhomboid-like protein 20 [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.58e-18892.78Show/hide
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XP_038904170.1 rhomboid-like protein 20 isoform X1 [Benincasa hispida]1.17e-19396.22Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LG81 UBA domain-containing protein6.4e-15297.25Show/hide
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A0A1S3CMQ9 rhomboid-like protein 201.3e-15297.59Show/hide
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A0A5D3D5B1 Rhomboid-like protein 201.3e-15297.59Show/hide
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A0A6J1DN01 rhomboid-like protein 202.8e-14793.84Show/hide
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A0A6J1EXA3 rhomboid-like protein 202.6e-14592.44Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q4R910 Ubiquitin-associated domain-containing protein 23.6e-1926.45Show/hide
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        G SG   AP++++ ++  +  ++   +     +    Y    VK   + W+L+          +      L+Y FR+FER+ GS K++ F+L S + S L
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        F+ L +  ++       A NL  SG    +FA FVPF+  IP     ++ G +  ++K+ IY+ GLQL  S    W    +  I G+++G  Y   +F +
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         +    P +++ FFS    P  S+  P +                                    R  +G M       P    RQ        ++ P+A
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        P   E SE+ +A L+ MGF R  A++AL  + ND+N+ATN LL+
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Q5ZJQ8 Ubiquitin-associated domain-containing protein 22.1e-1925.81Show/hide
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        G +G   AP++++ ++  +  +I   +  +  +   +Y    +K   + W+LV          +      L+Y FR+FER+ GS K+S F+L +   S L
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Query:  FEVLAISLLK---DPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFG-VRFSDKSFIYLAGLQLLLSSWRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGIRKAK-
        F++L +   +       N + SG  G +FA FVPF+  IP     +V G    ++K+ +Y+ GLQLL S     IL  + G+++G  Y  ++  + +   
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Query:  FPEFISSFFSRLSLPSAGNPPAAPNRDVRGNMPS-----------FMSRQV------------------------------------ERNYPS---APTA
         P +++  FS    P   +  A P  ++R  M +            + RQ+                                    + ++PS    P  
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Query:  TEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLE
        TE SE+ +A L+ MGF R  A++AL  + ND+N+ATN LL+
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Q8NBM4 Ubiquitin-associated domain-containing protein 28.9e-1826.74Show/hide
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        G SG   AP++++ ++  +  ++   +     +    Y    VK   + W+L+          +      L+Y FR+FER+ GS K++ F+L S + S L
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Query:  FEVLAISLLK-----DPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFG-VRFSDKSFIYLAGLQLLLSS---WRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGI
        F+ L I  ++       A NL  SG    +FA FVPF+  IP     ++ G +  ++K+ IY+ GLQL  S    W    +  I G+++G  Y   +F +
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Query:  RKAK-FPEFISSFFSRLSLP--SAGNPPAAP---------------------------------NRDVRGNM-------PSFMSRQ------VERNYPSA
         +    P +++ FFS    P  S+  P +                                    R  +G M       P    RQ        ++ P+A
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Query:  PTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLE
        P   E SE+ +A L+ MGF R  A++AL  + ND+N+ATN LL+
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Q8RXQ2 Rhomboid-like protein 181.7e-10668.84Show/hide
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        MNGGPSGFNNAPVT+ F+IA+ALFT+FFGI+G S +LGLSYQD+  K R WKL++S FAFSST +L+ GL+LLY+FRVFERQIGSNKYSVFI FS   SL
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Query:  LFEVLAISLLKDPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFGVRFSDKSFIYLAGLQLLLSSWRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGIRKAKFPEF
        + E + +SL KDP  NL+TSGPY L+FASFVPFF DIPV+ RF V GV FSDKSFIYLAG+QLLLSSW+RSI  GICGI+AGSLYRLN+FGIRKAKFPEF
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Query:  ISSFFSRLSLPSAGNPPAAPNRDVRGNMPSFMSRQVERNYPS-APTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLESQSH
        ++S FSR SLPS  +    P R      P+ + RQ  R Y +  P+ TEPSE++IATLVSMGFD+N+A QALV ARNDVN ATNILLE+ SH
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Q9LET3 Rhomboid-like protein 203.3e-12175.09Show/hide
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        MNGGPSGF+NAPVT+ F+I SALFT+FFGIQGRS +LGLSYQD+  K R WKL+MS FAFSSTPELMFGL+LLYYFRVFERQIGSNKYSVFILFS   SL
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Query:  LFEVLAISLLKDPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFGVRFSDKSFIYLAGLQLLLSSWRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGIRKAKFPEF
        L EV+ +SLLKD   NL+TSGPYGL+FASF+PF+ DIPVSTRFRVFGV FSDKSFIYLAG+QLLLSSW+RSI PGICGI+AGSLYRLN+ GIRKAKFPEF
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Query:  ISSFFSRLSLPSAGN-PPAAPNRDVRGNMPSFMSRQVERNYPS-APTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLESQSH
        ++SFFSRLS PS GN PP AP+R++ G +     R+ ER+ P+  P++ EPSE++I TLVSMGFDRN+A QALV ARNDVN ATNILLE+QSH
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G41160.1 Ubiquitin-associated (UBA) protein1.2e-10768.84Show/hide
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        MNGGPSGFNNAPVT+ F+IA+ALFT+FFGI+G S +LGLSYQD+  K R WKL++S FAFSST +L+ GL+LLY+FRVFERQIGSNKYSVFI FS   SL
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        + E + +SL KDP  NL+TSGPY L+FASFVPFF DIPV+ RF V GV FSDKSFIYLAG+QLLLSSW+RSI  GICGI+AGSLYRLN+FGIRKAKFPEF
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Query:  ISSFFSRLSLPSAGNPPAAPNRDVRGNMPSFMSRQVERNYPS-APTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLESQSH
        ++S FSR SLPS  +    P R      P+ + RQ  R Y +  P+ TEPSE++IATLVSMGFD+N+A QALV ARNDVN ATNILLE+ SH
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AT3G56740.1 Ubiquitin-associated (UBA) protein2.3e-12275.09Show/hide
