; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cla97C10G190020 (gene) of Watermelon (97103) v2.5 genome

Gene IDCla97C10G190020
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. 97103 (Watermelon (97103) v2.5)
Description50S ribosomal protein L2, chloroplastic
Genome locationCla97Chr10:6598149..6599355
RNA-Seq ExpressionCla97C10G190020
SyntenyCla97C10G190020
Gene Ontology termsGO:0002181 - cytoplasmic translation (biological process)
GO:0009507 - chloroplast (cellular component)
GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
GO:0016740 - transferase activity (molecular function)
GO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR002171 - Ribosomal protein L2
IPR008991 - Translation protein SH3-like domain superfamily
IPR014722 - Ribosomal protein L2, domain 2
IPR022669 - Ribosomal protein L2, C-terminal


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
CAB4299879.1 unnamed protein product [Prunus armeniaca]3.0e-6192.14Show/hide
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KAF8376870.1 hypothetical protein HHK36_031479 [Tetracentron sinense]6.1e-6279.31Show/hide
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RVW36222.1 50S ribosomal protein L2, chloroplastic [Vitis vinifera]3.0e-6192.14Show/hide
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RZC94217.1 hypothetical protein C5167_021468 [Papaver somniferum]4.5e-6579.89Show/hide
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TQD73878.1 hypothetical protein C1H46_040580 [Malus baccata]3.0e-6192.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A438GGK8 50S ribosomal protein L2, chloroplastic1.5e-6192.14Show/hide
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A0A4Y1RFG4 Ribosomal_L2_C domain-containing protein1.5e-6192.14Show/hide
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A0A4Y1RG22 PREDICTED: ribosomal L21.5e-6192.14Show/hide
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A0A5H2XTF6 Ribosomal_L2_C domain-containing protein (Fragment)1.5e-6192.14Show/hide
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A0A6J5WEB6 Ribosomal_L2_C domain-containing protein1.5e-6192.14Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0A398 50S ribosomal protein L2-B, chloroplastic3.1e-4068.57Show/hide
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A4GGF8 50S ribosomal protein L2, chloroplastic1.2e-3968.57Show/hide
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A6MMG4 50S ribosomal protein L2-A, chloroplastic1.5e-3967.86Show/hide
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P18663 50S ribosomal protein L2-A, chloroplastic1.2e-3968.57Show/hide
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Q8LVH2 50S ribosomal protein L2, chloroplastic1.2e-3968.57Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G44065.1 Ribosomal protein L2 family9.2e-0843.75Show/hide
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AT2G44065.2 Ribosomal protein L2 family9.2e-0843.75Show/hide
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AT3G51190.1 Ribosomal protein L2 family3.3e-0526.62Show/hide
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        K+ ++   G   G  +  G +  + +GN LPL +I                                  P G  I N+E+ +G  G LARA+G  A +IA
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           +S T  +KLPSG  +++   C A + Q+   G   K
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ATCG00830.1 ribosomal protein L24.1e-4067.14Show/hide
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ATCG01310.1 ribosomal protein L24.1e-4067.14Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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