; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

ClCG05G002905 (gene) of Watermelon (Charleston Gray) v2.5 genome

Gene IDClCG05G002905
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
DescriptionE3 ubiquitin-protein ligase ATL4
Genome locationCG_Chr05:2786510..2788275
RNA-Seq ExpressionClCG05G002905
SyntenyClCG05G002905
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0031625 - ubiquitin protein ligase binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0049111.1 E3 ubiquitin-protein ligase ATL4 [Cucumis melo var. makuwa]2.0e-17094.49Show/hide
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XP_023526337.1 E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-16591.62Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L3Z4 RING-type domain-containing protein4.4e-16391.25Show/hide
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A0A5D3D0U7 E3 ubiquitin-protein ligase ATL49.7e-17194.49Show/hide
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A0A6J1EC06 E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like1.2e-16591.33Show/hide
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A0A6J1IZ16 E3 ubiquitin-protein ligase ATL4-like5.5e-16691.62Show/hide
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Q8GW38 RING-H2 finger protein ATL473.5e-1631.43Show/hide
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Q940Q4 RING-H2 finger protein ATL131.5e-1434.74Show/hide
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Q9FL07 RING-H2 finger protein ATL463.2e-1735.88Show/hide
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Q9LY41 E3 ubiquitin-protein ligase ATL49.7e-7554.85Show/hide
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Query:  EGRRSYSIGSFEYFVEE-DSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSA-----ASIERSLAAEVGS--GRNWLKDYVDRLSNSVSSRALSFRGSGRFFTGSSRR
        E  R+YSIGSF+Y V++ DSE++ +N +R    D     A  +A      S E SLAA++G+   R+WLKDYVDRLS  +SSRA+SFR SGRFFTGSSRR
Subjt:  EGRRSYSIGSFEYFVEE-DSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSA-----ASIERSLAAEVGS--GRNWLKDYVDRLSNSVSSRALSFRGSGRFFTGSSRR

Query:  SEVTIAGEWEQENSRVGEEISELFRWFSGV
        SE       + E +  GEEISELFRW SGV
Subjt:  SEVTIAGEWEQENSRVGEEISELFRWFSGV

Q9ZV53 Putative RING-H2 finger protein ATL493.0e-1529.77Show/hide
Query:  SVIDYVSSSPPLPPATAASHSSSLKNL----SPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTN----
        S  + +SSSPP PP      ++SL NL    +P+IL+I+ IL+   F S +L +++++L          +  S  S       +T  +    +  N    
Subjt:  SVIDYVSSSPPLPPATAASHSSSLKNL----SPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTN----

Query:  --SFSPIESLPLFSFSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFR
            S I++LP+F + S+      +  DC VCL +FE +D+LRLLP C HAFH +C+DTWL S+ +CPLCRS + +  S     S +SY           
Subjt:  --SFSPIESLPLFSFSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFR

Query:  LEIGSISRRQAPSDSGEGRRSYSIGSFEYFVEEDSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSAASIERSLAAEVGSGRNWLKDYV----DRLSNSVSSRALSFR
        LE    SR   P      +  Y        V  DSE     + R+S     D++        E+ +  EV  G+    D+V    D+  NS+S  + +  
Subjt:  LEIGSISRRQAPSDSGEGRRSYSIGSFEYFVEEDSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSAASIERSLAAEVGSGRNWLKDYV----DRLSNSVSSRALSFR

Query:  GSGRFFTGS
        G      GS
Subjt:  GSGRFFTGS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23980.1 RING/U-box superfamily protein2.5e-1731.43Show/hide
Query:  LPPATAASHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQ-----NAVRCTNSFSPIESLPLFSFS
        L  ++++S S     +SP IL I+ +L+   F   IL L++RY  ++    LS+ P  S+ +   S   T   Q     +        + I++LP+F + 
Subjt:  LPPATAASHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQ-----NAVRCTNSFSPIESLPLFSFS

Query:  SVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFA--SESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIGSISRRQAPSD
         +  + +    DCAVCL +F  DD+LRLLP C HAFH  C+DTWL SN +CPLCR  +F+   + +    +   +A +   G         +S  Q P++
Subjt:  SVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFA--SESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIGSISRRQAPSD

Query:  SGEGRRSYSI
        +  G+R +S+
Subjt:  SGEGRRSYSI

AT2G18650.1 RING/U-box superfamily protein2.1e-1629.77Show/hide
Query:  SVIDYVSSSPPLPPATAASHSSSLKNL----SPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTN----
        S  + +SSSPP PP      ++SL NL    +P+IL+I+ IL+   F S +L +++++L          +  S  S       +T  +    +  N    
Subjt:  SVIDYVSSSPPLPPATAASHSSSLKNL----SPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTN----

Query:  --SFSPIESLPLFSFSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFR
            S I++LP+F + S+      +  DC VCL +FE +D+LRLLP C HAFH +C+DTWL S+ +CPLCRS + +  S     S +SY           
Subjt:  --SFSPIESLPLFSFSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFR

Query:  LEIGSISRRQAPSDSGEGRRSYSIGSFEYFVEEDSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSAASIERSLAAEVGSGRNWLKDYV----DRLSNSVSSRALSFR
        LE    SR   P      +  Y        V  DSE     + R+S     D++        E+ +  EV  G+    D+V    D+  NS+S  + +  
Subjt:  LEIGSISRRQAPSDSGEGRRSYSIGSFEYFVEEDSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSAASIERSLAAEVGSGRNWLKDYV----DRLSNSVSSRALSFR

Query:  GSGRFFTGS
        G      GS
Subjt:  GSGRFFTGS

AT3G60220.1 TOXICOS EN LEVADURA 46.9e-7654.85Show/hide
Query:  SHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSS---------SVSSRRITPAEQNAVRCTNSFSPIESLPLFSFSSVT
        SHSSSL +L PS+L+I+ IL  T   SV +C +LR LN RC  R S +P SSSSS           S  R++P        T   S ++SLP+F FSSVT
Subjt:  SHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSS---------SVSSRRITPAEQNAVRCTNSFSPIESLPLFSFSSVT

Query:  RRSSTA-AADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIGSIS-RRQAP-SDSG
        RRSS+  + DCAVCLSKFE +DQLRLLPLCCHAFHA C+D WL SNQ+CPLCRS +FASESD+MK+     +  G   +SFRLEIGSIS RRQ P  +S 
Subjt:  RRSSTA-AADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIGSIS-RRQAP-SDSG

Query:  EGRRSYSIGSFEYFVEE-DSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSA-----ASIERSLAAEVGS--GRNWLKDYVDRLSNSVSSRALSFRGSGRFFTGSSRR
        E  R+YSIGSF+Y V++ DSE++ +N +R    D     A  +A      S E SLAA++G+   R+WLKDYVDRLS  +SSRA+SFR SGRFFTGSSRR
Subjt:  EGRRSYSIGSFEYFVEE-DSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSA-----ASIERSLAAEVGS--GRNWLKDYVDRLSNSVSSRALSFRGSGRFFTGSSRR

Query:  SEVTIAGEWEQENSRVGEEISELFRWFSGV
        SE       + E +  GEEISELFRW SGV
Subjt:  SEVTIAGEWEQENSRVGEEISELFRWFSGV

AT4G30400.1 RING/U-box superfamily protein1.0e-1534.74Show/hide
Query:  SSSPPLPPATAASHSSSLKN--LSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTNSFSPIESLPLFS
        SS P  PP +  S ++   N  +SPSIL+I+ IL+   F S +L L++R+L             + ++     +++     + V    SF  I++LP+F 
Subjt:  SSSPPLPPATAASHSSSLKN--LSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTNSFSPIESLPLFS

Query:  FSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIG
        + S+    +    DCAVCL +FE +D+LRLLP C HAFH  C+DTWL S+ +CPLCRS++ +  S       +       A D    EIG
Subjt:  FSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIG

AT5G40250.1 RING/U-box superfamily protein2.2e-1835.88Show/hide
Query:  SPPLPPATAASHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYL----NRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTNSFSPIESLPLFS
        SPP PP       SS   +SP++L ++ ILA   F S +L L++R+L    +     R +  P  S+S ++  +       N      +F  I++LP+F 
Subjt:  SPPLPPATAASHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYL----NRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTNSFSPIESLPLFS

Query:  FSSVTRRSSTAAA--------DCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFA
        +  +   +             DCAVCL +F   D+LRLLP+C HAFH  C+DTWLQSN +CPLCR  +F+
Subjt:  FSSVTRRSSTAAA--------DCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTTCTCCGCCGCCGCCGCCATTGCCGGACGATTTCGGAGGCTCTGTCATTGACTACGTTTCGTCCTCTCCTCCTCTTCCTCCGGCGACGGCTGCGAGTCACTCTTC
TTCGCTGAAGAATCTGAGTCCGAGCATCTTGATCATTCTTACGATTCTTGCTTTTACCGCTTTTGCTTCGGTGATTCTCTGCCTTGTTCTCCGTTACCTTAACCGGCGGT
GTCTTCTTCGACTCTCCGCGGTGCCTGGATCGTCTTCGTCGTCTTCTGTTTCTAGTCGCCGCATCACTCCGGCAGAGCAAAATGCGGTTCGATGTACTAATTCTTTTTCT
CCAATCGAATCGCTTCCTCTGTTCTCTTTCTCCTCCGTCACGCGCCGTTCTTCCACTGCCGCAGCCGATTGCGCTGTTTGTTTGTCGAAATTTGAGGCGGATGATCAGCT
TCGTCTTCTTCCGCTCTGTTGCCATGCCTTTCACGCTCAATGCGTCGATACTTGGCTTCAATCGAACCAGAGTTGTCCGCTTTGCCGCTCCGCCATATTCGCCTCCGAAT
CTGATGTAATGAAGGCATCTATGGCTTCCTACGCCGCCGAAGGTCGTGCCGGAGACAGTTTTAGGCTCGAGATTGGCAGTATTAGCCGCAGGCAGGCCCCTTCCGATTCT
GGCGAAGGAAGGAGATCGTATTCAATAGGATCGTTCGAGTATTTCGTGGAAGAAGATTCTGAAGTAAACTTCACTAATGCTCACCGGAGGAGCGTCTCCGATAAGGAAGA
CATTGAAGCTCCTGTATCGGCGGCATCTATAGAACGAAGCTTAGCGGCCGAAGTCGGCTCCGGAAGGAATTGGCTGAAAGACTACGTCGACAGGCTCTCCAATTCCGTCT
CATCTCGTGCACTGTCTTTTCGAGGCTCCGGCAGGTTCTTCACCGGAAGTAGTCGACGGAGTGAGGTTACCATCGCCGGAGAATGGGAACAAGAGAACAGCCGCGTCGGC
GAGGAAATAAGCGAGTTATTCCGATGGTTTTCAGGGGTGCCTCTTGAGCTTTCTGAGATTCCTGCTACTTCTAAGAGGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTTCTCCGCCGCCGCCGCCATTGCCGGACGATTTCGGAGGCTCTGTCATTGACTACGTTTCGTCCTCTCCTCCTCTTCCTCCGGCGACGGCTGCGAGTCACTCTTC
TTCGCTGAAGAATCTGAGTCCGAGCATCTTGATCATTCTTACGATTCTTGCTTTTACCGCTTTTGCTTCGGTGATTCTCTGCCTTGTTCTCCGTTACCTTAACCGGCGGT
GTCTTCTTCGACTCTCCGCGGTGCCTGGATCGTCTTCGTCGTCTTCTGTTTCTAGTCGCCGCATCACTCCGGCAGAGCAAAATGCGGTTCGATGTACTAATTCTTTTTCT
CCAATCGAATCGCTTCCTCTGTTCTCTTTCTCCTCCGTCACGCGCCGTTCTTCCACTGCCGCAGCCGATTGCGCTGTTTGTTTGTCGAAATTTGAGGCGGATGATCAGCT
TCGTCTTCTTCCGCTCTGTTGCCATGCCTTTCACGCTCAATGCGTCGATACTTGGCTTCAATCGAACCAGAGTTGTCCGCTTTGCCGCTCCGCCATATTCGCCTCCGAAT
CTGATGTAATGAAGGCATCTATGGCTTCCTACGCCGCCGAAGGTCGTGCCGGAGACAGTTTTAGGCTCGAGATTGGCAGTATTAGCCGCAGGCAGGCCCCTTCCGATTCT
GGCGAAGGAAGGAGATCGTATTCAATAGGATCGTTCGAGTATTTCGTGGAAGAAGATTCTGAAGTAAACTTCACTAATGCTCACCGGAGGAGCGTCTCCGATAAGGAAGA
CATTGAAGCTCCTGTATCGGCGGCATCTATAGAACGAAGCTTAGCGGCCGAAGTCGGCTCCGGAAGGAATTGGCTGAAAGACTACGTCGACAGGCTCTCCAATTCCGTCT
CATCTCGTGCACTGTCTTTTCGAGGCTCCGGCAGGTTCTTCACCGGAAGTAGTCGACGGAGTGAGGTTACCATCGCCGGAGAATGGGAACAAGAGAACAGCCGCGTCGGC
GAGGAAATAAGCGAGTTATTCCGATGGTTTTCAGGGGTGCCTCTTGAGCTTTCTGAGATTCCTGCTACTTCTAAGAGGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MASPPPPPLPDDFGGSVIDYVSSSPPLPPATAASHSSSLKNLSPSILIILTILAFTAFASVILCLVLRYLNRRCLLRLSAVPGSSSSSSVSSRRITPAEQNAVRCTNSFS
PIESLPLFSFSSVTRRSSTAAADCAVCLSKFEADDQLRLLPLCCHAFHAQCVDTWLQSNQSCPLCRSAIFASESDVMKASMASYAAEGRAGDSFRLEIGSISRRQAPSDS
GEGRRSYSIGSFEYFVEEDSEVNFTNAHRRSVSDKEDIEAPVSAASIERSLAAEVGSGRNWLKDYVDRLSNSVSSRALSFRGSGRFFTGSSRRSEVTIAGEWEQENSRVG
EEISELFRWFSGVPLELSEIPATSKR