; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc02G13560 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc02G13560
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionRNA-binding protein Musashi homolog 1
Genome locationClcChr02:25721514..25731853
RNA-Seq ExpressionClc02G13560
SyntenyClc02G13560
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6571306.1 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.0e-19793.6Show/hide
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XP_008457826.1 PREDICTED: RNA-binding protein Musashi homolog 1 [Cucumis melo]3.1e-20295.93Show/hide
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XP_011649346.1 RNA-binding protein Musashi homolog 1 isoform X2 [Cucumis sativus]3.8e-20095.15Show/hide
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XP_022932294.1 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0-like [Cucurbita moschata]5.0e-20089.63Show/hide
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XP_038877270.1 RNA-binding protein Musashi homolog 1 [Benincasa hispida]7.0e-20295.93Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LMN9 Uncharacterized protein1.9e-20095.15Show/hide
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A0A1S3C728 RNA-binding protein Musashi homolog 11.5e-20295.93Show/hide
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A0A6J1D811 RNA-binding protein Musashi homolog 1 isoform X23.6e-19693.77Show/hide
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A0A6J1EWL0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0-like2.4e-20089.63Show/hide
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A0A6J1I7Z8 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like-B isoform X11.8e-19593.26Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O43347 RNA-binding protein Musashi homolog 12.9e-2539.26Show/hide
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         + T    + +FE++G++ D  +  D+ +  HRG GF+TF S D VE +     HE+    V+
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O94432 Uncharacterized RNA-binding protein C660.154.2e-2433.55Show/hide
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        D K+ + G+ W+   + LR+Y  +FGE+ DC VM++ +TGRSRGFG++TF   +     +S EH L  ++++ K A P+EE     ++  ++FV  +   
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         TE  FR+ F ++G + D  +  D+ +   RG GF+T+ +  +VE  M+  +
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Q61474 RNA-binding protein Musashi homolog 13.8e-2539.26Show/hide
Query:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALS-SEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTR---IFVARIS
        K+ + G+ W    EGLREY  +FGE+++C+VM++  T RSRGFG+VTF         L+ S H L ++ ++ KVA P+   RA PK VTR   IFV  +S
Subjt:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALS-SEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTR---IFVARIS

Query:  QSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLM-ADTHELGGSTVD
         + T    + +FE++G++ D  +  D+ +  HRG GF+TF S D VE +     HE+    V+
Subjt:  QSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLM-ADTHELGGSTVD

Q8K3P4 RNA-binding protein Musashi homolog 13.8e-2539.26Show/hide
Query:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALS-SEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTR---IFVARIS
        K+ + G+ W    EGLREY  +FGE+++C+VM++  T RSRGFG+VTF         L+ S H L ++ ++ KVA P+   RA PK VTR   IFV  +S
Subjt:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALS-SEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTR---IFVARIS

Query:  QSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLM-ADTHELGGSTVD
         + T    + +FE++G++ D  +  D+ +  HRG GF+TF S D VE +     HE+    V+
Subjt:  QSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLM-ADTHELGGSTVD

Q8W034 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 17.6e-2627.88Show/hide
Query:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPK---------------
        KL V GI W+ D + LRE+ + +GE+   IVM+++ TGR RGFG+V F+        L  +H +  R ++VK A  +EE +   +               
Subjt:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPK---------------

Query:  -RVTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD-DDFRPIGKMPQGG----GGGGYGA
         +  +IFV  +  ++T+  FR +FE YG +TD+ +  DQ +   RG GF++F S D+V++++  T H+L G  V+     P    P GG    GGGG G 
Subjt:  -RVTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD-DDFRPIGKMPQGG----GGGGYGA

Query:  YNAYISAATRY-AALGAPTLYDHPGSVYGRREFRGMGKKIFVGRLPQEASADDLRQYFGRFGRILDVYVPKDPKRSGHRGFGFVTFAEDGVADRVSRRSH
        Y  Y    + Y   + +     H     G   +   G     G     A       Y G  G                 G+G       G          
Subjt:  YNAYISAATRY-AALGAPTLYDHPGSVYGRREFRGMGKKIFVGRLPQEASADDLRQYFGRFGRILDVYVPKDPKRSGHRGFGFVTFAEDGVADRVSRRSH

