CuGenDBv2

Gene ID	Chy9G166580
Organism	Cucumis hystrix (Cucumber (hystrix) v1)
Description	Ycf20-like protein isoform X1
Genome location	chrH09:12175212..12175690
RNA-Seq Expression	Chy9G166580
Synteny	Chy9G166580
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR007572 - Uncharacterised protein family Ycf20

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0055154.1 ycf20-like protein isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]

7.02e-72

86.15

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE
        RFYYSRPK+T     +    + FT+  F +
Subjt:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE

XP_004143642.1 uncharacterized protein ycf20 [Cucumis sativus]

1.36e-71

86.15

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE
        RFYYSRPK+T     +    + FT+  F +
Subjt:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE

XP_008467245.1 PREDICTED: uncharacterized protein ycf20 isoform X1 [Cucumis melo]

2.25e-70

85.38

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MN SYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE
        RFYYSRPK+T     +    + FT+  F +
Subjt:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE

XP_008467247.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103504644 isoform X2 [Cucumis melo]

6.17e-69

99.07

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MN SYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPK
        RFYYSRPK
Subjt:  RFYYSRPK

XP_008467248.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103504644 isoform X3 [Cucumis melo]

4.44e-69

99.07

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MN SYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPK
        RFYYSRPK
Subjt:  RFYYSRPK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KPS1 Uncharacterized protein

2.1e-54

86.15

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE
        RFYYSRPK+T     +    + FT+  F +
Subjt:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE

A0A1S3CT33 uncharacterized protein ycf20 isoform X1

1.8e-53

85.38

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MN SYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE
        RFYYSRPK+T     +    + FT+  F +
Subjt:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE

A0A1S3CTA6 uncharacterized protein LOC103504644 isoform X2

1.5e-52

99.07

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MN SYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPK
        RFYYSRPK
Subjt:  RFYYSRPK

A0A1S3CUD8 uncharacterized protein LOC103504644 isoform X3

1.5e-52

99.07

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MN SYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPK
        RFYYSRPK
Subjt:  RFYYSRPK

A0A5D3BMH1 Ycf20-like protein isoform X1

2.1e-54

86.15

Show/hide

Query:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
        MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT
Subjt:  MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVT

Query:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE
        RFYYSRPK+T     +    + FT+  F +
Subjt:  RFYYSRPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFE

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G43050.1 Protein of unknown function (DUF565)

1.3e-35

69.09

Show/hide

Query:  VKAVQDTGG--PRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVTRFYYSRPKLTARDETILVIA
        ++A+Q+T G  PRRL+DIIR VPE+SRNYF+ PSRR LFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAV+CVLLTEYVTRFYYSR  +T     +    
Subjt:  VKAVQDTGG--PRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVTRFYYSRPKLTARDETILVIA

Query:  IAFTFVKFFE
        + FT+  F +
Subjt:  IAFTFVKFFE

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAATCCTTCATATTGGAGATATGATATGGTTAAATCACGACCTTCCCCTCCTCGTAGCTTTCGTGTCAAAGCTGTGCAAGATACCGGAGGTCCTCGTAGGTTA
GTTGATATCATTAGACTCGTGCCTGAGCTCTCGAGAAATTACTTTCGAAGTCCTTCAAGGAGGGCTCTTTTTGGAGGAATCTCATTGTTGGGTGGCTTTTATGTG
GCACAGACTATCTCATTGTCATTTGGAGCTTTAGGAGTAAATGATGTTATTGCTGCTGTGGTATGCGTTCTCCTTACCGAGTATGTTACTCGATTTTATTACAGT
CGACCAAAGTTAACAGCACGTGATGAAACCATTCTGGTGATAGCTATAGCATTTACATTTGTAAAGTTCTTTGAGCAATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MNPSYWRYDMVKSRPSPPRSFRVKAVQDTGGPRRLVDIIRLVPELSRNYFRSPSRRALFGGISLLGGFYVAQTISLSFGALGVNDVIAAVVCVLLTEYVTRFYYS
RPKLTARDETILVIAIAFTFVKFFEQ

Chy9G166580 (gene) of Cucumber (hystrix) v1 genome