CuGenDBv2

Gene ID	ClCG03G006010
Organism	Citrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
Description	DNA ligase 1
Genome location	CG_Chr03:6295793..6298112
RNA-Seq Expression	ClCG03G006010
Synteny	ClCG03G006010
Gene Ontology terms	GO:0007131 - reciprocal meiotic recombination (biological process) GO:0099086 - synaptonemal structure (cellular component) GO:0016874 - ligase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004146600.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis sativus]

2.2e-102

96.76

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIPT KTR+RKRVSDTDL SSDQRK+TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

XP_008442500.1 PREDICTED: DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis melo]

1.6e-100

95.83

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIPT KTR+RKRVSDTDL SS+QR RTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

XP_022927498.1 DNA ligase 1 [Cucurbita moschata]

2.5e-98

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP  KTRTRKRVSD+DL SSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFLETGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

XP_023001751.1 DNA ligase 1 [Cucurbita maxima]

1.5e-98

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP  KTRTRKRVSD DL SSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFLETGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

XP_038895277.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Benincasa hispida]

1.4e-101

95.83

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMK PT K R RKRVSDTDL SSDQRKRTNDD+DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIE+VKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKF+ALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLF KYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFLETGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LRW7 Uncharacterized protein

1.1e-102

96.76

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGN+KIPT KTR+RKRVSDTDL SSDQRK+TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

A0A1S3B5C2 DNA ligase 1 isoform X1

7.6e-101

95.83

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIPT KTR+RKRVSDTDL SS+QR RTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

A0A5D3DS94 DNA ligase 1 isoform X1

7.6e-101

95.83

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIPT KTR+RKRVSDTDL SS+QR RTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

A0A6J1EL64 DNA ligase 1

1.2e-98

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP  KTRTRKRVSD+DL SSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFLETGSDEDF ADD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

A0A6J1KJH3 DNA ligase 1

7.1e-99

93.52

Show/hide

Query:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MGNMKIP  KTRTRKRVSD DL SSD+RKRTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDDQKKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLETGSDEDFPADD
        GSFLETGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLETGSDEDFPADD

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G33793.1 unknown protein

3.7e-63

68.68

Show/hide

Query:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA
        +LD+D+S D KGI+SAL Q +E+AH+D +KK EE+ISSV+TE+++ I+E+KSKLEK+RQNF+KALSKSSKECEN LKDE AKF+ L++KF K+KA HLQ 
Subjt:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA

Query:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLET-GSDEDFPADD
        +KDTISKFEE+KERL+ +YEQLRK+E+++I+EQEK C EK+AQLEESLK+KK+ DKTFS+LRKTLGSFLE   SDE+FP D+
Subjt:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLET-GSDEDFPADD

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCATCACAATTCAGCGGGATATTTACAAGTCTTGATAATTCAACATTCCAAACGCTTCGAAACAGAGAACGGTTCTCCATCTTCAATTCTAAAGTTTTCTTCAACCTC
GATCCAGATGGGGAACATGAAAATTCCTACTATTAAAACAAGAACCAGGAAGCGAGTCTCCGACACCGATCTCAAGAGCTCCGATCAAAGGAAGCGGACCAACGATGATA
TCGACCTCGATCTCGACCTTTCCGACGATCTCAAAGGGATAGTGTCGGCGCTGAATCAGATCAAAGAGAGAGCTCATAAGGACGACCAGAAGAAGAATGAGGAGACGATC
TCAAGTGTAGCGACTGAGATGAGAACAATGATTGAGGAGGTGAAATCTAAACTTGAGAAGGACAGGCAAAATTTTGCAAAAGCTCTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGA
AAACTGTTTGAAGGACGAAACTGCTAAATTCCAAGCACTTTACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGCTACACATCTCCAGGCCATAAAAGATACCATTTCCAAATTTGAAG
AGGAGAAAGAAAGACTATTTGCAAAATATGAACAACTGAGAAAAAGAGAAAGGAGCCTGATATCTGAACAAGAGAAAGCTTGTGCTGAAAAGATTGCTCAATTGGAGGAG
TCTTTGAAAAGGAAAAAGCAGGATGATAAGACTTTCAGCCTTTTGCGGAAGACTCTTGGTTCATTTCTAGAAACTGGTTCAGATGAGGACTTCCCAGCTGATGATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MHHNSAGYLQVLIIQHSKRFETENGSPSSILKFSSTSIQMGNMKIPTIKTRTRKRVSDTDLKSSDQRKRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDQKKNEETI
SSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEE
SLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLETGSDEDFPADD

ClCG03G006010 (gene) of Watermelon (Charleston Gray) v2.5 genome