; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc01G24380 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc01G24380
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionprotein DELAY OF GERMINATION 1-like
Genome locationClcChr01:34902686..34903730
RNA-Seq ExpressionClc01G24380
SyntenyClc01G24380
Gene Ontology termsGO:0006351 - transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0004386 - helicase activity (molecular function)
GO:0043565 - sequence-specific DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR025422 - Transcription factor TGA like domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0052615.1 transcription factor TGA6 [Cucumis melo var. makuwa]2.2e-11383.4Show/hide
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XP_004134926.1 protein DELAY OF GERMINATION 1 [Cucumis sativus]1.6e-11685.28Show/hide
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XP_008439732.1 PREDICTED: transcription factor TGA6 [Cucumis melo]6.4e-11383.02Show/hide
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XP_022926401.1 protein DELAY OF GERMINATION 1-like [Cucurbita moschata]3.4e-9873.48Show/hide
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XP_038883466.1 protein DELAY OF GERMINATION 1-like [Benincasa hispida]1.6e-11182.82Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KNL1 DOG1 domain-containing protein7.9e-11785.28Show/hide
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A0A1S3B031 transcription factor TGA63.1e-11383.02Show/hide
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A0A5D3CMS6 Transcription factor TGA61.1e-11383.4Show/hide
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A0A6J1EET8 protein DELAY OF GERMINATION 1-like1.7e-9873.48Show/hide
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A0A6J1KW35 protein DELAY OF GERMINATION 1-like1.6e-9672.35Show/hide
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        LEKQDGEMLR++++AD+LRIRTL ELTEILRPLQ V  LAFSKKLH+ VREWG+ SDRRHGR+G
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0SVK0 Protein DELAY OF GERMINATION 11.0e-3636.5Show/hide
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        G SS +   ++  +LEWM LQ +   EL + L   + R++ +    E+ + +L KL  K I  F++Y  +R  LA      ++AP W S  E++L+W+ G
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        CRPS F RL Y+L G + E RV +FL+ +   E   G       +LS  Q+ +++ L ++ I EEE++T K++ +QE+ AD  +  +A         N  
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        +++AL+KQ+  M RL+ +AD LR+ TL ++  IL P+Q   FL   KKLHLS+ EWG   DRR
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Q58FV0 Protein DOG1-like 32.8e-3434.25Show/hide
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        C+ EWM +Q +   +L EAL          + H  + + +L +LV K +  FQ YT++R +L++    ++FAP+W S  E+ LLW+ GCRPS FIR+ YS
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Query:  LTGYELETRVAEFLQGMKPMEEL-----AGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLR
        L G + ET+++++L  +    E+       +L+  Q+ +++ L ++ I++E+++T K A +QE +AD   + IA  +      +  +E AL+K +  M  
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        L+ +AD+LR  TL ++ +++ P+QA  FL   K+LH+S+ EWG+ R ++R G V
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Q9SLV1 Protein ZW27.9e-1326.24Show/hide
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        LV   +  +  Y + +   M +A +D++ FF+P W S+ E  +LWI G +P +  +L        + T V               +L+  Q++QL+S+++
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Query:  RTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSM----KEEGANEELEKALEKQDGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVRE
         T + E  L  + A++Q+ + D  ++ +  R +      EG   E+E A+E    EM++ ++ AD+LR  T+ ++ E+L P Q++  L  + + +L +R+
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Query:  WG
         G
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Q9SN45 Protein DOG1-like 21.1e-2731.27Show/hide
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        M    S       +RC+ EWM LQ +   +L EAL    N            + +L  LV K +  +  Y  +R +L+      +FAP+W +  E+S+LW
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Query:  IAGCRPSLFIRLAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEEL-----AGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANE
        + GCRPS FIRL Y+L G + ET+++++L  +    ++       +L+  Q+ +L+ L +  IK+E+++T   A  Q+++AD  +  +         A+ 
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Query:  ELEKALEKQDGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQ
         +E AL+K +  M  L+ +AD+LR  TL ++ +++ PLQAV FL   K+L LS+ + G+
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Q9SN47 Protein DOG1-like 17.8e-2931.27Show/hide
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        E  SS+     + C+ EWM LQ +   EL EA++             E+ + +L  L+  +I  F DY  +R + ++     +FAP W +  E++LLW+ 
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Query:  GCRPSLFIRLAYSLTGYELETRVAEFL------------------QGMKPMEELAGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIA
        GCRPS FIRL Y++ G + E R+  F                   +G     E   +L+  Q+ +++ L ++T++ E +LT   A +QE+ AD  +   A
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Query:  IRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR
                A+  +E+AL+K + +M  L+ +AD+LR+ TL ++ +IL  +QA  FL   KKLHL++ EWG+  + R
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G14880.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transcription factor-related (TAIR:AT4G18650.1)5.2e-2026.27Show/hide
Query:  ASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIR
        + E     + K Q+    +L   LN + +  N +       E +L + VD+ +E F++Y   +      DV    A  W SA E SL W+ G RP+    
Subjt:  ASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIR

Query:  LAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAGELSPRQM-------EQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQ
        L Y+ +    E+R+ + L+G +  +    +LSP Q          +  LQ  T+KEE  +T +L+  Q++ +D  +           G + + ++ + + 
Subjt:  LAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAGELSPRQM-------EQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQ

Query:  DGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR
           +  ++ + D+LR+RT+  + E+L PLQ   FL  + +L   V  WG   DRR
Subjt:  DGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR

AT3G14880.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown4.3e-2227.02Show/hide
Query:  ASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIR
        + E     + K Q+    +L   LN + +  N +       E +L + VD+ +E F++Y   +      DV    A  W SA E SL W+ G RP+    
Subjt:  ASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIR

Query:  LAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLRL
        L Y+ +    E+R+ + L+G +  +    +LSP Q   +  LQ  T+KEE  +T +L+  Q++ +D  +           G + + ++ + +    +  +
Subjt:  LAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLRL

Query:  IQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR
        + + D+LR+RT+  + E+L PLQ   FL  + +L   V  WG   DRR
Subjt:  IQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR

AT4G18680.1 unknown protein2.4e-2531.38Show/hide
Query:  MKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIRLAYSLTGYE
        M LQ +   +L EAL    N            + +L  LV K +  +  Y  +R +L+      +FAP+W +  E+S+LW+ GCRPS FIRL Y+L G +
Subjt:  MKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIRLAYSLTGYE

Query:  LETRVAEFLQGMKPMEEL-----AGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLRLIQQA
         ET+++++L  +    ++       +L+  Q+ +L+ L +  IK+E+++T   A  Q+++AD  +  +         A+  +E AL+K +  M  L+ +A
Subjt:  LETRVAEFLQGMKPMEEL-----AGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLRLIQQA

Query:  DELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQ
        D+LR  TL ++ +++ PLQAV FL   K+L LS+ + G+
Subjt:  DELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQ

AT4G18690.1 unknown protein2.0e-3534.25Show/hide
Query:  CFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIRLAYS
        C+ EWM +Q +   +L EAL          + H  + + +L +LV K +  FQ YT++R +L++    ++FAP+W S  E+ LLW+ GCRPS FIR+ YS
Subjt:  CFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFIRLAYS

Query:  LTGYELETRVAEFLQGMKPMEEL-----AGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLR
        L G + ET+++++L  +    E+       +L+  Q+ +++ L ++ I++E+++T K A +QE +AD   + IA  +      +  +E AL+K +  M  
Subjt:  LTGYELETRVAEFLQGMKPMEEL-----AGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLR

Query:  LIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQ-RSDRRHGRV
        L+ +AD+LR  TL ++ +++ P+QA  FL   K+LH+S+ EWG+ R ++R G V
Subjt:  LIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQ-RSDRRHGRV

AT5G45830.1 delay of germination 17.2e-3836.5Show/hide
Query:  GGSSSDHAASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAG
        G SS +   ++  +LEWM LQ +   EL + L   + R++ +    E+ + +L KL  K I  F++Y  +R  LA      ++AP W S  E++L+W+ G
Subjt:  GGSSSDHAASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAG

Query:  CRPSLFIRLAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAG-------ELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEE
        CRPS F RL Y+L G + E RV +FL+ +   E   G       +LS  Q+ +++ L ++ I EEE++T K++ +QE+ AD  +  +A         N  
Subjt:  CRPSLFIRLAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAG-------ELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEE

