; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

ClCG09G020100 (gene) of Watermelon (Charleston Gray) v2.5 genome

Gene IDClCG09G020100
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. Charleston Gray (Watermelon (Charleston Gray) v2.5)
Description40S ribosomal protein S15a
Genome locationCG_Chr09:37140502..37142131
RNA-Seq ExpressionClCG09G020100
SyntenyClCG09G020100
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR000630 - Ribosomal protein S8
IPR035987 - Ribosomal protein S8 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAF5467254.1 hypothetical protein F2P56_017099, partial [Juglans regia]2.9e-6785Show/hide
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KAF8700839.1 hypothetical protein HU200_034203 [Digitaria exilis]2.2e-6794.89Show/hide
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KHN33076.1 40S ribosomal protein S15a-1 [Glycine soja]2.9e-6795.62Show/hide
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PQQ18479.1 40S ribosomal protein S15a-1 [Prunus yedoensis var. nudiflora]2.9e-6789.33Show/hide
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XP_037497885.1 40S ribosomal protein S15a-1 isoform X1 [Jatropha curcas]3.4e-6893.62Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KZP3 Uncharacterized protein7.2e-8087.36Show/hide
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A0A287M3I7 30S ribosomal protein S8, chloroplastic1.4e-6790.41Show/hide
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A0A287M3J9 30S ribosomal protein S8, chloroplastic1.4e-6790.41Show/hide
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A0A314ZGL2 40S ribosomal protein S15a-11.4e-6789.33Show/hide
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A0A4D6KTT0 Small subunit ribosomal protein S15Ae1.8e-6783.33Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O80646 40S ribosomal protein S15a-31.6e-6390Show/hide
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P42798 40S ribosomal protein S15a-17.2e-6996.92Show/hide
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Q00332 40S ribosomal protein S15a2.1e-6896.15Show/hide
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Q9AT34 40S ribosomal protein S15a1.8e-6795.38Show/hide
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Q9LX88 40S ribosomal protein S15a-49.4e-6996.92Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G07770.1 ribosomal protein S15A5.1e-7096.92Show/hide
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AT1G07770.2 ribosomal protein S15A5.1e-7096.92Show/hide
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AT2G39590.1 Ribosomal protein S8 family protein1.4e-6486.03Show/hide
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AT3G46040.1 ribosomal protein S15A D6.7e-7096.92Show/hide
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AT5G59850.1 Ribosomal protein S8 family protein5.1e-7096.92Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTGGGCCGAACTCCGAAGCCCTATAATTCGAACCGAGCCCTATTTTAAACACAATATAAATATATTAGGTTTCAACTCCACTCCTCTCTCTTTTCTCTCAGCC
GTTAAAGAAGAAGCCCTAGTCCCCATCCGGAGTCGGCAACTTTCGTCTTCTGGCCTTCTTTCTCTCTCGGTAACAATGGTGCGTGTGAGTGTTCTGAATGATGCT
CTTAAAAGCATGTATAATGCTGAGAAACGGGGGAAGCGTCAGGTCATGATAAGACCGTCTTCTAAAGTTATTATCAAGTTTCTTCTTGTTATGCAGAAGCACGGA
TACATTGGGGAATTTGAGTTCGTTGATGATCATAGATCAGGGAAAATCGTTGTTGAACTGAACGGGAGACTCAACAAATGTGGTGTCATAAGTCCCCGTTTCGAT
GTCGGTGTCAAGGAGATTGAAGGTTGGACTGCTAGGTTGCTACCCTCTAGACAGTTTGGATTCATTGTCTTGACAACATCTGCGGGAATCATGGATCACGAAGAG
GCCAGAAGAAAGAATGTTGGTGGTAAAGTGCTTGGTTTCTTTTACTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTGGGCCGAACTCCGAAGCCCTATAATTCGAACCGAGCCCTATTTTAAACACAATATAAATATATTAGGTTTCAACTCCACTCCTCTCTCTTTTCTCTCAGCC
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AATGGGAAGCAGTAGAGAGTCCTGTTTTGTTTTTAGTTGCTGTTTTGGTTGGTGGGAGAGGATACAGGATTTGACCTGCATTCTTTTTGAAGACGTTGATATTGT
TTAATGAGCCCTTTTTTCTTAATCTATGAGTTTTATTTGTTCGCCATACTGAAACTGAAATTGTTGTAGTTATCAAGCTTCAGAATTGATTGCAATTTTCTCAGA
CTGCAATGATCTGCCCACACCCACCAGTTCGTCTGTTCTATAGCTTGTTTATGTATGATTTCTTCTGCAACTTTTGATTATTTTTTGGACTGTTCTATTTGATAA
TTAAACCCTTTGGAGAAATCTAATAATTAATTCTAGAAGTGAAAAGAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MWAELRSPIIRTEPYFKHNINILGFNSTPLSFLSAVKEEALVPIRSRQLSSSGLLSLSVTMVRVSVLNDALKSMYNAEKRGKRQVMIRPSSKVIIKFLLVMQKHG
YIGEFEFVDDHRSGKIVVELNGRLNKCGVISPRFDVGVKEIEGWTARLLPSRQFGFIVLTTSAGIMDHEEARRKNVGGKVLGFFY