Query:  EICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSA--AESFGGYVGPMRTYGRMYGSLD--FDDWGYGIGGGRPS
               +     P    GSGA  SG  +  +A   +S  GY      YG   GS     +   YG+ GGRPS
Subjt:  EICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSA--AESFGGYVGPMRTYGRMYGSLD--FDDWGYGIGGGRPS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G07810.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.2e-2936.99Show/hide
Query:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMR--------------APPKR
        KL + GI WD + E L+EY S FGE+ + +++K+R+TGR+RGFG+V FA    A+  ++ +H +  R++E K A P+++                  P R
Subjt:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMR--------------APPKR

Query:  VTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD
          +IFV  +  SVTE+ F+++FE++G  TD+ +  D  ++  RG GFIT+ S ++VE ++  T HEL G  V+
Subjt:  VTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD

AT3G07810.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.2e-2936.99Show/hide
Query:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMR--------------APPKR
        KL + GI WD + E L+EY S FGE+ + +++K+R+TGR+RGFG+V FA    A+  ++ +H +  R++E K A P+++                  P R
Subjt:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMR--------------APPKR

Query:  VTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD
          +IFV  +  SVTE+ F+++FE++G  TD+ +  D  ++  RG GFIT+ S ++VE ++  T HEL G  V+
Subjt:  VTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD

AT4G26650.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein4.4e-2935.96Show/hide
Query:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMR-----APP-----------
        KL + GI WD D E L+EY  K+G+L + ++M++R+TGR+RGFG++ FA    A+  +  +H +  R +E K A P+++ +     A P           
Subjt:  KLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMR-----APP-----------

Query:  ---KRVTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD
            R  +IFV  +  S+TEA F+++F+++G I D+ +  D  ++  RG GFITF S +SV+ ++  T HEL G  V+
Subjt:  ---KRVTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVD

AT4G36960.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein6.8e-15572.37Show/hide
Query:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ
        M+RKLVVLGIPWD+D++GL++YMSKFG+LEDCIVMK+RSTGRSRGFGYVTFA+ EDAKNAL  EHFLGNR++EVKVATPKEEMR P K+VTRIFVARI  
Subjt:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ

Query:  SVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTV--------DDDF----RPIGKMPQ------GGGG--GGYG
        SV+E+ FRSHFE+YGEITDLYMPKD  SK HRGIGFITF+S+DSVE+LM DTH+LGG+TV        +DD      P+ +M +      GG G  GGYG
Subjt:  SVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTV--------DDDF----RPIGKMPQ------GGGG--GGYG

Query:  AYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE--FRGMGKKIFVGRLPQEASADDLRQYFGRFGRILDVYVPKDPKRSGHRGFGFVTFAEDGVADRVSRR
        AY+AYISAATRYAALGAPTLYD+P + YGR E   RG+G KIFVGRLPQEAS DDLR YFGRFG I D Y+PKDPKRSGHRGFGFVTFAE+GVADRV+RR
Subjt:  AYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE--FRGMGKKIFVGRLPQEASADDLRQYFGRFGRILDVYVPKDPKRSGHRGFGFVTFAEDGVADRVSRR

Query:  SHEICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSAAESFGGYVGPMRTYGRMYGSLDFDDWGYGIGGGRPSRADWRYRPY
        SHEICGQ+VAIDSATPLD+AG  AGAS S + +S  E FGGY GPMR +GRMYG +  DDWGYG+   RPSR D RYRPY
Subjt:  SHEICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSAAESFGGYVGPMRTYGRMYGSLDFDDWGYGIGGGRPSRADWRYRPY

AT4G36960.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein6.8e-15572.37Show/hide
Query:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ
        M+RKLVVLGIPWD+D++GL++YMSKFG+LEDCIVMK+RSTGRSRGFGYVTFA+ EDAKNAL  EHFLGNR++EVKVATPKEEMR P K+VTRIFVARI  
Subjt:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ

Query:  SVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTV--------DDDF----RPIGKMPQ------GGGG--GGYG
        SV+E+ FRSHFE+YGEITDLYMPKD  SK HRGIGFITF+S+DSVE+LM DTH+LGG+TV        +DD      P+ +M +      GG G  GGYG
Subjt:  SVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTV--------DDDF----RPIGKMPQ------GGGG--GGYG

