; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

ClCG05G021580 (gene) of Watermelon (Charleston Gray) v2.5 genome

Gene IDClCG05G021580
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase I subunit like
Genome locationCG_Chr05:33666045..33682843
RNA-Seq ExpressionClCG05G021580
SyntenyClCG05G021580
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0034669.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold65G006880 [Cucumis melo var. makuwa]2.3e-4881.54Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+QLKISPSL  L +ISSPSSL LP+YKFPLH++FF  +  ISSNRRRFTA ASNKN E  G+IKEREGERNGA  SSNGGDDL+KERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

XP_008446780.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103489407 [Cucumis melo]2.3e-4881.54Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+QLKISPSL  L +ISSPSSL LP+YKFPLH++FF  +  ISSNRRRFTA ASNKN E  G+IKEREGERNGA  SSNGGDDL+KERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

XP_011655841.1 uncharacterized protein LOC105435592 [Cucumis sativus]9.5e-4778.46Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+QLK+SPS    ++ISSPSSL  P+YKFP+H++F+  Q  ISS+ RRFTAFASNKN E  G+IKEREGERNGANGSSNGGDDL+KERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

XP_023549272.1 uncharacterized protein LOC111807677 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-4175.94Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLS---AISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGP
        MLGF +IPYQ KISPSL   S   ++S+ SSLS P++KFPLHYS    +SQI   R+RFTA ASN +N L GNIKEREGERNGA G SNGGDDLRKERGP
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLS---AISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGP

Query:  VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

XP_038891869.1 uncharacterized protein LOC120081233 [Benincasa hispida]7.1e-5067.57Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+Q +I PSL FLSAISSPSS SLP+ KFPLHYS+   QSQISSN RRFTAFASNKNNEL GNIKEREGE NG  GSSNGGDDLRKERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQRQRGAKLVPRKELSIFRN-LSVLAVAVSL---RLSGYLIAKLSELRRCLLRILMI
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ       V  K+  I  + L ++ VA+ +   R   + I KL   R+    IL I
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQRQRGAKLVPRKELSIFRN-LSVLAVAVSL---RLSGYLIAKLSELRRCLLRILMI

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KRG8 Uncharacterized protein4.6e-4778.46Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+QLK+SPS    ++ISSPSSL  P+YKFP+H++F+  Q  ISS+ RRFTAFASNKN E  G+IKEREGERNGANGSSNGGDDL+KERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

A0A1S3BFX0 uncharacterized protein LOC1034894071.1e-4881.54Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+QLKISPSL  L +ISSPSSL LP+YKFPLH++FF  +  ISSNRRRFTA ASNKN E  G+IKEREGERNGA  SSNGGDDL+KERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

A0A5D3CD16 Uncharacterized protein1.1e-4881.54Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN
        MLGF +IP+QLKISPSL  L +ISSPSSL LP+YKFPLH++FF  +  ISSNRRRFTA ASNKN E  G+IKEREGERNGA  SSNGGDDL+KERGPVFN
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFN

Query:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  IKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

A0A6J1GYA2 uncharacterized protein LOC1114585791.9e-4074.44Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLS---AISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGP
        MLGF +IPYQ KISPSLP  S   ++S+ SSLS  ++KFPLHYS    +SQI   R+RFTA ASN +N L GNIKEREGERNGA G S G DDLRKERGP
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLS---AISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGP

Query:  VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

A0A6J1JWP5 uncharacterized protein LOC1114895289.3e-4073.68Show/hide
Query:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSA---ISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGP
        MLGF +IPYQ KISPSL   S+   +S+ S LS P++KFPLHYS    +SQIS  R+RF A ASN +N L GNIKEREGERNGA G S G DDLRKERGP
Subjt:  MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSA---ISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGP

Query:  VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
Subjt:  VFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G40045.1 unknown protein7.4e-0539.13Show/hide
Query:  KNNELDGNIKEREGERNGANGSSN-GGDDLRKERGPVFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ
        + N  +GN   +E    G    +N  G+  +K++   F+ KW ELL +PD DN +AV L G+L WAS+Q
Subjt:  KNNELDGNIKEREGERNGANGSSN-GGDDLRKERGPVFNIKWAELLIDPDPDNILAVALTGLLAWASVQ


