; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc01G20570 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc01G20570
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionRING-type domain-containing protein
Genome locationClcChr01:32491555..32492121
RNA-Seq ExpressionClc01G20570
SyntenyClc01G20570
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0025673.1 RING-H2 finger protein ATL72-like [Cucumis melo var. makuwa]3.3e-7982.2Show/hide
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KAG6603909.1 RING-H2 finger protein ATL72, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.3e-6970.68Show/hide
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XP_008440820.1 PREDICTED: RING-H2 finger protein ATL72-like [Cucumis melo]3.3e-7982.2Show/hide
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XP_011658497.1 E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B [Cucumis sativus]2.3e-8082.63Show/hide
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XP_038881295.1 RING-H2 finger protein ATL79-like [Benincasa hispida]5.2e-8583.6Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KKP7 RING-type domain-containing protein1.1e-8082.63Show/hide
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A0A1S3B2S4 RING-H2 finger protein ATL72-like1.6e-7982.2Show/hide
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A0A5D3CLV8 RING-H2 finger protein ATL72-like1.6e-7982.2Show/hide
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A0A6J1GEN4 RING-H2 finger protein ATL74-like3.3e-6970.68Show/hide
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A0A6J1IJG4 RING-H2 finger protein ATL74-like6.3e-6870Show/hide
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        FE RNCVICL EFE GDELRVLPNC H FHKGCIDQWLPL+SL CPLCR+ + +EIGT+R PVC+NYW RNPAF+LAF   S+ PLPSQL
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q67YI6 RING-H2 finger protein ATL651.3e-1438.38Show/hide
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        SS  P     S + T+P+++Y   + +   + G TS    R+C +CL EFE GD +R LP C H FH  CID+WL     +CPLCR   +   G + P+
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Q8GW38 RING-H2 finger protein ATL471.2e-1036.56Show/hide
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        +RQL        S    + +  +PV++Y ++  +           E  +C +CL EF   D+LR+LPNC H FH  CID WL L +  CPLCR
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Q8H7N9 E3 ubiquitin-protein ligase Os03g01882005.2e-1147.14Show/hide
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        P  +YGD+ +  ++  G         C +CLAEF   DELRVLP C HVFH  CID WL   ++ CPLCR
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Q9LY41 E3 ubiquitin-protein ligase ATL44.0e-1140.48Show/hide
Query:  PSSTFSSQLTTMPVYIYGDLSSSSSSSYGFTSLFESRNCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHVFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDP
        P +  SS L ++P++ +  ++  SSS         S +C +CL++FE  D+LR+LP C H FH  CID WL + +  CPLCR P
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Q9ZV53 Putative RING-H2 finger protein ATL491.5e-1033.63Show/hide
Query:  TCVRRQLNSPSSKPPSSTFSSQLTTMPVYIYGDLSSSSSSSYGFTSLFESRNCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHVFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDPTI
        T ++ QL    +   S    S + T+PV+ Y  +     S +         +C +CL EFE  D+LR+LP C H FH  CID WL L    CPLCR   +
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Query:  EEIGTIRPVCSNY
            +   + S+Y
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G63840.1 RING/U-box superfamily protein3.7e-1247.27Show/hide
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        ES  C +CL +FE+ DE+R L NC+H+FH+GC+D+W +    + CPLCR   I +
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AT3G18930.1 RING/U-box superfamily protein9.4e-1638.38Show/hide
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        SS  P     S + T+P+++Y   + +   + G TS    R+C +CL EFE GD +R LP C H FH  CID+WL     +CPLCR   +   G + P+
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AT3G18930.2 RING/U-box superfamily protein9.4e-1638.38Show/hide
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        SS  P     S + T+P+++Y   + +   + G TS    R+C +CL EFE GD +R LP C H FH  CID+WL     +CPLCR   +   G + P+
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AT3G60220.1 TOXICOS EN LEVADURA 42.8e-1240.48Show/hide
Query:  PSSTFSSQLTTMPVYIYGDLSSSSSSSYGFTSLFESRNCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHVFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDP
        P +  SS L ++P++ +  ++  SSS         S +C +CL++FE  D+LR+LP C H FH  CID WL + +  CPLCR P
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AT4G33565.1 RING/U-box superfamily protein4.8e-1252.83Show/hide
Query:  ESRNCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHVFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDPTIE
        E  +C +CL+EFE  + LR+LP CKH FH  CID WL     +CPLCR P +E
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAATTCGGTAGACGATCTCAGTTACAGTTACAGACGTCTTCTTAAAGATTCCTTATTCGAGCATCCATTTGGAAGCCAAGAAAGAATTTTTAACATATGTGTGACTTC
TGCCATTGCAGCCGTGTTTGTAATCTCTTTGTTCGTCTCCCTCTTCACCTGCGTTCGGCGTCAACTGAACTCTCCTTCCTCTAAACCTCCCTCATCCACATTTAGCAGCC
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GAGTTTGAGCATGGAGATGAGCTTCGTGTTCTGCCTAACTGCAAGCATGTGTTTCATAAAGGCTGCATTGATCAGTGGCTTCCGTTGAAGTCGTTGCATTGCCCGCTTTG
CCGAGACCCTACAATAGAGGAGATTGGGACCATCAGACCTGTTTGTTCGAATTATTGGACCCGAAATCCAGCCTTCATATTGGCCTTTGGCCTTGGTAGTAGTGTCCCAT
TGCCCTCTCAACTGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAATTCGGTAGACGATCTCAGTTACAGTTACAGACGTCTTCTTAAAGATTCCTTATTCGAGCATCCATTTGGAAGCCAAGAAAGAATTTTTAACATATGTGTGACTTC
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TGCCCTCTCAACTGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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