Query:  AYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE--FRGMGKKIFVGRLPQEASADDLRQYFGRFGRILDVYVPKDPKRSGHRGFGFVTFAEDGVADRVSRR
        AY+AYISAATRYAALGAPTLYD+P + YGR E   RG+G KIFVGRLPQEAS DDLR YFGRFG I D Y+PKDPKRSGHRGFGFVTFAE+GVADRV+RR
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Query:  SHEICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSAAESFGGYVGPMRTYGRMYGSLDFDDWGYGIGGGRPSRADWRYRPY
        SHEICGQ+VAIDSATPLD+AG  AGAS S + +S  E FGGY GPMR +GRMYG +  DDWGYG+   RPSR D RYRPY
Subjt:  SHEICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSAAESFGGYVGPMRTYGRMYGSLDFDDWGYGIGGGRPSRADWRYRPY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAATTCGGTGAGATTGATTTGGTATTTGACTATCGTGTGTGAGAAAGAGGTGTGCCTCGTCTTGTTATCATGTGCAGGGAGCGAGTGCGAGAGATTTGGGGAGAGTGA
GCGTGGGTCTTTGAGCGAGCGAGCGAGCGAGGAAGAAGAGGAGGAGAGAGAGATATACTTTTTCACTTTTAGGGTTCAATTTCTCTGCCTGCGCCAATTCATCATGGATC
GGAAGCTGGTGGTTCTTGGTATTCCATGGGACGTCGATACAGAAGGGCTGAGAGAGTACATGAGCAAATTTGGGGAGTTGGAGGATTGTATTGTCATGAAGGAGAGGTCA
ACTGGTCGGTCTCGTGGTTTTGGGTATGTGACATTTGCAACTGACGAGGATGCTAAGAATGCACTATCAAGTGAGCACTTTCTTGGCAACAGAATGATGGAAGTTAAAGT
TGCCACACCTAAGGAGGAGATGAGAGCACCTCCAAAGAGAGTCACCAGGATTTTTGTAGCAAGGATCTCACAATCTGTTACTGAGGCTGCCTTCCGCAGTCATTTTGAGA
AATATGGAGAGATAACAGATCTTTACATGCCAAAGGACCAGGGATCAAAAACCCATCGTGGAATAGGTTTCATCACCTTTGCAAGTTCAGATTCTGTGGAAAATTTGATG
GCCGATACTCATGAATTAGGAGGTTCTACTGTGGATGATGATTTCAGGCCCATAGGGAAAATGCCGCAGGGGGGTGGTGGGGGTGGATATGGTGCATACAATGCTTATAT
TTCTGCCGCAACAAGATATGCAGCACTAGGTGCTCCTACCTTATACGACCATCCAGGCTCAGTTTATGGGAGAAGGGAATTTAGAGGGATGGGAAAAAAGATTTTTGTTG
GTAGGCTCCCACAAGAAGCATCTGCTGATGATCTCCGTCAGTACTTTGGTAGATTTGGCCGTATATTGGATGTCTATGTTCCAAAGGATCCTAAAAGATCTGGTCATCGA
GGTTTTGGTTTTGTAACTTTTGCTGAAGATGGTGTAGCAGATCGTGTATCTCGAAGATCTCACGAGATTTGTGGACAACAGGTTGCTATTGATTCAGCCACTCCTCTTGA
TGATGCTGGATCTGGAGCTGGAGCAAGTGGAAGTTTTATGATGAATAGTGCCGCAGAATCTTTCGGTGGCTATGTGGGACCTATGAGGACTTATGGAAGGATGTATGGAA
GCCTGGACTTCGATGATTGGGGTTATGGAATTGGTGGTGGAAGACCATCTAGAGCAGACTGGAGGTATCGGCCATACTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAATTCGGTGAGATTGATTTGGTATTTGACTATCGTGTGTGAGAAAGAGGTGTGCCTCGTCTTGTTATCATGTGCAGGGAGCGAGTGCGAGAGATTTGGGGAGAGTGA
