; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

ClCG05G000125 (gene) of Watermelon (Charleston Gray) v2.5 genome

Gene IDClCG05G000125
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
DescriptionReverse transcriptase
Genome locationCG_Chr05:197390..197965
RNA-Seq ExpressionClCG05G000125
SyntenyClCG05G000125
Gene Ontology termsGO:0015074 - DNA integration (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001584 - Integrase, catalytic core
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily
IPR036397 - Ribonuclease H superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0034360.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]7.0e-2545.29Show/hide
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KAA0046544.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]7.0e-2550.31Show/hide
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KAA0053507.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]5.7e-2753.06Show/hide
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TYK01597.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-2445.88Show/hide
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TYK15559.1 reverse transcriptase [Cucumis melo var. makuwa]7.0e-2545.29Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7STR0 Reverse transcriptase3.4e-2545.29Show/hide
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A0A5A7TU11 Reverse transcriptase3.4e-2550.31Show/hide
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A0A5A7UG93 Reverse transcriptase2.8e-2753.06Show/hide
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A0A5D3BQE4 Reverse transcriptase5.8e-2545.88Show/hide
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A0A5D3CZE9 Reverse transcriptase3.4e-2545.29Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q7LHG5 Transposon Ty3-I Gag-Pol polyprotein1.9e-0444.64Show/hide
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Q99315 Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein1.9e-0444.64Show/hide
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        L F++I        +I SDRD R T+  + EL + LG    +SS+ HPQTDGQ+ER
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACGACTCAGTTGTTCTTCAAGCACATTGTGAAACTATGGAGTGTCTCTGTCAGTATCATTAGTGATCGTGATGCAAGATTCACTAGTACATTTTGGACGGAACTATT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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