; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Clc02G18210 (gene) of Watermelon (cordophanus) v2 genome

Gene IDClc02G18210
OrganismCitrullus lanatus subsp. cordophanus (Watermelon (cordophanus) v2)
Descriptionbasic-leucine zipper transcription factor A
Genome locationClcChr02:30812326..30813324
RNA-Seq ExpressionClc02G18210
SyntenyClc02G18210
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0063552.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold329G00590 [Cucumis melo var. makuwa]9.7e-7287.27Show/hide
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XP_008460859.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103499607 [Cucumis melo]4.3e-7287.88Show/hide
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XP_011650096.1 NEDD8-specific protease 1 [Cucumis sativus]1.1e-7087.73Show/hide
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XP_023536962.1 uncharacterized protein LOC111798189 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-5980.37Show/hide
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XP_038890730.1 homeobox protein MOX-2 [Benincasa hispida]4.1e-7895.03Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LL60 Uncharacterized protein5.2e-7187.73Show/hide
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A0A1S3CDF1 uncharacterized protein LOC1034996072.1e-7287.88Show/hide
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A0A5D3BFQ4 Uncharacterized protein4.7e-7287.27Show/hide
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A0A6J1FDP2 uncharacterized protein LOC1114444391.2e-5979.75Show/hide
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A0A6J1HQB7 uncharacterized protein LOC1114657107.8e-5979.75Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G01430.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NHL domain-containing protein (TAIR:AT5G14890.1)1.8e-0751.72Show/hide
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        G    R S    FRYD LSY+LNFD+G   GH DDEFP R++S R   PS P S+  S
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AT5G11070.1 unknown protein7.1e-0444.83Show/hide
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        H   HS S   DF YD LSYALNF+   D    DD+    NF++RLP SP   + S++
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AT5G14890.1 NHL domain-containing protein1.2e-0643.06Show/hide
Query:  FISRLGRH---------GRRHSASADFRYDALSYALNFDEGYDEGHVDDEFPLRNFSSRL-PPSPPKSSPSS
        FI R GR+         G        FRYD+ SY+LNFD+G   GH +DEFP R++S R   PS P S+  S
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AT5G35090.1 unknown protein3.0e-1038.36Show/hide
Query:  SLKEMLKSTLCLSCCLRKHRSGHHHDHHHHHHHHRRMSTSSDGDSP-GPLMRCSS---AKDKSRSRES-PEIKDRRPHFISRLGRHG---RRHSASADFR
        SL++ LKS  C++ C R   + HHHD+         ++T     SP G  M+  S    +  S+S E    +  R    +  +G HG   RRH  +ADF 
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Query:  YDALSYALNFDEGYDEGHVDDEFPLRNFSSRLPPSPPKSSPSSSNA
        YD  SYALNFD+G ++ ++ D FPLRNFS+RLP SPP S+ ++ ++
Subjt:  YDALSYALNFDEGYDEGHVDDEFPLRNFSSRLPPSPPKSSPSSSNA


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGACGATTCGAACGAACACAAAGGAAATGCCTCGCCGTCGTCTCTGAAGGAGATGCTCAAATCTACTCTGTGTTTATCTTGTTGCCTCCGTAAGCACCGGAGTGGCCA
CCACCACGACCACCACCACCACCACCATCACCACAGGCGGATGTCAACTTCCTCCGACGGCGATTCGCCTGGACCGCTTATGAGGTGTTCTTCTGCTAAGGATAAATCCA
GATCTCGCGAGAGTCCTGAGATCAAGGATCGACGTCCGCATTTCATTTCGCGACTCGGCCGCCATGGACGCCGCCACTCTGCTTCAGCCGATTTCCGCTACGATGCGCTT
AGTTACGCGCTTAATTTCGATGAAGGATACGATGAAGGTCATGTCGATGATGAGTTTCCTCTCAGGAATTTCTCCTCTAGGTTACCGCCTTCTCCACCGAAATCTTCGCC
GTCTTCATCTAATGCGTCGAGGGAGATGATCACGGCGTTTAGTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCTCAATTCATTGCCCTTTTTCGTAATTGCATCCTCCACCCACAGAATATATATAAACCCCCCAAACTTCCCCTTTTCTCTAAGCATCATCATTATTATTCGATTCTCAC
GTTTTTTGTAACCGCGTTTTTCAGTTATCGAATCAATGGACGATTCGAACGAACACAAAGGAAATGCCTCGCCGTCGTCTCTGAAGGAGATGCTCAAATCTACTCTGTGT
TTATCTTGTTGCCTCCGTAAGCACCGGAGTGGCCACCACCACGACCACCACCACCACCACCATCACCACAGGCGGATGTCAACTTCCTCCGACGGCGATTCGCCTGGACC
GCTTATGAGGTGTTCTTCTGCTAAGGATAAATCCAGATCTCGCGAGAGTCCTGAGATCAAGGATCGACGTCCGCATTTCATTTCGCGACTCGGCCGCCATGGACGCCGCC
ACTCTGCTTCAGCCGATTTCCGCTACGATGCGCTTAGTTACGCGCTTAATTTCGATGAAGGATACGATGAAGGTCATGTCGATGATGAGTTTCCTCTCAGGAATTTCTCC
TCTAGGTTACCGCCTTCTCCACCGAAATCTTCGCCGTCTTCATCTAATGCGTCGAGGGAGATGATCACGGCGTTTAGTTAATTAATCGAATTATATATATCTGTGGAGGC
GTTTCGAGGTTGAATTCGCGGCCGATCGTTAATAATTACGGCGAACGGAATGGTGTGGTTTTACTTATATGAACGACGAGGTTCACTGGGACGGAAGCGATCGAATTCCA
AAAGGTACATTTCATCAGATTTTCAATGCATAAATCGTCTGGAAATGCGTTTTGGTTTTGCGCAACTTTTTCTTCATGGAAATACTATATATATATGTAACTGCCTGTGT
TTATGTAGCATATTCGGATTTTGCAACATAGTTTTTCATATTGTTCTTGTTTAATATATATATATATATATATATATATAATATGATCTAAATCTTATCTCGTTCTGGCT
CGGGAAATC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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SYALNFDEGYDEGHVDDEFPLRNFSSRLPPSPPKSSPSSSNASREMITAFS