GCGTGGGTCTTTGAGCGAGCGAGCGAGCGAGGAAGAAGAGGAGGAGAGAGAGATATACTTTTTCACTTTTAGGGTTCAATTTCTCTGCCTGCGCCAATTCATCATGGATC
GGAAGCTGGTGGTTCTTGGTATTCCATGGGACGTCGATACAGAAGGGCTGAGAGAGTACATGAGCAAATTTGGGGAGTTGGAGGATTGTATTGTCATGAAGGAGAGGTCA
ACTGGTCGGTCTCGTGGTTTTGGGTATGTGACATTTGCAACTGACGAGGATGCTAAGAATGCACTATCAAGTGAGCACTTTCTTGGCAACAGAATGATGGAAGTTAAAGT
TGCCACACCTAAGGAGGAGATGAGAGCACCTCCAAAGAGAGTCACCAGGATTTTTGTAGCAAGGATCTCACAATCTGTTACTGAGGCTGCCTTCCGCAGTCATTTTGAGA
AATATGGAGAGATAACAGATCTTTACATGCCAAAGGACCAGGGATCAAAAACCCATCGTGGAATAGGTTTCATCACCTTTGCAAGTTCAGATTCTGTGGAAAATTTGATG
GCCGATACTCATGAATTAGGAGGTTCTACTGTGGATGATGATTTCAGGCCCATAGGGAAAATGCCGCAGGGGGGTGGTGGGGGTGGATATGGTGCATACAATGCTTATAT
TTCTGCCGCAACAAGATATGCAGCACTAGGTGCTCCTACCTTATACGACCATCCAGGCTCAGTTTATGGGAGAAGGGAATTTAGAGGGATGGGAAAAAAGATTTTTGTTG
GTAGGCTCCCACAAGAAGCATCTGCTGATGATCTCCGTCAGTACTTTGGTAGATTTGGCCGTATATTGGATGTCTATGTTCCAAAGGATCCTAAAAGATCTGGTCATCGA
GGTTTTGGTTTTGTAACTTTTGCTGAAGATGGTGTAGCAGATCGTGTATCTCGAAGATCTCACGAGATTTGTGGACAACAGGTTGCTATTGATTCAGCCACTCCTCTTGA
TGATGCTGGATCTGGAGCTGGAGCAAGTGGAAGTTTTATGATGAATAGTGCCGCAGAATCTTTCGGTGGCTATGTGGGACCTATGAGGACTTATGGAAGGATGTATGGAA
GCCTGGACTTCGATGATTGGGGTTATGGAATTGGTGGTGGAAGACCATCTAGAGCAGACTGGAGGTATCGGCCATACTAAAGAGAAACAGACCTTCAGCCTTCTTGAAGA
AGTGATTGGGTTGATTAATCAACAGAAATGAATTGCCCTTATTTACGAGGAAGATATTTGGAGTTTTGGCCTTTGTAGAGTCAATATCTTTGGATGTACGTTTATTGCAT
TCTTTCCTTTCTTTTTTGTCCTAACTGAAACATGTCGGTTCGGGTCGAGGTTGGGGTTTGAAGGGTAGGTTGGTTGTATGTACTCTTGGTTAGAAGTTATTAGTTAGTTG
TATTCTTGTCTAACTCTGCTTTAAGAAATTCCATTTTACGAATTTTTTTAAGGATGGTTTGGTTTTCCACGGGCAACTAACTCTATGCTAGAGGCATCCAATTTTACCCT
TTACATCAAGAACTTCACACAATTAAAATTAAGTATGTCA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MNSVRLIWYLTIVCEKEVCLVLLSCAGSECERFGESERGSLSERASEEEEEEREIYFFTFRVQFLCLRQFIMDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERS
TGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQSVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLM
ADTHELGGSTVDDDFRPIGKMPQGGGGGGYGAYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRREFRGMGKKIFVGRLPQEASADDLRQYFGRFGRILDVYVPKDPKRSGHR
GFGFVTFAEDGVADRVSRRSHEICGQQVAIDSATPLDDAGSGAGASGSFMMNSAAESFGGYVGPMRTYGRMYGSLDFDDWGYGIGGGRPSRADWRYRPY