; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

ClCG03G005010 (gene) of Watermelon (Charleston Gray) v2.5 genome

Gene IDClCG03G005010
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
DescriptionLate embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family
Genome locationCG_Chr03:5257690..5260800
RNA-Seq ExpressionClCG03G005010
SyntenyClCG03G005010
Gene Ontology termsGO:0098542 - defense response to other organism (biological process)
GO:0009506 - plasmodesma (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0046658 - anchored component of plasma membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR004864 - Late embryogenesis abundant protein, LEA_2 subgroup
IPR044839 - Protein NDR1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004153455.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Cucumis sativus]3.0e-9085.78Show/hide
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XP_022955056.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Cucurbita moschata]2.0e-8683.67Show/hide
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XP_022994264.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Cucurbita maxima]2.4e-8784.18Show/hide
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XP_038895222.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Benincasa hispida]4.8e-9688.89Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LUA7 LEA_2 domain-containing protein1.5e-9085.78Show/hide
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A0A1S4DSX4 NDR1/HIN1-like protein 127.8e-9288.44Show/hide
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A0A5A7UTL7 NDR1/HIN1-like protein 127.8e-9288.44Show/hide
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A0A6J1GSN4 NDR1/HIN1-like protein 269.8e-8783.67Show/hide
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A0A6J1K2E7 NDR1/HIN1-like protein 261.2e-8784.18Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9FI03 NDR1/HIN1-like protein 265.9e-1228.57Show/hide
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        S ++ A +   ++  R  KL       F  LLLI+    F++WL L P RP F + +  +  L L      L N+ +   + ++N N  +GIYYD +   
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Q9FNH6 NDR1/HIN1-like protein 33.2e-1028.4Show/hide
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        +  +I  I +++ +++GI   I+WL  RP+  +F + D  +T   LD  N L    +  N T RN N  IG+YYD +    YY DQ+ G +  +  +Y+G
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         K T V+   L G+ L  +D     +++ D +++   ++R++    ++ R     I +W  K
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Q9SJ52 NDR1/HIN1-like protein 105.0e-1130.07Show/hide
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        L   + +SL++I+G+   I WL +RP   +F + D S+T       + +    +   V  RN N  IG+YYD +    YY+ ++  ST  L  +Y+G K 
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        T VLT    G+ L +         N     G  V+ +EI   +R R    D K
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Q9SJ54 NDR1/HIN1-like protein 129.4e-1025.52Show/hide
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        IC + +  ++IV I  F++W+ L+P +PRF + D +V    L    L  +     + +RN N  IGIYYD +     Y++Q++     +   Y+G K   
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        V +  + G ++ +     + +  D  N+G V   +     +R+++
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Q9SRN1 NDR1/HIN1-like protein 22.8e-1429.82Show/hide
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        +  LIC I +++ +I+G+   ILWL  RP+  +F++ D ++     D N   +  +  N T RN N  +G+YYD  S S YY DQ+ GS   + S+Y+G 
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        K T V+   + G+ L V          D    G      ++  ++RF+   I +W  K     + + + LG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G61760.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family2.3e-5653.73Show/hide
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        N+GIYYDSM GSVYYK++++GST L + +Y+ PK T  +   LS   + V++ RWME+  DR N+G ++FRL++ S IRF++  W SK H +  +  +++
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Query:  G
        G
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AT2G35980.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family3.5e-1230.07Show/hide
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        L   + +SL++I+G+   I WL +RP   +F + D S+T       + +    +   V  RN N  IG+YYD +    YY+ ++  ST  L  +Y+G K 
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AT3G11650.1 NDR1/HIN1-like 22.0e-1529.82Show/hide
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        K T V+   + G+ L V          D    G      ++  ++RF+   I +W  K     + + + LG
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AT4G01410.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family8.4e-1432.26Show/hide
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        + IC    ++L+I+GII  ILWL  RPH+PR  +   ++  L      L +  + F+V ARN N  + I+YD +S  V YKDQ +     L     G K+
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        T V+  V+ G  + V  +    + ND +  G V+ R+ I   +R++  A  + R+
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AT4G05220.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family5.6e-5856.32Show/hide
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        +P++ +  P  +P KRHHSA YYAHRV+ESL+TR+SK ICA+FL +L  VG+I FILWLSLRPHRPRF I DF V GL    G+ENA+I FNVT  N N 
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        ++G+Y+DSM GS+YYKDQ++G  PLL+ +++ P  T ++T  L+G +L V+  RW E SNDR+ +G V FRL+I STIRF++  W SK H
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTAGTCCCAGCCAGTTGCCGGTGCAGCACACGAACACGCCAGACCAGCGCCCAACCAAGCGCCATCACTCGGCACGATACTACGCGCACCGCGTCAAGGAGAGCCT
CACAACGCGCGTCTCAAAGCTCATATGCGCTATTTTCTTGAGCCTGTTGTTAATTGTAGGCATCATAACGTTTATATTGTGGCTGAGTTTACGGCCACACCGCCCACGAT
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