Query:  LEKALEKQDGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR
        +++AL+KQ+  M RL+ +AD LR+ TL ++  IL P+Q   FL   KKLHLS+ EWG   DRR
Subjt:  LEKALEKQDGEMLRLIQQADELRIRTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGAAGGCGGGAGCAGCAGCGACCATGCTGCATCGGAGCGATGTTTCCTGGAGTGGATGAAGCTTCAAGAGGAAAGTCAGAGGGAGCTTTTCGAAGCCCTTAACGC
CGTCGAAAACAGAGCAAATTCCAACCTCCAACACCCCGAAGAAACCGAACGCCAACTCACCAAGCTTGTAGACAAGAGCATCGAGCAATTCCAAGACTACACTGACCGAC
GAATGCAGCTGGCCAAAAACGACGTGTGGGCATTCTTCGCCCCTGCCTGGTGCAGCGCCAGAGAATCCTCTCTCCTCTGGATCGCCGGTTGCCGGCCCTCCCTTTTCATC
CGCTTAGCCTACTCCCTCACCGGATACGAGCTGGAAACCAGAGTTGCGGAATTCCTGCAGGGGATGAAGCCGATGGAGGAATTAGCGGGAGAGCTGTCGCCGCGGCAAAT
GGAGCAGCTGGACAGTCTGCAGATGAGAACAATAAAGGAAGAGGAGAGACTGACGTCGAAGCTGGCCATGATGCAGGAGGAGATGGCGGACCAGACGGTGGTGGGAATTG
CGATAAGATCAATGAAAGAAGAAGGGGCGAATGAGGAACTGGAGAAGGCCCTGGAAAAGCAGGATGGGGAAATGCTGAGACTCATCCAACAAGCCGACGAACTGAGGATC
CGTACGCTGAATGAGCTGACGGAGATTTTGAGACCGTTGCAGGCGGTGTTGTTCTTAGCGTTCAGCAAGAAGCTCCATCTCAGCGTGCGGGAATGGGGACAACGAAGCGA
TCGAAGGCACGGCAGAGTTGGTAATCGCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAAAAACAGAAATTTCTCAAACTTTGAAATTATGCCATGTTTTGTCGTGTTATACAAATGGTAGGCTTATGTGTATATAAAGAAACCAGAGAATGGAGAAGCTGAAGATT
GGTAATAATTAAAAGGGAGGGAGATTTAGATGGCGGAAGGCGGGAGCAGCAGCGACCATGCTGCATCGGAGCGATGTTTCCTGGAGTGGATGAAGCTTCAAGAGGAAAGT
CAGAGGGAGCTTTTCGAAGCCCTTAACGCCGTCGAAAACAGAGCAAATTCCAACCTCCAACACCCCGAAGAAACCGAACGCCAACTCACCAAGCTTGTAGACAAGAGCAT
CGAGCAATTCCAAGACTACACTGACCGACGAATGCAGCTGGCCAAAAACGACGTGTGGGCATTCTTCGCCCCTGCCTGGTGCAGCGCCAGAGAATCCTCTCTCCTCTGGA
TCGCCGGTTGCCGGCCCTCCCTTTTCATCCGCTTAGCCTACTCCCTCACCGGATACGAGCTGGAAACCAGAGTTGCGGAATTCCTGCAGGGGATGAAGCCGATGGAGGAA
TTAGCGGGAGAGCTGTCGCCGCGGCAAATGGAGCAGCTGGACAGTCTGCAGATGAGAACAATAAAGGAAGAGGAGAGACTGACGTCGAAGCTGGCCATGATGCAGGAGGA
GATGGCGGACCAGACGGTGGTGGGAATTGCGATAAGATCAATGAAAGAAGAAGGGGCGAATGAGGAACTGGAGAAGGCCCTGGAAAAGCAGGATGGGGAAATGCTGAGAC
TCATCCAACAAGCCGACGAACTGAGGATCCGTACGCTGAATGAGCTGACGGAGATTTTGAGACCGTTGCAGGCGGTGTTGTTCTTAGCGTTCAGCAAGAAGCTCCATCTC
AGCGTGCGGGAATGGGGACAACGAAGCGATCGAAGGCACGGCAGAGTTGGTAATCGCTAAAATCAAACTAATTTTTTATACTTCGGTTCACATTTCCCAATCCCCCCCCC
CCCCCTCCAAAAAACAAAAATCAACTAATTTTGTAGTGCGTAGGTTTGTATTGTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAEGGSSSDHAASERCFLEWMKLQEESQRELFEALNAVENRANSNLQHPEETERQLTKLVDKSIEQFQDYTDRRMQLAKNDVWAFFAPAWCSARESSLLWIAGCRPSLFI
RLAYSLTGYELETRVAEFLQGMKPMEELAGELSPRQMEQLDSLQMRTIKEEERLTSKLAMMQEEMADQTVVGIAIRSMKEEGANEELEKALEKQDGEMLRLIQQADELRI
RTLNELTEILRPLQAVLFLAFSKKLHLSVREWGQRSDRRHGRVGNR