; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc01G17040 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc01G17040
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionMYB transcription factor
Genome locationClcChr01:29799714..29800040
RNA-Seq ExpressionClc01G17040
SyntenyClc01G17040
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAF9678546.1 hypothetical protein SADUNF_Sadunf07G0046000 [Salix dunnii]4.1e-4293.02Show/hide
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TYK12859.1 transcription factor MYB44 [Cucumis melo var. makuwa]3.4e-4498.84Show/hide
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XP_004141899.1 transcription factor MYB44 [Cucumis sativus]3.4e-4498.84Show/hide
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XP_008440323.1 PREDICTED: transcription factor MYB44 [Cucumis melo]3.4e-4498.84Show/hide
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XP_038883069.1 transcription factor MYB44-like [Benincasa hispida]3.4e-4498.84Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KJL5 Sucrose responsive element binding protein1.6e-4498.84Show/hide
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A0A1S3B0F2 transcription factor MYB441.6e-4498.84Show/hide
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A0A5D3CR91 Transcription factor MYB441.6e-4498.84Show/hide
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A0A6J1HFY1 transcription factor MYB44-like5.8e-4294.19Show/hide
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        MA+ R EMDRIKGPWSPEEDDALQRLVQKHGPRNWSLIS+SI GRSGKSCRLRWCNQLSPQVEHRPFSPEEDETIIRAHANFGNRW
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A0A6N2M6G4 Uncharacterized protein4.4e-4284Show/hide
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        MA+TRKEMDRIKGPWSPEED+ALQ+LVQKHGPRNWSLISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSPQVEHRPFSPEED+TI RAHA FGN+W     LL   PA R
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O04192 Transcription factor MYB251.9e-2658.82Show/hide
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        ++KGPW PE+D+AL RLV+  GPRNW+LIS+ IPGRSGKSCRLRWCNQL P ++ +PFS EE+  I+ A A  GN+W ++    P
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O23160 Transcription factor MYB736.2e-4190.36Show/hide
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        TRK M+RIKGPWSPEEDD LQRLVQKHGPRNWSLISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSP+VEHR FS EEDETIIRAHA FGN+W
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Q42575 Transcription factor MYB12.5e-2657.78Show/hide
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        R   DR+KGPWS EEDD L  LV++ G RNWS I++SIPGRSGKSCRLRWCNQL+P +    F+  ED+ II AHA  GN+W ++    P
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Q9FDW1 Transcription factor MYB449.2e-3785.9Show/hide
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        DRIKGPWSPEED+ L+RLV K+GPRNW++ISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSPQVEHRPFS EEDETI RAHA FGN+W
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Q9SN12 Transcription factor MYB771.7e-3580.77Show/hide
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        DR+KGPWS EED+ L+R+V+K+GPRNWS ISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSP+VEHRPFSPEEDETI+ A A FGN+W
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G23290.1 myb domain protein 708.3e-4187.95Show/hide
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        TRKEMDRIKGPWSPEEDD LQ LVQKHGPRNWSLISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSP+VEHR F+ EED+TII AHA FGN+W
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AT3G50060.1 myb domain protein 771.2e-3680.77Show/hide
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        DR+KGPWS EED+ L+R+V+K+GPRNWS ISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSP+VEHRPFSPEEDETI+ A A FGN+W
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AT3G55730.1 myb domain protein 1092.1e-2865Show/hide
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        ++KGPWS EED  L +LV+K GPRNWSLI++ IPGRSGKSCRLRWCNQL P ++ +PFS EED  II AHA  GN+W ++
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AT4G37260.1 myb domain protein 734.4e-4290.36Show/hide
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AT5G67300.1 myb domain protein r16.5e-3885.9Show/hide
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        DRIKGPWSPEED+ L+RLV K+GPRNW++ISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSPQVEHRPFS EEDETI RAHA FGN+W
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGCTTACCCGTAAAGAGATGGATCGGATCAAGGGTCCGTGGAGCCCTGAAGAAGACGATGCTCTTCAGAGATTGGTCCAGAAGCATGGCCCACGCAACTGGTCCCT
CATCAGCAAATCGATTCCTGGTCGTTCTGGTAAGTCCTGCCGGCTCCGGTGGTGCAATCAGCTCTCTCCTCAGGTGGAGCACCGCCCCTTCTCGCCGGAGGAGGATGAGA
CTATTATCAGAGCTCATGCTAACTTCGGCAACAGATGGCTACTATTGCTCGCCTTCTCTCCGGCCGGACGGATAACGCTGTCAAGAATCACTGGAATTCCACGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGCTTACCCGTAAAGAGATGGATCGGATCAAGGGTCCGTGGAGCCCTGAAGAAGACGATGCTCTTCAGAGATTGGTCCAGAAGCATGGCCCACGCAACTGGTCCCT
CATCAGCAAATCGATTCCTGGTCGTTCTGGTAAGTCCTGCCGGCTCCGGTGGTGCAATCAGCTCTCTCCTCAGGTGGAGCACCGCCCCTTCTCGCCGGAGGAGGATGAGA
CTATTATCAGAGCTCATGCTAACTTCGGCAACAGATGGCTACTATTGCTCGCCTTCTCTCCGGCCGGACGGATAACGCTGTCAAGAATCACTGGAATTCCACGCTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MALTRKEMDRIKGPWSPEEDDALQRLVQKHGPRNWSLISKSIPGRSGKSCRLRWCNQLSPQVEHRPFSPEEDETIIRAHANFGNRWLLLLAFSPAGRITLSRITGIPR