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTAGGGTTTTTTTCTATTCCATATCAATTGAAGATTTCCCCATCTCTCCCATTTCTCTCTGCAATCTCTTCACCTTCTTCCCTCTCCCTTCCAGTCTACAAATTCCC
TCTTCATTACTCATTTTTTAGGTGGCAATCTCAAATTTCCAGTAACCGCAGAAGATTCACAGCGTTTGCGAGCAACAAGAACAACGAATTGGACGGAAATATCAAGGAAA
GAGAAGGAGAAAGAAATGGAGCGAATGGCTCCTCCAATGGCGGCGATGACTTGAGGAAAGAACGAGGACCGGTTTTCAATATCAAATGGGCTGAACTTTTGATCGATCCG
GATCCTGACAACATTCTGGCCGTTGCATTGACTGGTTTGCTTGCTTGGGCAAGTGTTCAGAGACAAAGAGGCGCGAAACTCGTCCCTCGAAAAGAGCTCTCCATATTTAG
AAACTTATCGGTACTCGCCGTCGCAGTTTCTCTCCGTCTCTCTGGATATCTCATCGCCAAACTCTCGGAGCTTCGTCGATGTCTACTTCGGATTCTTATGATTCAAGGTG
GATCATTCACAGGTTTGCGAGCCTTTTTGCAATTTGGTTCTGATGTTGGTGATGAGTATGCCAGTGATATGATTTGTGGTAAATCTAGCTTGCCAAATGCTTCTGGAGAC
GATCTCTTGCTTGCATGTAGTCAACCTTTCACCGAGTCACGATCTGATACAAGATTGTCATCTGGGATGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTTAGGGTTTTTTTCTATTCCATATCAATTGAAGATTTCCCCATCTCTCCCATTTCTCTCTGCAATCTCTTCACCTTCTTCCCTCTCCCTTCCAGTCTACAAATTCCC
TCTTCATTACTCATTTTTTAGGTGGCAATCTCAAATTTCCAGTAACCGCAGAAGATTCACAGCGTTTGCGAGCAACAAGAACAACGAATTGGACGGAAATATCAAGGAAA
GAGAAGGAGAAAGAAATGGAGCGAATGGCTCCTCCAATGGCGGCGATGACTTGAGGAAAGAACGAGGACCGGTTTTCAATATCAAATGGGCTGAACTTTTGATCGATCCG
GATCCTGACAACATTCTGGCCGTTGCATTGACTGGTTTGCTTGCTTGGGCAAGTGTTCAGAGACAAAGAGGCGCGAAACTCGTCCCTCGAAAAGAGCTCTCCATATTTAG
AAACTTATCGGTACTCGCCGTCGCAGTTTCTCTCCGTCTCTCTGGATATCTCATCGCCAAACTCTCGGAGCTTCGTCGATGTCTACTTCGGATTCTTATGATTCAAGGTG
GATCATTCACAGGTTTGCGAGCCTTTTTGCAATTTGGTTCTGATGTTGGTGATGAGTATGCCAGTGATATGATTTGTGGTAAATCTAGCTTGCCAAATGCTTCTGGAGAC
GATCTCTTGCTTGCATGTAGTCAACCTTTCACCGAGTCACGATCTGATACAAGATTGTCATCTGGGATGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLGFFSIPYQLKISPSLPFLSAISSPSSLSLPVYKFPLHYSFFRWQSQISSNRRRFTAFASNKNNELDGNIKEREGERNGANGSSNGGDDLRKERGPVFNIKWAELLIDP
DPDNILAVALTGLLAWASVQRQRGAKLVPRKELSIFRNLSVLAVAVSLRLSGYLIAKLSELRRCLLRILMIQGGSFTGLRAFLQFGSDVGDEYASDMICGKSSLPNASGD
DLLLACSQPFTESRSDTRLSSGM