; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc02G17870 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc02G17870
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
DescriptionVQ domain-containing protein
Genome locationClcChr02:30428776..30433804
RNA-Seq ExpressionClc02G17870
SyntenyClc02G17870
Gene Ontology termsGO:0051091 - positive regulation of DNA-binding transcription factor activity (biological process)
InterPro domainsIPR008889 - VQ
IPR039335 - Sigma factor binding protein 1/2


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0063579.1 VQ motif-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]3.9e-3063.85Show/hide
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KAE8651551.1 hypothetical protein Csa_019210 [Cucumis sativus]4.9e-3367.44Show/hide
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KAG6586326.1 Sigma factor binding protein 1, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.9e-2261.06Show/hide
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XP_022938305.1 sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like [Cucurbita moschata]1.2e-2362.83Show/hide
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XP_038877668.1 sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like [Benincasa hispida]4.7e-2872.45Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LFF9 VQ domain-containing protein2.4e-3367.44Show/hide
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A0A1Q3BFQ5 VQ domain-containing protein6.5e-0740.5Show/hide
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        +     P    +G  W  + E
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A0A5A7VDH6 VQ motif-containing protein1.9e-3063.85Show/hide
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A0A6J1CME4 sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like4.6e-1356.12Show/hide
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A0A6J1FJE0 sigma factor binding protein 1, chloroplastic-like5.8e-2462.83Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9LDH1 Sigma factor binding protein 1, chloroplastic1.7e-0436.89Show/hide
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        + G
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G56710.1 sigma factor binding protein 11.2e-0536.89Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGAATCTTACAAGCCTTCCTAGTAATCCTGATCACCAAAAAATTACCCAAATTCCCAACAAACCAACAATTGATCAAAACAAGCCTATCAAAGTGAAGTACATTTC
TAGTCCCATGATGGTGAAAGCCAACAACGAGTCTGAATTTCGTGCCATTGTTCAAAAGCTCACCGGCCAGCACTCCTCCCCTGATGATGCTTTTCATCAATCACTTCAAG
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TCTGCGATTGCTTTAGTTCGTAGGGTCAGAGGAAACTGCGAGTTTGGCCACGTTCGGGAATTTTGCAAGAGTTGCAGTGTGGTTAGCTTTATGGATCAACCCTCAGGCAA
GTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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GTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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SAIALVRRVRGNCEFGHVREFCKSCSVVSFMDQPSGK