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        MNGGPSGF+NAPVT+ F+I SALFT+FFGIQGRS +LGLSYQD+  K R WKL+MS FAFSSTPELMFGL+LLYYFRVFERQIGSNKYSVFILFS   SL
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Query:  LFEVLAISLLKDPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFGVRFSDKSFIYLAGLQLLLSSWRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGIRKAKFPEF
        L EV+ +SLLKD   NL+TSGPYGL+FASF+PF+ DIPVSTRFRVFGV FSDKSFIYLAG+QLLLSSW+RSI PGICGI+AGSLYRLN+ GIRKAKFPEF
Subjt:  LFEVLAISLLKDPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFGVRFSDKSFIYLAGLQLLLSSWRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGIRKAKFPEF

Query:  ISSFFSRLSLPSAGN-PPAAPNRDVRGNMPSFMSRQVERNYPS-APTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLESQSH
        ++SFFSRLS PS GN PP AP+R++ G +     R+ ER+ P+  P++ EPSE++I TLVSMGFDRN+A QALV ARNDVN ATNILLE+QSH
Subjt:  ISSFFSRLSLPSAGN-PPAAPNRDVRGNMPSFMSRQVERNYPS-APTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLESQSH


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAACGGCGGCCCCTCCGGTTTTAACAATGCCCCCGTCACCCGGACCTTCATCATCGCCTCCGCTCTTTTCACCATTTTCTTCGGGATCCAAGGTCGTTCAATT
AGGCTTGGTTTGTCCTATCAGGATGTAATTGTGAAGCTCCGATTCTGGAAGTTAGTAATGTCAGTTTTTGCCTTTTCATCTACTCCTGAATTGATGTTCGGACTG
TTTCTGCTATATTACTTCAGAGTATTTGAGAGACAAATAGGTTCCAACAAATACTCAGTCTTTATATTGTTCTCTATAATATCCTCCTTACTTTTTGAGGTCCTT
GCGATATCATTACTTAAAGATCCTGCAGAAAATCTAGTGACTTCTGGACCTTATGGTCTTTTGTTTGCTTCCTTTGTACCCTTCTTCTTTGATATTCCTGTTTCA
ACTCGGTTCCGTGTATTTGGAGTTCGTTTCTCTGACAAGTCTTTCATATATCTGGCTGGTCTTCAGCTCCTTCTGTCTTCGTGGAGAAGATCTATCTTACCAGGG
ATATGCGGAATTCTTGCTGGTTCCTTATATCGATTGAATGTATTTGGCATCCGCAAGGCCAAGTTTCCAGAGTTTATCAGTTCATTTTTTTCAAGACTTTCTTTG
CCATCTGCGGGGAATCCTCCAGCAGCCCCAAATAGAGATGTTAGAGGAAACATGCCATCCTTCATGAGCCGCCAGGTTGAGAGGAACTATCCTTCTGCGCCAACT
GCCACCGAACCATCGGAAGACTCCATTGCTACACTTGTTTCAATGGGGTTCGACAGAAACTCGGCTATGCAGGCCCTTGTGCAGGCCAGAAACGACGTTAACATT
GCGACAAACATACTTCTTGAATCACAATCGCACTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAACGGCGGCCCCTCCGGTTTTAACAATGCCCCCGTCACCCGGACCTTCATCATCGCCTCCGCTCTTTTCACCATTTTCTTCGGGATCCAAGGTCGTTCAATT
AGGCTTGGTTTGTCCTATCAGGATGTAATTGTGAAGCTCCGATTCTGGAAGTTAGTAATGTCAGTTTTTGCCTTTTCATCTACTCCTGAATTGATGTTCGGACTG
TTTCTGCTATATTACTTCAGAGTATTTGAGAGACAAATAGGTTCCAACAAATACTCAGTCTTTATATTGTTCTCTATAATATCCTCCTTACTTTTTGAGGTCCTT
GCGATATCATTACTTAAAGATCCTGCAGAAAATCTAGTGACTTCTGGACCTTATGGTCTTTTGTTTGCTTCCTTTGTACCCTTCTTCTTTGATATTCCTGTTTCA
ACTCGGTTCCGTGTATTTGGAGTTCGTTTCTCTGACAAGTCTTTCATATATCTGGCTGGTCTTCAGCTCCTTCTGTCTTCGTGGAGAAGATCTATCTTACCAGGG
ATATGCGGAATTCTTGCTGGTTCCTTATATCGATTGAATGTATTTGGCATCCGCAAGGCCAAGTTTCCAGAGTTTATCAGTTCATTTTTTTCAAGACTTTCTTTG
CCATCTGCGGGGAATCCTCCAGCAGCCCCAAATAGAGATGTTAGAGGAAACATGCCATCCTTCATGAGCCGCCAGGTTGAGAGGAACTATCCTTCTGCGCCAACT
GCCACCGAACCATCGGAAGACTCCATTGCTACACTTGTTTCAATGGGGTTCGACAGAAACTCGGCTATGCAGGCCCTTGTGCAGGCCAGAAACGACGTTAACATT
GCGACAAACATACTTCTTGAATCACAATCGCACTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIRLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSVFILFSIISSLLFEVL
AISLLKDPAENLVTSGPYGLLFASFVPFFFDIPVSTRFRVFGVRFSDKSFIYLAGLQLLLSSWRRSILPGICGILAGSLYRLNVFGIRKAKFPEFISSFFSRLSL
PSAGNPPAAPNRDVRGNMPSFMSRQVERNYPSAPTATEPSEDSIATLVSMGFDRNSAMQALVQARNDVNIATNILLESQSH