CuGenDBv2

Gene ID	Clc01G05150
Organism	Citrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Description	U6 snRNA phosphodiesterase
Genome location	ClcChr01:4784575..4784946
RNA-Seq Expression	Clc01G05150
Synteny	Clc01G05150
Gene Ontology terms	GO:0016070 - RNA metabolic process (biological process) GO:0000175 - 3'-5'-exoribonuclease activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0055091.1 U6 snRNA phosphodiesterase [Cucumis melo var. makuwa]

3.3e-27

63.64

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEEVDTVSPS    S STSTPQ FDE VS LPLPPPPLSLL+FPNS+C                              VLD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALH+YIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

XP_004143673.1 U6 snRNA phosphodiesterase [Cucumis sativus]

4.7e-26

61.16

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEEVDTVSP     S STS PQ  DE V+FLPLPPPPLSLL+FPNS+C                              VLD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALH+YIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

XP_008467330.1 PREDICTED: U6 snRNA phosphodiesterase [Cucumis melo]

3.3e-27

63.64

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEEVDTVSPS    S STSTPQ FDE VS LPLPPPPLSLL+FPNS+C                              VLD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALH+YIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

XP_038875354.1 U6 snRNA phosphodiesterase isoform X1 [Benincasa hispida]

6.1e-26

61.98

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEE DTVSPS  S STS STPQ  DE VSFLPLPPP  SLLHFPNS+                              ++LD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALHLYIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

XP_038875355.1 U6 snRNA phosphodiesterase isoform X2 [Benincasa hispida]

6.1e-26

61.98

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEE DTVSPS  S STS STPQ  DE VSFLPLPPP  SLLHFPNS+                              ++LD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALHLYIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KPH5 U6 snRNA phosphodiesterase

2.3e-26

61.16

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEEVDTVSP     S STS PQ  DE V+FLPLPPPPLSLL+FPNS+C                              VLD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALH+YIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

A0A1S3CTB0 U6 snRNA phosphodiesterase

1.6e-27

63.64

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEEVDTVSPS    S STSTPQ FDE VS LPLPPPPLSLL+FPNS+C                              VLD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALH+YIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

A0A5A7UND6 U6 snRNA phosphodiesterase

1.6e-27

63.64

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        MDALR SYGGSSSDEEVDTVSPS    S STSTPQ FDE VS LPLPPPPLSLL+FPNS+C                              VLD+LPIDQ
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
         TRVRSFPHVQGNYALH+YIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

A0A6J1EQH7 U6 snRNA phosphodiesterase

3.4e-22

57.02

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        M+AL  SYGGSSSDE+VDTVSPS  S S S S PQ  DE  SFLPLPPPPLSLL FPNS+                              + LD+LPI Q
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
          RVRSFPHVQGNYALHLYIP
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

A0A6J1HYN3 U6 snRNA phosphodiesterase

1.7e-21

54.4

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTST----PQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDEL
        M+AL  SYGGSSSDE+ DTVSPSS S S S S     PQ  DE  SFLPLPPPPLSLL FPNS+                              + LD+L
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTST----PQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDEL

Query:  PIDQVTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
        PI Q  RVRSFPHVQGNYA+HLYIP
Subjt:  PIDQVTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G51170.1 unknown protein

4.3e-09

35.54

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        M+ALR SYG SSSD + D +SP+S  T+ S             + LPPPPL+LL                               +I     LD    + 
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
          RVR+FPHV GNYALH+Y+P
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

AT5G51170.2 unknown protein

4.3e-09

35.54

Show/hide

Query:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ
        M+ALR SYG SSSD + D +SP+S  T+ S             + LPPPPL+LL                               +I     LD    + 
Subjt:  MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQ

Query:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP
          RVR+FPHV GNYALH+Y+P
Subjt:  VTRVRSFPHVQGNYALHLYIP

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGATGCTCTGAGGGTTTCGTATGGAGGAAGCTCATCAGATGAAGAAGTGGATACAGTCTCCCCTTCATCAGGATCAACGTCAACATCAACATCAACACCACAACCCTT
CGATGAGATTGTGAGCTTTTTACCTCTGCCTCCACCACCTCTCTCACTTCTCCATTTTCCAAATTCCTCCTGTAGTGCCCTTTTTCCTCCTTACATTTGCATTCTTTATT
TTTTTCTCTTTGTAACATTGCTCATCAACTCTTTCACTATTTCTTGTTTAGCTGTTTTGGATGAGTTGCCAATTGATCAAGTGACTAGGGTTCGAAGCTTTCCTCATGTT
CAAGGAAACTATGCCCTACACCTTTACATCCCAGGTATGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDALRVSYGGSSSDEEVDTVSPSSGSTSTSTSTPQPFDEIVSFLPLPPPPLSLLHFPNSSCSALFPPYICILYFFLFVTLLINSFTISCLAVLDELPIDQVTRVRSFPHV
QGNYALHLYIPGM

Clc01G05150 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome