; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cla97C10G194600 (gene) of Watermelon (97103) v2.5 genome

Gene IDCla97C10G194600
OrganismCitrullus lanatus subsp. vulgaris cv. 97103 (Watermelon (97103) v2.5)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationCla97Chr10:24026597..24027394
RNA-Seq ExpressionCla97C10G194600
SyntenyCla97C10G194600
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_038903667.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]8.6e-15099.25Show/hide
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14897.74Show/hide
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A0A6J1GAK0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.6e-14897.36Show/hide
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A0A6J1J722 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.3e-14796.98Show/hide
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14897.36Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic9.9e-13387.64Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.0e-13388.8Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.3e-13288.3Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic6.4e-13287.07Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic1.1e-13186.57Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.7e-12784.27Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.7e-12784.27Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV+MR++  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.3e-12784.27Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV+MR++  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B25.7e-12885.02Show/hide
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        + MALSS  F GKAV   A   L S     GRV+MR++  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B18.0e-13084.96Show/hide
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        + MALSS   TGKAV L   +  +S V   GR++MR++ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKAVPLNAPTELSSLVRSNGRVSMRRSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGCTGTTCCTTTGAATGCACCGACCGAGCTCTCATCCTTGGTTCGCAGCAATGGTAGAGTCTCAATGAGAAG
ATCTGGAAAGCCAGCGGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCGGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCATTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCACAGGAGAATTCC
CTGGTGATTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCTGCCGATCCTGAGACCTTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAGATCTTCAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTATACATGCACAGAGTATTTTGGCCATTTGGGCATCTCAAGTAGTGCTAATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGTATTGCTGGAGGACCACTCGGAGAAA
TTACCGATCCCATCTACCCAGGCGGTAGCTTTGATCCCCTCGGACTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAGCTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGCCGTCTTGCA
ATGTTTTCCATGTTCGGGTTTTTTGTACAAGCCATTGTAACAGGAAAGGGTCCTTTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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ATGTTTTCCATGTTCGGGTTTTTTGTACAAGCCATTGTAACAGGAAAGGGTCCTTTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK