; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc01G10860 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc01G10860
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionheterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1
Genome locationClcChr01:15695496..15700122
RNA-Seq ExpressionClc01G10860
SyntenyClc01G10860
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034131 - DAZ-associated protein 1, RNA recognition motif 2
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0035665.1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1 [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-25591.58Show/hide
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A0A1S3CK54 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 19.4e-25691.58Show/hide
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A0A5D3E516 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 19.4e-25691.58Show/hide
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A0A6J1CL94 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 13.2e-25691.38Show/hide
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        KRAVPKESSPVPNRNQLGGYPY FGRVGSYLN YNQGYNP SVGGYGLRSDGRFSP++VGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGL+PNYG GPN +SNLSYGRV
Subjt:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRV

Query:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQFNTANLDFG
        MSPSYG NLNRYGSPNPM+YGGGSGGNGS LSSSVQNLWGNVGNSAG NSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGS FNTANLDFG
Subjt:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQFNTANLDFG

Query:  SGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRG
        +GDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGN+FYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRN+AGYTVGYGVSNRQSNRG
Subjt:  SGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRG

A0A6J1EKS0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1-like isoform X15.9e-25089.38Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK
        MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRT                        VEAK
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK

Query:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
        KAVPRDDQN+LSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFK YFDQFGTI DVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
Subjt:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV

Query:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRV
        KRAVPKESSPVPNR+QLG YPY FGRVGSYLN YNQGYNPTSVG YGLRSD RFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTG NV SNLSYGRV
Subjt:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRV

Query:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQFNTANLDFG
        MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGG+GGNGS LSSSVQNLWGNVGNS GTNSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLN IGGLWGASASL HGE++GS FN  NLDF 
Subjt:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQFNTANLDFG

Query:  SGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRG
        SGD S TSGTTVGYARS+GTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGN+FYGHSSWQ LPTELEDSSS+GFGLGNAASDVISRNN GYTVGYGVSNRQSNRG
Subjt:  SGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8W034 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 11.1e-5635.86Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKK
        D GKLF+GGISW+TDED+LRE+F ++GEV + ++MRD+ TGR RGFGFV+F+DP V  RV+ EKH ID R                        +V+ K+
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKK

Query:  AVPRDDQNILSR----NNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKM
        A+ R++Q +  R    N +   G     +TKKIFVGGL  T+T+ +F++YF+ +G + DV +MYD  T RPRGFGF++++SE++V+ VL+KTFH+L+GK 
Subjt:  AVPRDDQNILSR----NNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKM

Query:  VEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRF-SPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLS
        VEVKRA+PK+++P      +GG     G  G Y     QGY        G     RF    +VG G  S  S GYG G          YG G N +   +
Subjt:  VEVKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRF-SPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLS

Query:  YGRVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGS---GGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTG----------------TNSLNSIGGLWG
        YG      Y G+   YG+     YG  +    G GS+   + +N W    +S   N  +     GSG  H+G                +N     GG  G
Subjt:  YGRVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGS---GGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNSSHLRTFPGSGGVHTG----------------TNSLNSIGGLWG

Query:  ASASLGH--------GENAGSQFNTAN----LDFGSGDASFTSGTTVGY
        + +  G+        G  +G   N       +  G GD S+ S  + GY
Subjt:  ASASLGH--------GENAGSQFNTAN----LDFGSGDASFTSGTTVGY

Q920Q6 RNA-binding protein Musashi homolog 22.5e-4336.27Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLE-KHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK
        DPGK+FIGG+SW T  D LR+YF  FGE+ E M+MRD TT R+RGFGFV FADP    +V+ +  H +D +T                        ++ K
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLE-KHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK

Query:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
         A PR  Q  +             TRTKKIFVGGL++     D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+E+E+ VEKV    FHE+N KMVE 
Subjt:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV

Query:  KRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPYS-------FGRVG--SYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPN
        K+A PKE   P   R +  G PY+        G +G  +++  Y +GY P     YG +  G F     G    + ++   G  LN       +Y   PN
Subjt:  KRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPYS-------FGRVG--SYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPN

Query:  VSSNLSYGRVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNS--SHLRTFPGSGGVH
              +G   SP+ G N  R G           G  G+N    V +L+G     +G  +  S     PGSG  H
Subjt:  VSSNLSYGRVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVGNSAGTNS--SHLRTFPGSGGVH

Q96DH6 RNA-binding protein Musashi homolog 23.4e-4537.46Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLE-KHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK
        DPGK+FIGG+SW T  D LR+YF  FGE+ E M+MRD TT R+RGFGFV FADP    +V+ +  H +D +T                        ++ K
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLE-KHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK

Query:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
         A PR  Q  +             TRTKKIFVGGL++     D K+YF+QFG + D ++M+D  T R RGFGF+T+E+E+ VEKV    FHE+N KMVE 
Subjt:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV

Query:  KRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPYS-------FGRVG--SYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDG----RFSP-----VTVGRG-GLSPISPGYGIGLNLDTG
        K+A PKE   P   R +  G PY+        G +G  +++  Y +GY P     YG +  G     + P     V   RG G +P  PG   G N    
Subjt:  KRAVPKE-SSPVPNRNQLGGYPYS-------FGRVG--SYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDG----RFSP-----VTVGRG-GLSPISPGYGIGLNLDTG

Query:  LNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYGGNLNRYGSPNPMV
        +   YG     S   +Y    SP  G     +G   P++
Subjt:  LNPNYGTGPNVSSNLSYGRVMSPSYGGNLNRYGSPNPMV

Q9JII5 DAZ-associated protein 11.9e-4033.74Show/hide
Query:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEK-HVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKKA
        GKLF+GG+ W T ++ LR YF  +GEVV+ +IM+D+TT ++RGFGFV F DP     V+  + H +DGR                         ++ K  
Subjt:  GKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEK-HVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKKA

Query:  VPRDDQNILSRNNTGILGSP--GPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
         PR  Q   +R   G    P    +++ KIFVGG+     E++ ++YF +FG + +VV++YD   QRPRGFGFIT+E E+SV++ +   FH++ GK VEV
Subjt:  VPRDDQNILSRNNTGILGSP--GPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV

Query:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYP------------YSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTG
        KRA P++S     +NQ  G P             + G  G     + QGY P  +     ++ G + P   GRG   P  P     ++   G     G  
Subjt:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYP------------YSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTG

Query:  PNVSSNLSYGRVMSPSYGGNLNRYGSPNP
        P       YG     S+G     YG P P
Subjt:  PNVSSNLSYGRVMSPSYGGNLNRYGSPNP

Q9VVE5 RNA-binding protein Musashi homolog Rbp66.7e-4144.44Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLE-KHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK
        DPGK+FIGG+SW T  + LR+YF  +G++ E M+M+D TT R+RGFGFV F+DP    +V+ +  H +DG+                        KV+ K
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLE-KHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK

Query:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
         A PR       R +  ++     TRTKKIFVGGL++  T  D K YF+QFG I D ++M+D  T R RGFGF+T++SE+ V+KV    FHE+N KMVE 
Subjt:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV

Query:  KRAVPKE
        K+A PKE
Subjt:  KRAVPKE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G07810.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein4.2e-12353.55Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKK
        D GKLFIGGISWDT+E+RL+EYF SFGEV+E +I++DRTTGRARGFGFVVFADP VA  V+ EKH IDGR                         VEAKK
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKK

Query:  AVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-GPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVE
        AVPRDDQN+++R N++ I GSP GP RT+KIFVGGL S+VTESDFK YF+QFGT  DVVVMYDHNTQRPRGFGFITY+SEE+VEKVL KTFHELNGKMVE
Subjt:  AVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-GPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVE

Query:  VKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYG
        VKRAVPKE SP P+R+ LG GY Y   RV + LN Y QG+NP +VGGYGLR DGRFSPV  GR G +  S GYG+ +N D GL   +  G N + N+ YG
Subjt:  VKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYG

Query:  RVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVG----NSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQF
        R MSP Y GN NR+G P     GG  GGN S  SS  +NLWGN G    N+  TNS+   T+ G  S G +T +    + G  WGA    G G NA S  
Subjt:  RVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVG----NSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQF

Query:  NTANLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVIS
        N      G+G++ F  GT    AR+ G N     SS S  SA N   YD     E +GN       Y   +W+S   E E  +   +G+G    +SDV +
Subjt:  NTANLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVIS

Query:  RNNA-GYTVGYGVSNRQSNRG
        R+++ GY   Y V+ RQ NRG
Subjt:  RNNA-GYTVGYGVSNRQSNRG

AT3G07810.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.1e-12353.64Show/hide
Query:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKK
        D GKLFIGGISWDT+E+RL+EYF SFGEV+E +I++DRTTGRARGFGFVVFADP VA  V+ EKH IDGR                         VEAKK
Subjt:  DPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKK

Query:  AVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-GPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVE
        AVPRDDQN+++R N++ I GSP GP RT+KIFVGGL S+VTESDFK YF+QFGT  DVVVMYDHNTQRPRGFGFITY+SEE+VEKVL KTFHELNGKMVE
Subjt:  AVPRDDQNILSR-NNTGILGSP-GPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVE

Query:  VKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYG
        VKRAVPKE SP P+R+ LG GY Y   RV + LN Y QG+NP +VGGYGLR DGRFSPV  GR G +  S GYG+ +N D GL   +  G N + N+ YG
Subjt:  VKRAVPKESSPVPNRNQLG-GYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYG

Query:  RVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVG----NSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQF
        R MSP Y GN NR+G P     GG  GGN S  SS  +NLWGN G    N+  TNS+   T+ G  S G +T +    + G  WGA    G G NA S  
Subjt:  RVMSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQNLWGNVG----NSAGTNSSHLRTFPG--SGGVHTGTNSLNSIGGLWGASASLGHGENAGSQF

Query:  NTANLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVIS
        N      G+G++ F  GT    AR+ G N     SS S  SA N   YD     E +GN       Y   +W+S   E E  +   +G+G    +SDV +
Subjt:  NTANLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTN----VSSASLYSAPNI--YD-----EVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNA--ASDVIS

Query:  RNNA-GYTVGYGVSNRQSNRGE
        R+++ GY   Y V+ RQ NRGE
Subjt:  RNNA-GYTVGYGVSNRQSNRGE

AT5G47620.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein3.0e-10548.02Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF SFGEV+E +IM+DR TGRARGFGFVVFADP VA RVVL KH+IDG+                         VEAK
Subjt:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK

Query:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
        KAVPRDD  + +++N+ + GSPGP+ +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG I DVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEV
Subjt:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV

Query:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRV
        K AVPK+ +    RNQ+    +   R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYGI LN +     NYG+G    S+  +GR 
Subjt:  KRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYGRV

Query:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQN-LWGNVGNSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSQFNTA
         SP Y  +L R+GS   M  GG S GNGS L+++ +N LWGN G    +NS   R +F G+ G+    +SL SIG  WG  A   S  HGE  G      
Subjt:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQN-LWGNVGNSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSQFNTA

Query:  NLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQ
                        VG     G +V   S  S  +I         E ++ Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ
Subjt:  NLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQ

Query:  SNRG
         N G
Subjt:  SNRG

AT5G47620.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein3.0e-10548.02Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAK
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF SFGEV+E +IM+DR TGRARGFGFVVFADP VA RVVL KH+IDG+                         VEAK
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Query:  KAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVEV
        KAVPRDD  + +++N+ + GSPGP+ +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG I DVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVEV
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        K AVPK+ +    RNQ+    +   R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYGI LN +     NYG+G    S+  +GR 
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Query:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQN-LWGNVGNSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSQFNTA
         SP Y  +L R+GS   M  GG S GNGS L+++ +N LWGN G    +NS   R +F G+ G+    +SL SIG  WG  A   S  HGE  G      
Subjt:  MSPSYGGNLNRYGSPNPMVYGGGSGGNGSNLSSSVQN-LWGNVGNSAGTNSSHLR-TFPGSGGVHTGTNSLNSIGGLWGASA---SLGHGENAGSQFNTA

Query:  NLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQ
                        VG     G +V   S  S  +I         E ++ Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NRQ
Subjt:  NLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQ

Query:  SNRG
         N G
Subjt:  SNRG

AT5G47620.4 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.2e-10648.51Show/hide
Query:  MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTM-SFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEA
        M+  KLFIGGISW+T EDRLR+YF SFGEV+E +IM+DR TGRARGFGFVVFADP VA RVVL KH+IDG+ +   I  +  C  D     +     VEA
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Query:  KKAVPRDDQNILSRNNTGILGSPGPTRTKKIFVGGLASTVTESDFKKYFDQFGTIVDVVVMYDHNTQRPRGFGFITYESEESVEKVLYKTFHELNGKMVE
        KKAVPRDD  + +++N+ + GSPGP+ +KKIFVGGLAS+VTE++FKKYF QFG I DVVVMYDH TQRPRGFGFI+Y+SEE+V+KVL KTFHELNGKMVE
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Query:  VKRAVPKESSPVPNRNQLGGYPYSFGRVGSYLNAYNQGYNPTSVGGYGLRSDGRFSPVTVGRGGLSPISPGYGIGLNLDTGLNPNYGTGPNVSSNLSYGR
        VK AVPK+ +    RNQ+    +   R+ S LN Y QG++P+ + GYG++ + R+SP    RGG SP   GYGI LN +     NYG+G    S+  +GR
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          SP Y  +L R+GS   M  GG S GNGS L+++ +N LWGN G    +NS   R +F G+ G+    +SL SIG  WG  A   S  HGE  G     
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Query:  ANLDFGSGDASFTSGTTVGYARSIGTNVSSASLYSAPNIYDEVHGNNDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNR
                         VG     G +V   S  S  +I         E ++ Y  S W SLP + E+      GLG    D +SR  AGY       NR
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Query:  QSNRG
        Q N G
Subjt:  QSNRG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GGATCGGACTACCGGCCGTGCCCGTGGCTTTGGTTTTGTTGTCTTTGCTGACCCTGTTGTTGCGGCAAGAGTTGTATTGGAAAAGCATGTAATTGATGGAAGAACTATGT
CTTTCATAGAATGTTCCAGCGGGTGTTCTTTTGATTCTGCGAATGAATATGCTCGTGGGGCAATCAAGGTTGAAGCAAAGAAGGCTGTTCCTCGAGATGATCAAAACATT
TTGAGCAGAAACAATACTGGTATCCTTGGGTCACCTGGTCCTACTCGCACAAAGAAGATATTTGTTGGAGGATTGGCATCAACTGTTACAGAGAGTGACTTCAAAAAGTA
TTTTGATCAGTTTGGAACAATTGTAGATGTTGTGGTGATGTATGATCATAATACTCAGAGACCAAGAGGTTTTGGATTTATCACTTATGAGTCAGAGGAATCAGTGGAGA
AAGTGTTATACAAAACTTTTCATGAGCTCAATGGTAAAATGGTTGAGGTTAAGAGGGCTGTTCCAAAGGAATCATCACCAGTGCCAAATCGAAATCAATTAGGTGGATAC
CCTTACAGTTTTGGTAGAGTTGGTAGCTATTTAAATGCCTATAATCAAGGATATAATCCAACCTCAGTTGGAGGATATGGATTGAGATCTGATGGTAGATTTAGTCCTGT
TACAGTCGGTCGGGGTGGACTTTCTCCAATCAGTCCTGGTTATGGAATAGGGCTAAATCTTGATACAGGGTTGAACCCGAACTACGGAACAGGTCCCAATGTTAGCTCTA
ACCTCAGTTATGGACGGGTAATGAGCCCCTCGTATGGTGGAAATTTAAATAGGTATGGTAGCCCAAACCCCATGGTATATGGTGGTGGCAGTGGAGGTAATGGTTCTAAT
TTAAGCTCATCGGTTCAGAATCTGTGGGGAAATGTTGGCAACTCTGCTGGTACAAACTCCTCACACTTGAGGACTTTTCCTGGGTCTGGTGGTGTGCATACAGGAACTAA
TTCATTGAACAGCATCGGAGGGCTTTGGGGTGCTTCTGCAAGTCTAGGTCATGGGGAAAATGCTGGTTCTCAATTTAATACTGCTAATCTCGACTTTGGAAGTGGAGATG
CCAGCTTTACATCAGGAACAACTGTAGGTTATGCTAGAAGCATTGGAACTAATGTTTCCTCAGCATCTTTGTACTCTGCACCAAATATTTATGATGAGGTTCATGGGAAT
AATGATGAAGGAAACACATTTTATGGGCATTCCAGTTGGCAGTCGTTGCCAACAGAGCTTGAGGATTCTTCCTCAATTGGTTTTGGCCTTGGCAATGCAGCTTCAGATGT
TATTAGTAGAAACAATGCTGGTTATACTGTTGGTTATGGTGTTTCTAATAGACAATCTAATAGAGGTGAGTCTTTCTACTTCAAGGAAAACTTCGAATATTTTCAAGAAT
TGCTGCTTAGGAAGAAGATGATACAACAGATGTCAAAAATTATAGTAGGTGATGCGTATTTGGTAAAGCAGGTGTACTGCAAATTTTCGTATAATTTCGTCATTGTGATA
CACTCCCATTTGATACTGTCAGAGCTAATTTGTTTTCTGTTTGACAAACTGTCCCATAAAGAAGCAGGTTCCAGAGGGTTTTCTCTTGGTCAGGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCTATACATTGTATAATTATATATAATTTGTTTATATTTATATGCAAATATTGCGCCCATTCCAGATGCAAATTCCTTTTCTTACACAAATATCTTCCTTCTTCTCTCTG
TTTCATATATAGCCTTCATTCGTTTATTTGGTATTGCATATATTTATCTAGAACAAAAACCAAAACAGTAACTGGAACAAGGAAAGAGATAGGAAAAAAGGAGGGCCTCT
CGCCCTCTCTTCTTATTATGCCTTCTCTTAGATCTTAGATTCTCGAGTTCCCAACTGGGTCGTTTTCATTTGGCTTTCTGTTTTTCTTCAGCCTGGATTGATCGACTTTG
TGGCTTCTTCTTCTCAAGGCGATTGGCTTAGACTTTAAGATATGCGATTGCTGTGTGGTGTATGCATTCATGTTGTTGAATGATATTGATGGGATTAGTTGGAATGGATT
TGTAGAGTGGGCATGGATCCTGGCAAGCTTTTCATTGGTGGTATTTCGTGGGACACGGATGAAGATCGTCTTCGAGAGTACTTTCAGAGCTTTGGAGAAGTGGTGGAGGT
GATGATCATGAGGGATCGGACTACCGGCCGTGCCCGTGGCTTTGGTTTTGTTGTCTTTGCTGACCCTGTTGTTGCGGCAAGAGTTGTATTGGAAAAGCATGTAATTGATG
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GATCAAAACATTTTGAGCAGAAACAATACTGGTATCCTTGGGTCACCTGGTCCTACTCGCACAAAGAAGATATTTGTTGGAGGATTGGCATCAACTGTTACAGAGAGTGA
CTTCAAAAAGTATTTTGATCAGTTTGGAACAATTGTAGATGTTGTGGTGATGTATGATCATAATACTCAGAGACCAAGAGGTTTTGGATTTATCACTTATGAGTCAGAGG
AATCAGTGGAGAAAGTGTTATACAAAACTTTTCATGAGCTCAATGGTAAAATGGTTGAGGTTAAGAGGGCTGTTCCAAAGGAATCATCACCAGTGCCAAATCGAAATCAA
TTAGGTGGATACCCTTACAGTTTTGGTAGAGTTGGTAGCTATTTAAATGCCTATAATCAAGGATATAATCCAACCTCAGTTGGAGGATATGGATTGAGATCTGATGGTAG
ATTTAGTCCTGTTACAGTCGGTCGGGGTGGACTTTCTCCAATCAGTCCTGGTTATGGAATAGGGCTAAATCTTGATACAGGGTTGAACCCGAACTACGGAACAGGTCCCA
ATGTTAGCTCTAACCTCAGTTATGGACGGGTAATGAGCCCCTCGTATGGTGGAAATTTAAATAGGTATGGTAGCCCAAACCCCATGGTATATGGTGGTGGCAGTGGAGGT
AATGGTTCTAATTTAAGCTCATCGGTTCAGAATCTGTGGGGAAATGTTGGCAACTCTGCTGGTACAAACTCCTCACACTTGAGGACTTTTCCTGGGTCTGGTGGTGTGCA
TACAGGAACTAATTCATTGAACAGCATCGGAGGGCTTTGGGGTGCTTCTGCAAGTCTAGGTCATGGGGAAAATGCTGGTTCTCAATTTAATACTGCTAATCTCGACTTTG
GAAGTGGAGATGCCAGCTTTACATCAGGAACAACTGTAGGTTATGCTAGAAGCATTGGAACTAATGTTTCCTCAGCATCTTTGTACTCTGCACCAAATATTTATGATGAG
GTTCATGGGAATAATGATGAAGGAAACACATTTTATGGGCATTCCAGTTGGCAGTCGTTGCCAACAGAGCTTGAGGATTCTTCCTCAATTGGTTTTGGCCTTGGCAATGC
AGCTTCAGATGTTATTAGTAGAAACAATGCTGGTTATACTGTTGGTTATGGTGTTTCTAATAGACAATCTAATAGAGGTGAGTCTTTCTACTTCAAGGAAAACTTCGAAT
ATTTTCAAGAATTGCTGCTTAGGAAGAAGATGATACAACAGATGTCAAAAATTATAGTAGGTGATGCGTATTTGGTAAAGCAGGTGTACTGCAAATTTTCGTATAATTTC
GTCATTGTGATACACTCCCATTTGATACTGTCAGAGCTAATTTGTTTTCTGTTTGACAAACTGTCCCATAAAGAAGCAGGTTCCAGAGGGTTTTCTCTTGGTCAGGATTG
AGCTTGAAAATATAGGTCTTTCTTCTTTCTTCTTCTACTTCTTTCTTTCTTTCTTGTAATTTGATTGATATGTATAATTGGATTGTGGGTAAGGTATATATGCAGAACTG
TTGCATAATACGCTACTCCGAGAAACGATGTCACACGAACGAATCAACATCTTTCTTCTTTCTTTTTTTCCTCCTTTTCTTTTCGGGTTCGTTTTTCTGGGAAAGATGCT
AGTACTCATCAGGTTTTCTTGTTGTTTGACCTTTTATTATTAGTCATTCTGGGTTTTTACTTCTCATCTGATTGTATGAAACTGAGGTTGATTTAGTGGTGTGATATTAT
CCAGCTTCCCAATTCTTCTTTGTTGTAAATTTAGCTCCTTTTTGAGCTAAACTTTTATAAGTTCAAAATCAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDPGKLFIGGISWDTDEDRLREYFQSFGEVVEVMIMRDRTTGRARGFGFVVFADPVVAARVVLEKHVIDGRTMSFIECSSGCSFDSANEYARGAIKVEAKKAVPRDDQNI
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NDEGNTFYGHSSWQSLPTELEDSSSIGFGLGNAASDVISRNNAGYTVGYGVSNRQSNRGESFYFKENFEYFQELLLRKKMIQQMSKIIVGDAYLVKQVYCKFSYNFVIVI
HSHLILSELICFLFDKLSHKEAGSRGFSLGQD